西汉绥和改制后，三公（大司马、大司徒、大司空）取代丞相成为宰相，王莽篡位后，对官职进行了一轮大改革，设置了四辅（太师、太傅、国师、国将）辅佐朝政，职权等同宰相，后来又恢复了三公制度。光武帝刘秀建立东汉后，沿用三公制度，只是后来官职名称稍作了变动，大司马改为太尉、大司徒改为司徒、大司空改为司空。
创立于汉武帝时期的中朝也东汉被沿用，尚书台的权力进一步扩大，汉末三国时期的仲长统称光武帝“政不任下，虽置三公，事归台阁（尚书台），自此以来，三公之职，备员而已”。但仲长统所言只是说出了尚书台要取代三公的趋势，而不是东汉三公已经被尚书台取代的事实。
西汉末年，王莽以大司马之权篡夺江山。刘秀在建国之前，也曾任更始帝刘玄的大司马。因此作为过来人，刘秀对同为三公的臣子并不放心。而且刘秀前往河北招抚时光杆司令一个，他的属下都是带兵入伙的地方豪强，不可不防。
刘秀招抚河北
刘秀时期的三公如大司马吴汉、大司徒邓禹、大司空窦融都是乱世英雄，实力雄厚。让这些人担任三公，刘秀确实不放心。随着天下逐渐平定，刘秀开始推行“退功臣、进文吏”的政策，给功臣们爵位田产，让他们回封地去颐养天年，朝政由文官执掌。
建武二十七年（51年），刘秀下诏将大司徒、大司空中的“大”字去掉，改为司徒、司空；将大司马改名为太尉。将三公官名中的“大”字去掉，并无实际意义，三公的职权丝毫未受影响。但此举却有着特殊的象征意义，意味着三公不再高人一等。在西汉，丞相与三公都是被封侯的。但在刘秀退功臣以后，除了极少数情况，三公不再封侯。
刘秀对三公如此严密防范，原本被用于制衡三公的尚书台权力自然扩展。但刘秀的最终目的是自己总揽大权，而不是将权力由三公转向尚书。西汉时尚书台由录尚书事统管，录尚书事由品级较高的中朝官（如大将军、车骑将军）出任，其权势过盛，有时盖过了丞相或三公。这也是刘秀不愿意看到的。
当时尚书台的长官尚书令秩一千石，属于低级官员。刘秀认为让尚书参政并不会危及皇权，比较放心的让他们参与朝政。于是在没有录尚书事这个中间商的参与下，尚书台得以从咨询幕僚机构逐渐转变为具有决策权的行政机构。
东汉的尚书台与明朝内阁的形成十分类似，刘秀与朱元璋都是能力出众又精力充沛的狠人。朱元璋废除了宰相制度，自己一个人起早贪黑的批阅奏章，但还是忙不过来，就招了一帮大学士替自己查看奏章并给出初步意见让自己定夺。但即使有了大学士顾问团的前期工作，皇帝的工作量依然巨大。
朱元璋吃得了苦，他的皇子皇孙就差远了。对于大学士呈上的意见，批红准奏了事，于是原本被当做顾问的大学士成为了左右朝政的内阁。后来的皇帝们变得更懒了，就让司礼监太监替自己批红，宦官干政由此而来。
刘秀削三公职权，不设录尚书事，躬亲吏事。在他的勤政下，尚书们虽有权参政，但实际上都是秉承皇帝的旨意做事。刘秀之后，明帝刘庄也是一个工作狂，包括尚书在内的百官都只能俯首听命。但从章帝开始，即位的皇帝要么疏于朝政，要么年幼继位，对朝政的控制力大不如前。章帝时以赵憙为太傅，牟融为太尉，并录尚书事，从此录尚书事便沿用于整个东汉。
尚书台位于宫中，而且夜里有人值宿，二十四小时全天候待命，以备皇帝召见咨询。近水楼台先得月，这为尚书台赋权不少。章帝以后，东汉幼主即位的事接连出现，代幼主处理朝政的皇太后居于宫中，与外朝大臣很少接触，朝政决策多依赖宫中的宦官与尚书，使尚书台得以获得更大的权力。
尚书台与三公府的位置
西汉时诏书由御史大夫起草下达，尚书只有议政之权。但到了东汉，诏书的起草与下达转归尚书，只有经过尚书签署的诏书，才据有合法性。汉安帝时，司空周章企图废黜掌权的邓太后，政变的第一步就是劫持尚书，因为只有取得尚书的诏令，政变才是合法的。汉灵帝时，窦武、陈蕃谋诛宦官。中常侍曹节得知消息后抢先一步劫持尚书，以刀刃胁迫尚书下达收捕窦武、陈蕃的诏书，让自己获得了主导权，是为第二次党锢之祸。
除了议政参政，尚书还兼有御史大夫的职权，可以弹劾百官，包括三公与录尚书事的上司。刘秀时期，在朝堂上为御史中丞、司隶校尉和尚书令单独设座，被人称为“三独坐”。“三独坐”官职都不高，中丞、尚书令秩千石，司隶校尉也只有比二千石（接近但低于二千石）。刘秀此番用意很明显，就是鼓励下属监察上级。
御史大夫是最高级别的监察官，把他的下属御史中丞着重拔高，其用意就是让御史大夫意识到，虽然在监察系统内他上头没人了，但在他的背后可有一双眼睛在替皇帝盯着他。司隶校尉负责京城治安，而在京的皇亲国戚与高级官员大多都是司隶校尉的上级，在执法时往往投鼠忌器。刘秀特意给予司隶校尉高级别的政治待遇，也是在授意他执法不避权贵。
司隶校尉部
尚书令的单独列席与御史中丞和司隶校尉的略有不同。御史中丞与司隶校尉可以对所有巡察到的问题进行弹劾，但尚书在宫中上班，无权直接对外朝的人和事进行弹劾。而是通过审查尚书台的文书来发现其中过失，弹劾涉事官员。官员在宫中犯法，尚书也可以对其弹劾，如大将军梁冀带剑入省，违反了规定，就遭到了尚书张陵的弹劾。不过这种情况比较少见，尚书主要的监察范围还是在公文上面。
参政议政与监督政策执行是宰相总揽朝政的的两大抓手，二者缺失了一项都不能被称之为宰相。东汉的尚书台已然具有了这两项大权，但还不能说他们已经取代了三公。首先是级别不够，此时的尚书台在名义上仍隶属于九卿之一的少府，这种情况在东汉一直没有改观，制约了尚书台权力的扩展。
尚书令秩千石，仆射、尚书六百石、左右丞、郎四百石，令史才二百石，比公卿、二千石官相差甚远。这使得尚书像宦官一样极度依赖皇帝的赋权，皇帝掌握实权时，尚书就硬气，可以绕开三公直接下达诏书。但当皇帝无法掌权时，三公、外戚，甚至宦官都能成为尚书的顶头上司。
东汉以三公录尚书事的有牟融、尹睦、朱宠等人，诛董卓的王允、杨修的父亲杨彪、周瑜的从父周忠都曾以三公之职录尚书事。尚书的职责本来就是制衡外朝的，三公成了尚书的领导，制衡权也就不复存在了，其地位也就低了下去。
外戚以大将军的身份录尚书事在东汉屡屡出现，尚书中不乏有不避权贵的刚正之士，敢于对抗大将军。汉桓帝谋诛梁冀时，在宫中上班的尚书是桓帝为数不多的帮手。但同为皇帝身边近臣，尚书与皇帝的亲近关系又不如宦官。在诛杀梁冀后，尚书令尹勋及仆射、尚书七人“并封亭侯”，而中常侍单超、左悺等人却被封为县侯，级别远高于亭侯。在之后的朝局中，宦官们的权势也远超尚书。
跋扈将军梁冀
宦官作为皇室奴仆，之所以也能在权力上盖过尚书，只因他们比尚书更靠近皇帝。东汉历史上共有两次皇帝成功诛除外戚的事件，一次是永元四年（92年）汉和帝诛杀窦宪，一次是延熹二年（159年）汉桓帝诛杀梁冀。两次事件的前期核心人物都是宦官，和帝与宦官郑众在内室定策，桓帝与单超等人在厕所密谋，之后才由宦官出面联络官员举事。皇帝之所以如此重用宦官，是因为周边密布外戚眼线，能依靠的只有宦官。尚书虽与皇帝较为亲近，但与皇帝一起上厕所必然会引起他人怀疑。
宦官依靠皇帝虽然取得了比尚书更大的权势，但其地位不过是奴仆，远低于尚书，也更便于掌控，因此皇帝更愿意任用宦官。此外，在制度上，尚书是不能直接奏报皇帝的，除非皇帝召见，尚书也很少见到皇帝。尚书呈送的公文需要经过小黄门，而小黄门就是由宦官充任。
光武帝、明帝躬亲吏事，经常召见尚书，或者到尚书台指导工作，小黄门无法从中干预。但到了幼帝在位、太后当朝的时期，尚书奏事就要经过宦官这一关了。第二次党锢之祸时，中常侍曹节敢拿刀胁迫尚书下达诏令，就是因为年幼的灵帝被宦官掌控，宦官可以打着皇帝的旗号命令尚书。后来曹节甚至打破了尚书选于士人的惯例，破天荒的担任了尚书令。
除了级别的较低，尚书的能力也难堪大任。当时的尚书们主要选自郎官，郎官是朝廷的储备干部。这些人专业性很强，对行政运转、公文起草、律法应用很熟，也相当年轻，做事干练，比老干部有激情。尚书台就是皇帝的秘书处，秘书权重而人轻，正符合皇帝独揽大权的期望。
在皇权的支持下，尚书们上打老虎，下拍苍蝇，无所不能。然而一旦失去了皇帝的赋权，这帮年轻的秘书就无所适从了。《韩非子》中有云“宰相必起于州部，猛将必发于卒伍”，没有经历过地方历练和几十年的官场摸爬滚打，年纪轻轻就参与国政的尚书们在经验与威望上很难与三公匹敌。因此当局势变幻，皇权微弱之时，尚书们只能被其他势力驱使。
在尚书台扩展权力的过程中，三公的职权虽遭侵夺，但毕竟架子还在，不是一时半会就能倒下的。东汉时三公府上吏员共有188人，是西汉丞相府吏员（382人）的一半左右。西汉时尚书台只有十几人，光武帝将尚书郎由4人增致36人，另增设尚书令史18人辅助尚书郎处理工作，使尚书台规模扩大到64人。两相比较，一减一增，但出入之间仍不能打破权力的平衡。
不考虑才能与资历，仅看工作量，让几十人的尚书台取代近两百人的三公府都不现实。每年，各州郡地方官都要派人去司徒府上计（汇报年度工作），司徒府以此为依据对地方官进行奖惩任免。东汉有1部（司隶校尉部，又称司州），13州，105郡，约1190个县，上计内容涵盖人口、田产、赋税、文化教育等方方面面。这一工作细碎庞杂，没有地方工作经验的尚书们很难胜任。然而这还只是三公府上最普通的例常工作，要碰到天灾人祸、边境战火，事情就更棘手了，这些工作也只有三公能应付得来。
东汉州郡
责任大，权力也就大。三公肩负着天下重任，其权力就不会被其他部门轻易侵夺，而在诸多权力中，人事任免权至关重要。前面提到，司徒有权根据地方官的上计情况决定奖惩任免，就是掌握了人事任免权。除此以外，三公府还能自行征辟吏员。
在汉朝，三公与地方官都可以征辟吏员，但三公府吏员的地位显然要高出一截。以俸禄来看，三公府的长史秩千石，与尚书令相当，州郡官府的吏员别驾、郡丞秩六百石。从仕进角度看，二者的差距更是明显。从中央空降到地方历练再回朝与从基层爬到中央，完全就是两个概念。所以三公的门生故吏含金量很高，靠着这种门生关系，三公的实力不仅碾压尚书台，就连炙手可热的外戚与宦官也难以匹敌。
大将军窦宪掌权时，大力提拔党羽。司徒袁安与司空任隗“举奏诸二千石，又它所连及，贬秩免官者四十余人，窦氏大恨”。桓帝时宠信宦官，宦官党羽列塞州郡，为祸地方。司空周景与太尉杨秉举奏诸奸猾，自将军牧守以下，免者五十余人。遂连及中常侍防、东阳侯侯览、东武阳侯具瑗，皆坐黜，朝廷莫不称之”。从这两件事可以看出，掌握人事任免权的三公实力之强，是名副其实的宰相。
作为三公的权力制衡机构，尚书台其实也掌握一定的人事任免权。州郡察举的孝廉经过尚书台的审查过后，才能过关。然而就像尚书台的其他权力一样，此项权力并没有为尚书台带来坚实的权力基础。孝廉与推举人往往关系不一般，即使通过了审核，最先感恩的还是推举自己的恩公，而非负责审查的尚书。
汉顺帝阳嘉元年（132年），尚书令左雄为杜绝走后门和孝廉名不副实的情况，对孝廉的年龄（四十岁以上）和考核标准做了严格规范，并规定一旦孝廉考核不合格，举荐孝廉的州郡官员要处以免官。这项改革确实改善了察举制，但尚书们毫无收益，反而使州郡官员与孝廉们的结合更紧密了。人家都拿官位做保推举你了，你事成之后怎么都得表示表示吧。
古往今来，一切政治问题都是席位的问题。同样是变法，商鞅身死而法存，吴起身死而法废，其根本原因就是席位问题。商鞅变法让一大批平民凭借军功和才能走上高位，形成了维护变法的利益集团。他们实力强大，让秦国旧贵族不敢推翻变法。而吴起在楚国变法时间较短，楚国的贵族势力又强于秦国，变法集团在朝堂之上没有足够的席位，最终以失败告终。与之类似，尚书们虽掌握诸多权力，却一直无法形成自己的势力。这是皇帝在任用尚书之时就划出的权力牢笼，只有冲破了这道牢笼，尚书才能成为国之宰辅。
