天启二年正月二十二日，辽东巡抚王化贞弃广宁西逃。二十三日经略熊廷弼拒绝了王化贞的反攻请求，下令放弃关外撤回山海关。面对如此惨败，朝廷、皇帝对熊廷弼是什么看法和态度呢？
正月二十九日，熊廷弼上《封疆已失疏》，自请兵败失土之罪。二月二日朝廷回复谕旨让其戴罪立功，“熊廷弼职任封疆失守，罪将何辞？已有旨姑准其待罪守关，立功赎罪，不必渎奏，该部知道”。
一些朋友就此认为天启起初想宽恕熊廷弼，这其实是对明廷决策过程和制度的一种误解。
首先，由于信息收集、通讯能力的制约，此时朝廷和皇帝还未完全了解前线情况。所以前线败讯传回之初，朝廷给予一些宽宥的处理只是不想过激处置致局势进一步恶化。就如这次内阁首辅叶向高的解释，“恐一时关门空虚，无人把守，姑宽一着以俟耳”。
其次，明廷发出的圣旨，不见得就是皇帝的本愿。明朝内阁制度成熟后，皇帝一般不再直接发出旨意，而是借内阁票拟向外发出命令。一些时候皇帝虽然不同意票拟意见，但为了维护中枢的稳定不会直接反对，而是选择暂时迁就票拟，自己静观其变。
昨闻抚臣王化贞尚同道臣张应吾及二总兵以孤军驻前屯，闻芝蔴湾有米二十万石，觉华岛米六万石未为贼有，则事尚可为，倘乘此虏骑未侵，急率兵出関收复宁前，徐俟机会，尚可冀桑榆之功，经臣以此自赎，于法可宽 ……
二月六日，兵部署部事左侍郎王在晋奏请让熊廷弼出关收复宁前，以赎其罪。天启在同意的同时，也隐晦地露出了自己的真实态度。他恨不能把辽东文武官员全斩了，“失事经抚道将该拏问正法，姑责令出关防守收复，以赎前罪……”
没有没由来的恨，一方面是天启已经了解这次败得有多惨，另一方面来源于天启对熊廷弼的期许。
由于初任辽东经略被弹劾致自请辞职，朝廷在召熊廷弼复出时，他是不愿意的。为此天启主动放下颜面，连发数道敕书肯定熊廷弼的功绩、检讨自己的过失（听信谗言没有挽留）、直陈自己年轻、力有不逮并恳请熊廷弼出手相助，除此之外还主动下旨处罚当初弹劾熊廷弼的官员……
熊廷弼陛辞出征时，天启也给予了极高的待遇。
除了专敕（任命及职权书）外，加赐敕书一道和尚方宝剑一柄（副总兵及以下将官可先斩后奏）。拨五千京营随行（随行将领赐丝一表里、银20两，士卒银2两），赐宴城外并命五府、戎政、部院堂上掌印官陪宴饯行。另外还赐熊廷弼一品官服、丝4表里、银50两等等 ……
作为对比，王象乾以兵部尚书（实职）出任蓟辽总督时，天启只赐其蟒袍1件、丝4表里、银40两，饯行宴摆在兵部并只要求各院掌印官赴宴 ……
可以看出天启对熊廷弼的期待非常高，将其视为挽狂澜于既倒的“巨擎”。但现实与期许形成巨大落差时，人就很容易从一个极端走向另一个极端。所以天启那句“失事经抚道将该拏问正法”不是气话，他是真的想杀熊廷弼。
对于天启的这种心态变化，也可以参考他的弟弟。崇祯从宠信袁崇焕到极刑将其处死，也基本是这种心理变迁。
叶向高察觉出了天启的心思，派人前往山海关劝熊廷弼赶快依旨出关以自赎。但熊廷弼不仅不出关，还不停上疏为自己辩解，试图切割与王化贞之间的利害关系，摆脱早已确定的“经抚同功同罪”。
熊廷弼的想法有理没理，我们可以讨论但天启不会。他这种表现只会让天启愈发的愤恨，或者可以说天启杀熊廷弼之心就此确定。
注：熊廷弼在上任之初为束缚王化贞自亲“同功罪”，后朝廷为让二人通力配合正式下旨“经抚功则同功、罪则同罪”。
熊廷弼没看出天启的想法，但一些官员却了然皇帝的心思。
二月十一日，通政司右通政许维新和朱一桂，大理寺左少卿冯从吾、太常寺少卿董应举、太仆寺少卿何乔远联名上疏请逮王化贞、熊廷弼治罪。与此同时，御史江秉谦、刘弘化、周宗建，礼科给事中周朝瑞等官则纷纷上疏替熊廷弼抗辩喊冤。十三日，陕西道御史贾毓祥弹劾“广宁失守，经、抚无所逃罪”……
在这种吵嚷中，朝廷于十三日下旨，“广宁失守，经抚罪无所逃，王化贞着锦衣卫差的当官扭解来京究问，熊廷弼着革职回藉听勘”。
注：熊廷弼没有依旨返乡，而是去了密云。他觉得这样方便就近了解朝堂消息，不过这也成为他其后被攻击违旨的罪状之一。
优待熊廷弼的原因不是天启还想给他机会，是内阁在保熊廷弼。这道圣旨是叶向高拟的（票拟），天启只是没有直接驳回罢了。不过杀意已露的天启，也不会就此收手。
十四日，周朝瑞再次奏请给予熊廷弼守关戴罪立功的机会，叶向高票拟同意并称熊廷弼（能力）胜于王化贞。结果天启没有同意并嘲讽，“熊廷弼走得快，果胜”。这事儿经内侍传到外廷后，攻击熊廷弼的声音就逐渐多了起来。
十五日，叶向高的两个学生徐景濂（浙江道御史）和马逢皋（广西道御史）分别弹劾“熊廷弼罪拟未当 … 仅仅削职听勘，非法之平也”。紧接着刑部江西司员外郎徐大化、河南道监察御史崔呈秀、御史谢锦文等等也上疏弹劾熊廷弼。
大学士掌兵部事孙承宗疏言如经臣熊廷弼、抚臣王化贞，罪可详核，法当并逮 … 乞皇上毅然独断，应诛应斥，法不移时。
三月四日一个重量级人物出马了，虽然孙承宗的本意不是杀熊廷弼（孙认为熊有罪但不至死），不过天启借着这股气势强令内阁改票将熊廷弼送入刑堂，“熊廷弼法司从公问明具奏”。
天启二年四月初一，“十三道十三司两寺”开始会审熊廷弼和王化贞。虽然参审的28名官员对熊廷弼个人的罪行分歧颇大，但“经抚同功同罪”被绝大部分官员支持。四月十七日会审结束，熊廷弼和王化贞因广宁之败被同拟死罪。
再起经畧，廷弼居然以卫霍自许，而人亦莫不卫霍廷弼也。入都之日，儿童走卒咸相率焚香罗拜 … 即我皇上赐剑、赐蟒玉，侑以金帛，饯以九卿，殊宠异数，近世未有，廷弼何以仰荅圣眷 ……
使广宁告急之日，廷弼肯仗义誓师，或捲甲疾趋广宁，提一剑以勘祸乱，或坚垒固守右屯，收余烬以图恢复，反败为功，且不朽。计不出此，一闻大兵既败，疾呼不救，先奔榆関，尚书平日何等威风，一旦作此举动，岂不负国恩而遗笑于天下乎？
除此之外对熊廷弼的结案陈词，也愈发得刺激了天启，简单总结就是“负皇恩有胜于熊廷弼者乎”？拟判上呈后，天启坚决不同意依惯例予以降等，三次强令内阁改票，最终判熊、王二人死罪。
不过内阁（叶向高、韩爌和孙承宗）、都察院（邹元标）仍没放弃挽救熊廷弼，改为拖延死刑执行来为他争取宽宥机会。其后两年天启均同意了暂缓熊廷弼死刑，但这并不是他有心放过熊廷弼，只是不想直接和内阁撕破脸。
天启五年，阉党和东林正式开战。为了打击东林，魏忠贤炮制了一个东林群贪案，“熊廷弼为免死罪贿赂刑部主事顾大章”成了罪状之一。借这场风波御史门克星奏请速诛熊廷弼，天启命内侍至内阁传话“票拟不得含糊”，内阁只得拟旨秋后处决熊廷弼。
另外京师当时正流传一部演义小说《辽东传》，此书对熊廷弼多有褒扬，对朝廷多有诟病。天启知悉后毫不犹豫就认定是熊廷弼指使编撰的，骂其“刻书惑众”。
八月十二日，熹宗下敕谕，称熊廷弼“丧辽辱国之一案，便寸斩尚有馀辜”。八月二十五日，天启又专门下谕详细列举熊廷弼的罪行，当日熊廷弼被斩于西市并传首九边。
这还没完，天启六年六月皇帝要求清查历年来发往辽东的内帑（约两千万两）是否被贪墨。结果熊廷弼又被扣了顶冒领军前银十七万二千两未核销的帽子，要求对熊家及其亲属“追赃变产，勒银解部”。
可以说广宁之败后，天启处死熊廷弼的决心不仅一直未变，还在刻意引导和不断加码。
