从1937年7月卢沟桥事变开始至1938年10月武汉会战结束，全面抗战已经持续15个月。日寇陆军的34个师团几乎全部投入到中国战场，兵力近百万。在这段时间，日寇侵占中国国土100多万平方公里，自身伤亡约45万人。同时，国内资源陷入枯竭，国库黄金储备从战前的388吨锐减至25吨。
日寇大本营在发起武汉会战前，计划通过夺取华中乃至全国的中枢武汉，迫使国民政府屈服，从而结束在中国的战事。但事与愿违，国民政府虽然丢掉了武汉，却没有和日寇媾和的打算。
武汉会战结束后，日寇大本营不得不调整战略，于1938年12月6日制定《1938年秋季以后对华处理方策》。明确：“放弃速战速决战略，准备长期战争；军事行动要服务于政略和谋略；减少战争规模和强度；军事打击的重心转向巩固已占领地区。”
不久之后，日寇调整在华兵力部署。成立“中国派遣军”，下辖华北方面军、第11、第13和第21军（集团军级）。其中，第21军共4个师团2个独立旅团，以广州为核心，负责切断华南沿海补给线；第13军共4个师团4个独立旅团，以合肥、芜湖、杭州为核心，负责维持华东地区治安、确保主要交通线；华北方面军共9个师团、12个独立旅团、1个骑兵旅团，负责确保华北地区治安和主要交通线；第11军共7个师团2个独立旅团，以武汉为核心，负责对国民政府军队主力实施攻势和防御作战。
经过此次调整，日寇在华部队只剩下第11军担负战略进攻任务，其余各部队均以维持现有占领区为作战目的。由于第11军兵力有限，日寇在此后的作战规模只有局部战略级别。正面战场的主要作战也大部分由第11军负责实施。而该军在实施进攻的同时，还要承担华中地区的防务，所以每次战役能够抽调出的机动部队大体为4～5个师团，兵力始终保持在10万人左右。
调整后，第11军司令仍然是冈村宁次，所属部队包括：第3、第6、第9、第13、第16、第101和第106师团和几个独立混成旅团。该军的编成并非一成不变，后期经过几次调整，但总兵力基本保持在20万人以上。
日寇大本营最初为第11军设定的交战区域为：以武汉为中心，向北至淮河沿岸信阳，向南至洞庭湖北岸岳阳，向东至安庆。在这片区域里，第11军的主要威胁仍然是武汉会战期间的对手，国军第5战区和第9战区的部队。其中，第5战区所属部队仍有6个集团军35个师。武汉会战结束后，第5战区部队退至皖西、豫南、鄂南地区，作战任务是既要阻止武汉日寇第11军西进，也准备随时从西面向武汉实施反攻。
第9战区所属部队有8个集团军52个师。武汉会战结束后退至赣北、湘北地区，阻止日寇向长沙、南昌进犯，同时从南面威胁日寇第11军与驻守芜湖、合肥的第13军之间的联系。
总体来说，日寇第11军虽然夺取了武汉，但其占领的地区位置过于突出，受到西、南两个方向的威胁，整体态势反而对日寇不利。为了改变这种局面，日寇第11军决定发动几次局部攻势，首先锚定的目标就是南昌。
南昌位于九江以南，南浔铁路和浙赣铁路的交汇点，是国军第9战区和第3战区后方联络线和补给线枢纽。国民政府在南昌部署有空军基地，经常出动飞机袭击日寇在长江江面往返的海军舰船，对日寇在武汉、九江的后方补给构成极大威胁。
早在武汉会战期间，日寇第11军就计划以第101和第106师团从九江南下夺取南昌。但遭遇第9战区第1兵团的顽强阻击，其第106师团在万家岭陷入合围，险些全军覆没。
武汉会战结束后，第11军制定“仁”号作战计划，决定待各师团完成休整后，于1939年3月10日南下对南昌实施作战。切断守军后方交通线，并解除驻南昌国民政府空军对己方补给线的威胁。
考虑到守军第9战区所属兵力雄厚，第101和第106师团更是刚刚遭受重大挫折。第11军在“仁”作战计划中，特别规定各师团应秘密完成集结，部队调动一律在夜间进行，以达成作战的突然性。
第11军司令冈村宁次对此战极为重视。他首先与海军“中国方面舰队”制定了在鄱阳湖协同作战计划；还派出第11军作战主任参谋乘飞机侦察地形、守军防御体系、工事状况、兵力配备、重火力位置，据此确定第11军的进攻路线和主要突击方向。
为了提供进攻的力度和速度，冈村宁次改变以往炮兵、战车平均分配给各师团的方法。在强渡修水期间，将第11军所属突击力量135辆战车集中使用、集中指挥。同时改变了将战车在步兵战斗时承担支前、掩护和引导步兵的传统战法，将战车编为集群，在一线步兵部队前方2天行程的距离上，在航空兵支援下，进行深远迂回，突破守军防线，为步兵部队打开前进的通道。
此外在南昌会战前夕，其所属第16师团将在武汉以西、汉江一线向第5战区实施佯动；第13军所属第22师团向杭州第3战区实施佯攻，以牵制上述两个战区部队自保，不能支援第9战区守军作战。
1939年2月中旬，第101、第106师团开始向南昌以北的德安集结；第6师团向箬溪、武宁方向集结。第16和第9师团向汉江佯动；井上支队开始打通鄱阳湖水路。此时，赣北地区连日降雨，河水暴涨，交通阻塞，南下必经的修水河宽至300米，水深增至3米。原定3月10日的进攻时间不得不推迟，冈村宁次遂将进攻时间最终确定为1939年3月20日。
国民政府方面，第9战区第1兵团总司令薛岳因在武汉会战期间指挥出色，晋升为第9战区代理司令长官。第9战区所属部队在武汉会战结束后，退往赣北、湖北长江以南地区。各部在原地一边休整，一边警戒日寇南犯。在南昌以北地区，罗卓英的第19集团军担任南昌地区正面防御任务。所部辖第70军（李觉部）、第49军（刘多荃部）、第79军（夏楚中部）以及第32军（宋肯堂部）。
王陵基的第30集团军担任武宁方向防御，所部辖第72军（韩全朴部）、第78军（夏首勋部）。樊松甫的“挺进军”担任武宁以北的防御，所部下辖第8军（李玉堂部）和第73军（彭位仁部）。汤恩伯的第31集团军和卢汉的第1集团军主要部署在常山以北、第9战区纵深地区。战区预备队第74军则部署在浏阳。
1939年2月中旬，日寇在九江以南的一系列调动引起军事委员会和第9战区的警觉。军事委员会判断日寇将在南昌以北有所行动。3月8日，蒋致电第9战区：“你部为确保南昌及其后方联络线，决即先发制敌、转取攻势，以摧破敌之企图。攻击准备应于3月10日前完成，攻击开始日期定为3月15日。”
3月9日，薛岳致电蒋介石，提出部队整训未毕、补给困难，请求将反击的时间向后推迟至3月25日。蒋回电表示同意，但强调务必不能再拖延。此后，第9战区开始作反攻准备，日寇第11军的进攻在这个时候突然发起。
日寇方面，其左翼石原支队和村井支队（以华中派遣军直属第116师团部队临时组建）提前于3月12日开始沿鄱阳湖搜索前进。至3月15日，日寇一路未遭遇守军抵抗。3月18日，村井支队从鄱阳湖西岸星子镇乘军舰继续南下，在南浔铁路以东的吴城登陆，随即向守军发起进攻。
担任吴城守备的是第19集团军第32军（宋肯堂部），双方激战4日，日寇没能突破守军阵地。3月23日，日寇在飞机和炮火的支援下，向守军阵地投射燃烧弹、化学毒气弹，致守军遭受重大损失，并于次日奉命撤出吴城。此后，日寇继续沿水路南下，清扫鄱阳湖水雷，为后续作战打通道路。
3月18日，日寇在中路集中的第101和第106师团开始南下。3月20日16时30分，日寇第6炮兵旅团集中所有炮火向修水南岸守军阵地实施猛烈火炮打击，时间持续3个多小时。其间还发射了大量毒气弹。守军第49军和第79军阵地多处被摧毁。
据统计，日寇在进攻修水河南岸守军阵地期间，在火力准备阶段发射毒气弹3000多发。进攻开始后，其第101师团共发射中型毒气头5000余发，第106师团发射毒气弹10000余发。守军阵地防线纵深2公里内完全被毒气笼罩。守军伤亡极重，第79军第76师师长王凌云等多位团以上指挥官中毒，导致部队指挥失灵。同时，守军官兵因缺少防毒手段，部队陷入混乱，战斗力一度丧失。
19时30分，日寇第106和第101师团开始强渡修水。守军阵地受此前降雨影响，原先构筑的攻势很多被河水淹没。当晚，日寇先头部队在修水右岸建立了一处纵深2公里的登陆场，掩护工兵架设浮桥。次日8时，日寇战车集群通过浮桥，开始向守军发起进攻，第106师团紧随其后。
日寇的战术改变让守军措手不及，阵地纷纷丢失。其战车集群随即又向西南奉新方向突击，沿途夺取滩溪、安义。至3月22日，日寇战车集群突进至南昌以西的奉新，缴获守军未能及时撤走的火炮38门。次日，第106师团夺取奉新城。
担任南浔铁路正面进攻的第101师团虽然成功渡过修水，但仍然被守军第32军阻拦在修水南岸的涂家埠。
3月21日，军事委员会桂林行营主任白崇禧致电第9战区，命各部务必坚守现有阵地。同时要求第19集团军应以2个师分路向日寇侧后发起反击，以迟滞其南下。此外，白崇禧命令第3战区抽调第102师至南昌，以加强南昌城防；第16和第79师至南昌东南的东乡，防止日寇经鄱阳湖南下，直接进犯南昌以东地区。
上述命令发布后，各部还没有来得及执行，指挥中枢的决策又发生了变化。
就在白崇禧致电第9战区的同一天，蒋介石也致电第9战区。罕见提出不计较一城一池得失，第19集团军应采取灵活机动战术，将主力集结在赣江西岸，避免处处防御的被动局面。即便南昌失守，各部也应在运动中寻找歼敌良机。
蒋的作战意图临时更改让第9战区有些措手不及，日寇此时已经逼近南昌，第9战区根本没有时间调整。
3月22日，日寇战车集群和第106师团夺取南昌以西的奉新后，通过空投获得燃料补给。随后，第106师团一部继续南下夺取高安，切断第9战区湘北和赣北部队的联系。第106师团主力和战车集群则掉头东进，向南昌发起进攻。
3月23日，日寇第106师团攻占安义。3月25日，第106师团遭遇从第3战区赶来增援的第102师，并击破该部强渡赣江，尔后向南昌以南迂回，切断粤汉铁路，对南昌形成包围之势。
第19集团军为了封堵日寇第106师团迂回包围南昌，令第32军南撤至南昌，以加强南昌防务。其当面日寇第101师团尾随追击，于3月26日渡过赣江，从北面逼近南昌。3月27日，南昌守军第102师与突入城内的第101师团展开巷战。不久即奉命撤出城区，南昌于当日沦陷。
在第101和第106师团南攻武汉的同时，会战的另一处战场也正展开激战。武宁位于南昌西北80公里处的修水北岸，背靠幕埠山，是第9战区在赣北防区左翼的要点。防守这里的是王陵基的第30集团军2个军和樊松甫的“挺进军”所属的2个军。上述4个军由川军将领王陵基统一指挥。
3月20日，日寇右翼第6师团从箬溪出发，向西南沿修水北岸推进。遭遇守军“挺进军”所属第73军（彭位仁部）、第8军（李玉堂部）阻击，进展迟缓。21日，第6师团主力继续向守军第8和第73军进攻，另以一部南渡修水，向武宁以南迂回，但遭到第30集团军所属第70、第79军阻击。此处位于幕埠山北麓，地势险要、利于防守，日寇连续进攻，进展十分缓慢。
3月28日，日寇在守军节节抵抗下，缓慢进至武宁以东4公里处的新宁镇。当天日寇已经攻陷南昌城，第101和第106师团一部分兵力开始调往武宁方向。此时，王陵基指挥的4个军都伤亡较大，战至3月29日，在修水以北的第8和第73军奉命放弃武宁，撤往南岸。至4月5日，日寇从多处突破修水河防线。
此后，中日双方在西至高安、武宁，南至向塘，东至鄱阳湖东南岸形成对峙。
南昌失守后，第9战区兵力虽有一定消耗，但主力仍在，尚可继续实施作战。而且日寇投入南昌会战仅有3个师团又2个支队，实力上并不占优势。在南昌失守前，国民军事委员会就开始筹划对日寇第11军的反击。决心趁日寇在南昌立足未稳，重新夺回南昌，至少能阻止日寇继续向西南的长沙进犯。
参加反攻的部队包括第9战区第1集团军（高荫槐部）、第19集团军（罗卓英部）、第30集团军（王陵基部），以及第3战区第32集团军（上官云相部），共10个师，前线总指挥为第19集团军司令罗卓英。
4月17日，蒋介石亲自拟定《攻略南昌计划》，并电告桂林行营。其中规定：“第1集团军和第19集团军第74军（俞济时部）向奉新、大城方向进攻，进而向南浔铁路、南昌北段推进，破坏南浔路，阻断日寇第11军主力和南昌守军的联系；第19集团军第49军（刘多荃部）向高安进攻，尔后从西面威胁南昌；第32集团军从南昌以东进攻，并以1个团袭取南昌城。”
桂林行营主任白崇禧于次日复电，建议反攻宜尽早实施，晚恐生变。最终，国军将反攻的日期定为1939年4月22日。
4月21日，第9战区提前行动。左翼第1集团军第60军第184师（张冲部）和第58军新编第10师（鲁道源部）开始向奉新进攻，右翼第74军和第49军向高安进攻。战至4月26日，奉新守敌死战不退，第1集团军左翼没能得手。右翼则夺取高安，继续向大城方向推进，最终被日寇阻止于万寿宫、生米街，也没能推进到南浔铁路线。
南昌方向，第3战区第32集团军第29军（陈安宝部）所属第16师（何平部）、第79师（段朗如部）、预备第5师（曾戛初部）和预备第10师一部于4月23日渡过的南昌东南的抚河，进攻南昌。4月26日，第16师夺取南昌以南的市汊街，逼近南昌城。
日寇在这段时间则利用南浔铁路调动部队，第101师团主力于4月26日在南昌完成集结，并于次日开始南下对第32集团军实施反击，双方在南昌东南、南部郊区展开激战。
国军的反攻因未能及时切断南浔路，使日寇可以依托铁路线从容调动部队，实际上此次南昌反击已经丧失战机。在南昌南部的战斗因国军兵力不占优势，日寇的空军和炮兵火力又给予国军重大杀伤，重新夺回南昌实际上已经无法实现。战斗在武汉南郊的各处村庄激烈进行，阵地反复易手。
4月28日，第79师师长段朗如调整进攻部署，并同时上报集团军司令部。次日，集团军司令部以擅自更改计划为由，报请第3战区将段朗如撤职查办。5月1日，在蒋的亲自过问下，段朗如以贻误军机罪被“军前正法”。第16师师长何平被认为作战不力，着“戴罪图功”。同时，军事委员会命令一直在后方的第32集团军司令上官云相赶往前线督战。第3战区第102师（柏辉章部）也奉命加入南昌方向的反攻。
5月2日，第102师收复向塘、市汊街，第16师收复潭埠。但在日寇的反扑下，潭埠再次失守。5月3日，第3战区第26师（刘雨卿部）投入战场。战至5月5日，预备第5师突入到南昌城外围阵地。在日寇密集火力下，该师伤亡甚重，无力继续向城内推进。第26师第152团突入到南昌机场，击毁日寇停在地面的飞机3架。第155团突进到火车站后，被日寇的反扑击退。
日寇第11军此时也正向南昌调集部队，此前派往武宁方向的第106师团主力和坦克集群掉头返回南昌。
鉴于敌情发生变化，第9战区代司令长官薛岳致电战区司令陈诚，并转呈蒋介石：“我军作战方略是消耗敌人，而不能被敌人消耗。即避实击虚、预行设伏、奇袭、四面围攻等方式与日寇作战。现南昌战事已呈持久，不宜再战。”
陈诚接到电文后，全文转报蒋。期间，桂林行营主任白崇禧也建议放弃夺取南昌的计划。蒋对上述将领表态深感认同，但此前自己亲自提出“运动作战，寻机歼敌”的策略没能达成，仍旧心有不甘。
5月6日，完成集结的日寇第106师团主力在坦克集群的配合下开始向国军实施反攻。激战至当天黄昏，第29军军长陈安宝壮烈牺牲，第26师师长负伤。该军参谋长徐志勋认为第29军已经不可能夺取南昌，自身被包围的可能性则越来越大。当晚，他冒着被杀头的风险，命令各部撤出战斗。
得知第29军军长陈安宝牺牲和第29军各部队伤亡惨重的报告后，蒋介石于5月9日下令停止向南昌进攻。日寇在此期间也损失巨大，无力向后撤的第29军反击，南昌会战至此结束。此役，国军伤亡5万余人，日寇伤亡3万余人。
值得一提的是，国军新的作战模式在南昌会战中打磨成型。即日寇发动进攻时，各部节节抵抗，逐渐削弱日寇进攻力量，并蓄积反攻实力，创造有利的反击态势。待日寇进攻衰竭准备后撤时，各部从多处出击，实施战场局部反攻。在此后的多次会战中，国军基本上使用这种作战模式，从1939年5月起，中日双方的战线基本保持稳定，日寇无力扩大占领区，直到1944年的豫湘桂大溃败。
