战争进行到1945年5月，除了中国战场还有庞大的日军盘踞之外，全世界的反法西斯战争已经接近尾声了，形势可谓一片大好。

欧洲战场方面。苏联于4月6日宣布苏日中立条约到期后不再有效。进入5月后，希特勒自杀身亡，8日德意志终于无条件投降。

缅甸战场方面。5月上旬，美军攻克南坎，日军不得不将其缅甸方面军的主力集结至缅甸南方的要地，不但已经不能对在华日军形成助力，反而陷入了自身难保的境地。

太平洋战场。进入5月后，美军于太平洋战争中的反日本法西斯战争已经进入尾声，5月1日，日本新设海军总司令部，统一指挥联合舰队、各镇守府、警备府部队的作战。

进入7月，美军加大了对日本本土的攻击力度，连日以小型飞机轰炸日军本土基地，以大型飞机轰炸日本重要城市，生产设施、军事设施、交通线以及港湾等皆成为轰炸的主要对象。另外还有对外线婆罗洲的收复，盟军对日作战进入了全面结束的阶段。

继解放了新几内亚岛后，1945年初，麦克阿瑟指挥的盟军并没有继续往西收复荷属婆罗洲，而是先行攻打婆罗洲北方的菲律宾，以斩断菲律宾方面对婆罗洲的支援。盟军解放菲律宾群岛以后，马来、爪哇等婆罗洲地区的日军就陷入了孤立。

同时，盟军解放菲律宾后，日本的西南方面舰队司令部也随之丧失了作为方面舰队的功能。为此，日本在1945年2月5日新设了第10方面舰队。在第4南遣舰队于3月10日被解散后，澳北方面也归到第10方面舰队的管辖之下。

负责东南亚各地区防守的日本南方军总司令官根据当时的形势确立了作战方针：把东南亚各地区的海军兵力重点集中至马来地区，以马来地区为中心抵抗到底。为此，日本南方军总司令官决定将原在帝汶、小巽他群岛及塞兰地区的兵力移动到马来方面，同时极力减少外派兵力。

第13航空舰队是当时第10方面舰队麾下的唯一机动兵力，尽管下辖第23及第28这两个航空战队，但实际兵力只有大概50架零式战机、5架月光战机跟17架舰载攻击机，外加若干的中小型舰艇，能够说总兵力连本地防卫都不够。

1945年春，作为在东南亚地区反攻作战的第一步，盟军攻打了日本海军防守的打拉根和巴厘巴板，两地均属于荷属婆罗洲。防守的日本海军第22特别根据地队主要负责巴厘巴板的防空以及海上护航，地面上的防备兵力几乎为零。

打拉根地区方面，1945年4月13日左右，盟军的登陆舟艇出现在莫罗泰岛周边。4月27日，盟军的舰艇到达打拉根海面。同日至28日，盟军悠然地在日军阵地的正面泊好舰艇，然后开始预备射击，29日即开始了登陆。在打拉根的大约2000名日军奋力阻击，一部击沉了扫雷中的美军舰艇，但随着兵力的消耗，6月11日以后日军就转为游击战，不复存在任何有组织的抵抗。

巴厘巴板地区方面，防卫一直由第22特别根据地队担任。此前，该方面的第102燃料厂由于在1944年秋季以后受到盟军不断的大空袭，进入1945年之后便一直无法运转，所以到了1945年6月，日军为了自存便放弃了该厂，向其他地区转移。同年6月8日，盟军开始登陆荷属婆罗洲的纳闽，同时也开始在巴厘巴板方面登陆了。

日军防守部队最初确立的方针是将盟军阻止在海边，到了6月中旬便改为在三马林达以东长约5000米的密林地带展开游击战。6月15日晨，盟军的舰载机开始大规模轰炸巴厘巴板地区，接着又以舰炮攻击该地区。之后的大约半个月期间，盟军一面反复实施炮轰一面继续排雷。其间日军通过海军炮台的炮击以及鱼雷攻击等也取得了若干的战果，但是已经完全不能左右大势了。7月1日，盟军开始登陆巴厘巴板，日军展开阻击。到了晚上，日军也曾利用小艇奇袭美军舰艇的泊地，但是由于自身在陆上的生存空间被压迫得越来越小，到7月22日以后该股日军便逐渐向三马林达方面以东的密林地带转移，并在8月15日根据停战命令缴械投降。

7月4日黎明，日军第2防备队及第2勤务队乘上小艇，用鱼雷攻击了照军的船队，击沉了其中3艘。之后受到盟军的攻击，两支部队完全丧失战斗力，开始向斯巴克方面撤退，在该地与第102燃料厂部队会合。不过盟军还没来得及攻打斯巴克方面，战争就结束了。