黄巢大军惨败荆门后，兵力损失了一大半， 唐军或因兵力有限或为保存实力而放弃追歼，使黄巢有了喘息之机，他得以重新收集溃散兵卒，军势复振。经短暂休整，黄巢放弃了已成废墟的江陵城，率军走 水路前去攻打长江中游重镇鄂州。黄巢军围攻鄂州，很快攻破其外城。因防守内城的唐军顽强抵抗，巢军久攻不克，损兵折将，遂撤围他去。

公元880年上半年，黄巢重走当年庞勋的老路，顺流而下，扫荡了今日的江西、安徽、江苏、浙江等地十五个州郡，沿途收编王仙芝溃散之旧部，兵力又增强到20万人。

逐渐恢复元气的黄巢军在江南攻城掠地，所向披靡。唐廷鉴于富庶的江南財赋（税）之地受到“贼兵”的巨大威胁，任名将高骈为诸道行营都统，调集各藩镇精兵强将7万余归高骈节制，共讨黄巢。

高骈遣麾下猛将张璘等率军渡江攻击黄巢军，一举击溃黄巢别将王重霸部，俘斩无数，王重霸兵败后走投无路，被迫向唐军投降。张璘率得胜之师趁势猛攻黄巢军主力，屡次挫败巢军，黄巢部损失颇重，抵挡不住，无奈退守饶州 （今江西上饶市鄱阳县），负责断后的巢军大将常宏率所部数万将士投降了唐军。

880年夏天，驻屯在信州（今江西上饶市信州区）一带的黄巢军主力又遭到瘟疫的侵袭，许多将士染上疾疫，死者众多，侥幸未死者也丧失战斗力，唐军则乘机发起环攻，黄巢因军队减员严重，无力抵抗，遂以重金贿赂唐将张璘及其左右，乞求他减缓攻击势头，并请他代向唐军主帅高骈乞降。

高骈贪图大功，奏报唐廷说黄巢已被职部打得丢盔撂甲，无力还手，不日即可平定，请朝廷将前来增援的各镇军队调回原来驻防地，并答应黄巢的乞降之请，并承诺为他请求节度使的官职、节钺。

黄巢很诡，他先用诈降缓兵之计稳住高骈、张璘，减少自己的压力，待各镇援兵撤至江淮以北，他立刻与高骈撕破脸并大打出手。高骈发现自己上了大当，怒火三万丈，立刻命张璘率部击巢，早有准备的黄巢在信州城下列阵相迎，大破唐军，张璘死于乱军中。

取得信州大胜后， 黄巢大军北渡长江的障碍已被搬除，继续北上的大门已被打开。当年7月，黄巢挥军自采石矶（今安徽马鞍山市西南）横渡长江，过江后连克和州、滁州，进围天长、六合，其主力直趋扬州城下，高骈的诸道行营总指挥部就设在城中，巢军日夜在城下耀武扬威，欲引诱唐军出战。

高骈见“贼军”势大，不敢出战，只想固守待援。原黄巢部将、现已归降唐军的毕师铎在高骈帐下效力，他还有点勇气，对黄巢也很了解，他建议高骈开城突袭，不能让黄巢安然渡过黄河，为患中原、关中。高骈因自己的精锐主力已丧失殆尽，各镇援军又被打发回去了，兵力不足，又不敢豪赌输赢，于是假装患了风瘫之症，卧床不起，闭门不出。他以诈病为幌子拒绝采纳毕师铎的提议，不许诸将出战，只是想固守自保而已。

黄巢原本是想彻底歼灭高骈部再挥师北上，故在天长（今属安徽）一带留驻了40余日，欲寻机攻破扬州城，击灭高骈军，见高骈据守不战，没有战机，硬攻又不划算，遂下令全军撤围北上。

唐将曹全晟率6000兵马在泗上（今江苏泗水以北的地域）阻抗黄巢大军，不料被黄巢军一举击溃，6000将士几乎全部战死，黄巢报了荆门惨败之仇。彼时黄巢又拥军50余万，又因屡屡取胜，士气颇盛。

黄巢军击破曹全晟后，在淮泗一带稍事休整，随后于同年9月间渡过淮水，进入今天的安徽北部河南东部一带。

此时黄巢改称号为“天补大将军”，也有史料记作“率土大将军”，他向驻扎各地的唐军发出通告，申明自己即将提兵入长安，兴师问罪，只反李氏皇帝诸王宗亲，与众人无干，让唐军将士各守本境，不要听从朝廷调遣，出兵勤王，惹事生非。各藩镇对 刻薄寡恩的唐廷本无好感，又想拥兵自重，接黄巢通告后更是坐山观虎斗、隔岸观火，纷纷做起了看热闹不嫌事大的壁上看客 ......