1922年6月16日夜陈炯明叛变，孙中山的革命事业受到挫折，在许崇智的帮助下最终扭转危局，这段时间许崇智在战败时情绪难免低落，孙中山为此先后写了信件、手书一幅来安慰和鼓励许崇智，内容为“夫天下之事，其不如人意者，固十常八九，总在能坚忍耐烦，劳怨不避，乃能期于有成”，从这些事可以看出孙中山对许崇智的信任与器重。
许崇智
许崇智1886年10月7日生于广州，三岁丧母，八岁丧父。许崇智1901年入福建马尾船政学堂攻读，1902年被选送日本陆军士官学校第2期学习，1904年毕业归国，任福建新军第10协参谋，福建武备学堂教习、总教习，新军第10镇第40标标统，至辛亥革命前夕，许崇智已擢升为该镇第20协协统。
1906年许崇智加入中国同盟会，参加反清斗争，1911年春在新军中加入同盟会，10月武昌起义爆发，许崇智等人在福建积极响应，并说服第10镇统制孙道仁一起起义。11月8日许崇智指挥起义新军分别攻打福建总督府和旗兵营，很快就将清兵消灭，闽浙总督松寿服毒自杀。11月11日福建军政府正式成立，孙道仁出任都督，许崇智被推举为福建海陆军总司令。1912年1月中华民国临时政府在南京成立，许崇智被孙中山任命为民国陆军第十四师师长。
辛亥革命时期的许崇智
1913年7月孙中山领导的二次革命爆发，7月12日江西李烈钧在湖口宣布独立，江苏、安徽、广东等省亦相继宣告独立。袁世凯派人至福州，唆使许崇智举兵进击江西及江苏之侧背，许崇智断然拒绝，并19日通电宣布福建独立，响应二次革命，出任福建讨袁军总司令，但由于敌我力量悬殊，最后讨袁战争失败，他只好逃往上海。
不久许崇智东渡日本，在东京第一次遇见了蒋介石，但并未深交。此时，孙中山正在东京成立中华革命党，许崇智加入了该组织，并被推举为军务部长，他辅助孙中山筹划在国内组建中华革命军东北、东南、西北、西南四个军，居正、陈其美、于右任、胡汉民分别任总司令，随后他奉孙中山之命去山东，协助居正指挥东北军北上讨袁，5月他任东北军代总司令职。这时蒋介石受孙中山派遣来到山东，参加东北军事务，经许崇智推荐，蒋介石被任命为东北军参谋长。
袁世凯病逝后，讨袁已失去意义，蒋介石与许崇智离开山东，先后回到上海。许崇智回到上海后不久，就与蒋介石、张静江焚香换帖，拜为金兰兄弟，在他们三人中，张静江的年岁最大，许居二，蒋居三，蒋介石口口声声称许为“二哥”，一时十分亲热。
1917年7月孙中山发起护法运动，9月成立护法军政府，孙中山就任海陆军大元帅，下令讨伐段祺瑞，许崇智被孙中山任命为大元帅府参军长，不久又兼陆军总长，帮助孙中山处理军务。
1917年12月孙中山以广东省防军为基础成立援闽粤军，编5个支队，以陈炯明为总司令，许崇智为第二支队司令，蒋介石在次年3月南下，被任命为粤军总司令部作战科主任，参与拟订作战计划等事宜，但由于蒋介石不被陈炯明重用，不到半年就辞职去了上海。
1918年5月援闽粤军分三路向北洋军阀控制的福建进军，许崇智率第二支队为左翼，向闽西南进发，很快攻克上杭、武平等地，援闽粤军所到之处，地方武装和民军亦纷纷归附。很快援闽粤军扩大到2万余人，重新编为两个军，陈炯明以总司令兼第一军军长，许崇智升任第二军军长，蒋介石在“二哥”许崇智部下任第二支队司令。
1920年7月桂系军阀陆荣廷图谋侵占广东地盘，以讨伐福建北洋军为名进攻粤军，8月孙中山命令援闽军回师广东，许崇智当即指挥所部返回，10月下旬攻克广州，驱逐陆荣廷的势力，结束了桂系军阀在广州数年的统治。
1921年5月孙中山在广州就任非常大总统后，决定继续出兵讨伐集结在桂林的陆荣廷等人，许崇智听从孙中山的命令，率领第二军沿四会广宁之线向贺县进击，直取桂林，8月粤军完全占领广西，陆荣廷等逃亡，许崇智为孙中山统一两广作出了贡献。
两广统一后，孙中山决定北伐，讨伐的主要对象是北方的直系军阀曹锟和吴佩孚。1921年12月孙中山在桂林组织北伐大本营，任命许崇智、李福林、朱培德、袁程万、谷正伦分别为粤、闽、滇、赣、黔军总司令，准备借道湖南大举北伐。
许崇智等人拥护孙中山的北伐决策，但是留守在广东的陈炯明，却与直系军阀暗中勾结，破坏北伐大计。北伐前许崇智和蒋介石都主张先回粤巩固后方，后北伐，原因是怕占据粤东的陈炯明生变，孙中山不以为然。由于湖南省长赵恒惕又不允许借道，孙中山决定改道江西进行北伐，以李烈钧为北伐军总司令、许崇智为总指挥，在前线的许崇智与李烈钧率师分途北进，于6月13日攻克赣州，又进至吉安，直指南昌。
果然不出蒋介石所料，1922年6月16日夜陈炯明在广州突然发动武装叛乱，炮轰总统府，孙中山穿过枪林弹雨，逃到永丰舰（后改名中山舰）上避难，并指挥海军舰队讨伐叛军，同时电令入赣的北伐军回师广东平叛。
许崇智接到孙中山的电令后，立即率领第二军及李福林、朱培德部回师，在韶关至翁源一带与叛军展开了激战，苦战数日，由于弹尽粮绝，许崇智只好率部退入赣南瑞金。
1922年6月18日处于困境中的孙中山，急电在宁波老家的蒋介石：“事紧急，盼速来。”本来蒋介石是因为孙中山不听劝阻才赌气回老家的，他一看孙中山遇难，觉得这是一个重要时刻，便决定立即启程奔赴广东，于29日来到停泊在黄埔的永丰舰上，与孙中山共患难，为孙中山出谋划策，最终使孙中山脱险，8月9日又将孙中山护送到上海，从此蒋介石获得了孙中山的信任。
在江西的许崇智知道回师广东已不可能了，就策动皖系驻闽之混成旅旅长王永泉，联合行动进取福州，10月中旬许崇智率余部一万余人在延平（今南平）与王永泉部会合后围攻福州，直系福建督军李厚基被打败后逃走，许崇智占领福建后，部队又迅速扩充到2万余人。
孙中山在上海闻知福建大捷的消息后，非常高兴，立即任命许崇智为东路讨贼军总司令，经许推荐，蒋介石被任命为第二军参谋长，但因蒋介石与粤军一些将领不和，便很快离职。12月孙中山策动桂军和滇军组织西路讨贼军击败陈炯明叛军，次年1月攻占广州，孙中山于2月回到广州重建大元帅府，任命蒋介石为大本营参谋长，但蒋介石并未立即到职。
1923年4月吴佩孚派人策反沈鸿英，沈鸿英反叛，广州形势危急，孙中山电令许崇智率师回粤，许崇智接电后立即率师来援，但中途遭到叛军陈炯明的部队阻击，损失惨重，回到广州时只剩下5000余人，已难以与滇、桂军队抗衡。不久陈炯明叛军又蠢蠢欲动，许崇智率粤军驻博罗，遭叛军猛烈攻击，许紧闭城门固守待援，被围十余日，后来得到李济深部相援，才得以解围，11月许崇智率余部回到广州。接着孙中山就把广东所部粤军统一编为建国粤军，许崇智被任命为建国粤军总司令兼第二军军长，蒋介石为参谋长。
1924年1月20日至30日国民党在广州召开第一次全国代表大会，确立联俄、联共、扶助农工三大政策，许崇智拥护孙中山的决策，当选为中央候补监察委员，同时又被任命为中央党部军事部长，蒋介石因资历不够，未能参加大会，情绪颇为低落。
国民党一大期间，孙中山决定筹建黄埔军校，设立建校筹备委员会，经许崇智推荐，孙中山任命蒋介石为筹备委员会委员长。蒋介石接受任务后，常为经费不足、校舍破旧而发愁，更使他不满的是在国民党一大选出的领导机构中没有自己的位置，因此于2月21日提出辞呈，返回老家奉化。此后经孙中山、许崇智、廖仲恺等人多次去电催促，蒋介石仍不返回，3月31日许崇智专程由上海赶到奉化，劝说蒋介石回粤，他除给蒋讲办军校是为党国造就军事人才的重要意义外，还答应向孙中山举荐蒋为粤军参谋长，蒋这才随许崇智回广州，5月3日孙中山正式任命蒋为黄埔军校校长兼建国粤军总司令部参谋长。
1925年1月7日盘踞在东江的陈炯明自称“救粤军总司令”，乘孙中山北上之机，准备进犯广州，广州大本营决定东征讨伐，分三路向粤东进军，许崇智为右翼总司令，指挥粤军精锐及蒋介石率领的黄埔军校两教导团于2月初出击，14日即攻克陈军东江门户淡水，至3月下旬平定粤东。6月初广州滇、桂军发起叛乱，东征军迅速回师，很快消灭叛军2万多人，一举稳定了广东的局势。
1925年3月12日孙中山在北京病逝，正在东征前线的许崇智，为失去革命领袖和良师益友而悲痛不已，据说他特以电报建议每星期一举行总理纪念周会，以缅怀孙中山，这个建议后来得到国民党中央政治会议通过实施。
1925年7月1日国民党在广州将大元帅府改组为国民政府，汪精卫任国民政府主席，胡汉民任外交部长，许崇智任军事部长，廖仲恺任财政部长。许崇智还任国民政府所属的广东省政府主席兼军事厅长，蒋介石除主持军校外，还被任命兼广州卫戍司令一职。8月20日廖仲恺被人暗杀，为侦破此案，国民党中央决定，由汪精卫、许崇智、蒋介石3人组成特别委员会，授以政治、军事、警察全权，处理廖案，8月24日蒋介石以广州卫戍司令名义宣布广州戒严，他派何应钦率领黄埔学生军担任市区警戒任务，控制全市。
许崇智
因为粤军中有些将领涉嫌廖案，形势对许崇智越来越不利，这些将领对廖仲恺严格纪律，统一财政税收，禁烟馆赌场等举措多有不满，而以许崇智为保护伞。
早前蒋介石就嫌许崇智对粤军将领过于宽纵，又对许的纵情酒色而高居要职不满，此时便借口廖案，整治粤军。许崇智无可奈何，只得下令将涉嫌廖案的粤军将领逮捕，他们的部队则被蒋介石指挥的第一军包围缴械。
此后蒋介石又说还有很多粤军将领与廖案有牵连，粤军已不可靠，为安全计，改派黄埔学生军负责许之警卫，许崇智没料到，他这位金兰兄弟会夺他的军权。当许崇智觉察自己已遭蒋软禁时，就立即电调部队来广州为自己保驾，蒋介石早有准备，保驾部队一到广州就被包围缴械，19日夜蒋介石又派黄埔学生军包围粤军总部和许崇智的住处东山公馆，解除了许的卫队。
蒋介石为了夺取许崇智的权力，与汪精卫合谋进一步逼宫，当夜蒋介石突然打电话对许崇智说：“现在广东空气，对总司令（指许）非常不利，不如请你短时期离开一下，等到我们把事情弄妥当了，以后一定再请你回来主持军事。”随后他派人给许送去了一封长信，信中先是历数许崇智的过错：军纪散漫、侵吞军饷、用人不当等等。然后威逼许崇智，让他暂时离开广东。许崇智看完信后，见大势已去，于当天深夜拿着蒋介石派人送来的2万元费用，乘轮船离开广州去上海，路上还有蒋介石派的一支队伍护送，自此许崇智在国民党中的军事首脑地位被蒋介石取代。
许崇智被蒋介石驱逐到上海后，就住在英租界一套豪华的洋房里过起了寓公生活，不久蒋介石又派人送去了20万元作安家费，每月发给许崇智1万元作生活费。
1927年蒋介石在上海发动“四一二”反革命政变后，又在南京另立中央，与以汪精卫为首武汉国民政府相对抗。这时许崇智活跃起来，期盼东山再起，他和汪精卫、孙科直接会谈，提出宁、汉、沪3个中央党部合为一体，共同组织一个中央特别委员会，行使中央职权，但是这个特别委员会成立后仅存在3个月就解散了，随后许崇智出国考察。
蒋介石掌稳国民党中央大权后，许崇智对他长期搁置自己非常不满，一再扬言要揭他的“逼宫”阴谋，将蒋介石的那封信摄影复印，分地保管。蒋介石也明白自己的亲笔信落在许的手里是个祸根，一再想要收回此信，但许托言已经遗失加以拒绝，后经戴季陶等人周旋，蒋介石在许崇智出洋考察之际，送给旅费30万元，才达成默契不再声张。
国民党各派反蒋势力在与蒋介石的斗争中，许崇智常常是被争取的重要对象，1929年冬唐生智发动反蒋，许崇智于12月6日通电蒋介石，劝其引退，12月12日在国民党的中常会上，蒋介石以“阴谋反动，危害党国”罪，将许崇智加以通缉。
1931年2月蒋介石因为胡汉民反对自己制定“训政时期约法”，将胡汉民软禁于汤山，国民党内各反蒋派系的首领群集广州，于5月成立了“中国国民党中央执监委员非常会议”，并另立“国民政府”，许崇智被迎去广州委以要职。
“九一八”事变后许崇智曾多年担任中央监察委员，后来还被任命为监察院副院长，但仍是徒具虚名，未有实权。
许崇智便装照
1937年11月日军攻占上海后，许崇智到租界里避难，蒋介石担心他落入日军之手，先后两次派人给他送去共15万元，催促他早日离沪。1939年夏秋间许崇智秘密前往香港，这时汪精卫正在南京组建汪伪政府，想拉他下水，并以高位为诱饵，他不为所动，断然拒绝，还明确声称准备转赴重庆团结抗日。
1941年12月日军攻占香港后，许崇智与重庆方面联系派飞机来接，但飞机到港后被孔祥熙家占用，他只好暂避于一家私人佛堂，乔装成修行的和尚。但是不久还是有人向日本人告密，日本宪兵将许崇智拘捕，囚禁于香港大酒店，驻港日军少将酒井为笼络许崇智，3个月后释放了他。
不久矶谷廉介出任驻港总督，借着早年与许崇智是日本士官学校同学的关系，一再施展诱降伎俩，帮助他开办宏丰公司赚钱，唆使他出任汪伪南京政府要职。但他以民族大义为重，坚决拒绝出任伪职。矶谷廉介见许崇智不肯就范，就把他禁闭在香港饭店，威胁利诱不止，还要他在阳台上与对街的家人见上一面以示永诀，以此来威吓他，但他不为所动，1944年矶谷廉介调离，他才得以脱身，转移到澳门居住。
1946年5月许崇智应邀到南京参加“还都大典”，蒋介石只给他安排了一个国民政府资政的闲职，他大为不满，便去上海与居正、吴铁城、戴季陶、陈仪等人合资开办成功贸易公司，自任董事长，设总公司于台北，专事台湾与大陆间的商业贸易，这年秋天，他迁居香港。
蒋介石败退台湾后，特聘许崇智为“总统府资政”，他不愿去台湾与蒋介石为伍，仍寓居香港。
1965年1月25日许崇智因冠心病在香港去世，享年78岁。
许崇智
蒋介石得到他许崇智的死讯后，只发了一个唁电，别无任何表示。
