内伶仃岛位于深、珠、港、澳四个城市之间的珠江口东侧的伶仃洋面上。距深圳8海里，距珠海13海里，与香港特别行政区屯门区隔水相望。由于此岛特殊的地理位置和优越的自然条件，岛上动植物资源较为丰富。内伶仃岛原属比珠海要老牌许多的新安县和民国初年更名为宝安县的管辖范围。
1952年，广东省进行了一系列的行政区划变动，开始实施大行政区制。全省除了省辖市外，各县均由粤东、粤中、粤西、粤北和海南五大行政区分领。这一年，广东省新设立了雷东、渔民、东方、琼中四个县。其中与宝安县的内伶仃岛有关系、40年后关系更大的是渔民县。渔民县以宝安、东莞、中山三个县所属海岛为其行政区域，归粤中行政区领导；从这三个县划归给渔民县管辖的主要海岛计有：原属宝安县管辖的白石、树岛、小产、门洲、又一洲、内伶仃等岛；原属中山县管辖的万山群岛、淇澳、蛇岛、九州等岛；原属东莞县管辖的龙穴岛、万顷沙等。从这一年起，从行政时效或理论上看，原属宝安县管辖的内伶仃岛就从它的母体上分离给了别人。
可是这里有一个很奇怪的问题：1952年12月31日，中央人民政府政务院在给当时中南军政委员会并转广东省人民政府的政政齐字一八O文件明确批复：“同意增设雷东、渔民二县。……东莞、中山、宝安三县所属海岛划设为渔民县。希望最后确定的各该县详细辖区范围、治所驻地、成立日期、隶属关系（渔民县是否属粤中行政区领导）、区划图等等迳送内务部核备。”在中华人民共和国民政部编、中国社会出版社于1998年出版的《中华人民共和国行政区划》（1949-1997）一书中，也明列了1952年广东省在粤中行政区内设立了渔民县。真实的情况却是，这个渔民县在广东并没有成立，而是成立了一个海岛渔民区。
据相关资料载，具体情形是这样的：1950年8月，万山群岛全部解放，为了加强珠江口的整体防御力量，利于部队统一设防、统一指挥；为发展渔业生产，便利领导，广东省人民政府于1951年1月成立了海岛管理局及珠江分局，统一管理珠江口内外的全部海岛。1952年，海岛管理局珠江分局改为珠江专署海岛管理处，同年7月，又把这个海岛管理处移交给中山县，成为中山县的一个区，即海岛渔民区。是不是在中山县的这个渔民区之外，还有一个渔民县呢？我们遍查资料，均没有一个渔民县。
广东省在1952年是否设立了一个渔民县？我们从政务院1953年4月20日以政政孙字第五十九号文件，对1953年1月31日及3月17日中南军政委员会第○一八二号报告和附件的批复，可见个中端倪：“本院曾以1952年12月31日政政齐字第一八O号批复前中南军政委员会准广东省成立雷东、渔民二县。现同意将渔民县正式定名为珠海县。”这是否就是说，广东省在接悉政务院同意设立渔民县的批复件后，又觉渔民县这个县名不好，并没立即成立渔民县，而是拟将渔民县改为珠海县，重新报告政务院，获准后才弃渔民县不用，以珠海县代之的？这种推论大致不会错到哪去。
1953年4月30日，广东省人民政府发出[53]粤民府朱字第六十二号通报：“本省为发展渔业生产，便利领导……将中山县属的中山港乡，东莞县属的万顷沙及珠江口外附近的三灶、大横琴、小横琴、南水、北水、高栏、荷包、淇澳、龙穴、内伶仃、外伶仃、三门列岛、万山群岛、担杆群岛、佳逢群岛等全部海岛划设珠海县……。”珠海县亦于政务院批准的当天，即4月20日正式成立，县政府驻唐家。这是珠海正式出生后的名字。1959年3月20日，经国务院批准，广东省又将石岐市和珠海县撤销，其行政区域并入中山县。这时，深圳与珠海有争议的内伶仃岛又归属中山县管辖。1961年10月15日，经国务院批准，恢复珠海县，以原珠海县并入中山县的行政区域为其行政区域。这样，珠海又把内伶仃岛给带了回来。1979年3月5日，经国务院批准，撤销宝安县，设立深圳市；撤销珠海县，设立珠海市。1982年12月31日，经国务院批准，宝安县又得到恢复，以深圳市的部分行政区域为其行政区域，仍由深圳市管辖。1992年11月11，撤销宝安县，设立深圳市宝安区。
行文至此，按说情况已是十分明了了，就没必要再说下去了。但是，中国的事情往往有很多曲折和说不清、道不明的地方。比如说，50年代初，内伶仃岛划归拟设立的“渔民县”及一年之后更名为珠海县后，这个海岛并没有真正到了“渔民县”和珠海县手里。那么，是不是宝安县没把内伶仃岛移交给珠海县呢？也不是。原因是1949年南澳县和海南全岛尚未解放，1950年2月和4月，才先后被解放（包括西沙群岛、南沙群岛、中沙群岛）。广东全境获得解放后，珠江口外的这些海岛，便被视为中国南海海防的要塞守备区，也是重要的海防南大门。正是基于这些海岛的重要战略地位，新中国成立后，为巩固国防，珠江口外的一些海岛长期以来一直为军队驻守。内伶仃岛也属同一类型。1952年，原住内伶仃岛上的宝安县居民被撤出，这个海岛遂成为军事禁区。其间的30多年，珠海和宝安虽然也有一些供应海岛驻军副食品等等支援部队的行为，但对内伶仃岛是否一直存在并使用着管辖权，均不够清楚，也没有法定的隶属关系。
从内伶仃岛划归“渔民县”、珠海县，直至珠海、深圳市成立后的这么多年来，双方对内伶仃岛的权属并没提上议事议程。如，1984年4月29日，广东省人民政府批准建立深圳市内伶仃岛森林生态系统植物自然保护区。1988年5月9日，《国务院关于公布第二批国家级森林、野生动物类型自然保护区的通知》，在第十五处的名录中，将内伶仃-福田自然保护区列入：内伶仃-福田自然保护区“位于广东省深圳市蛇口区，与香港隔海相望，面积500多公顷。1984年省政府批准建立。内伶仃岛上植被茂盛，属热带亚热带常绿季雨林，有猕猴数百只。福田位于深圳市沿海地带，东西长11公里，红树林和鸟类资源丰富，与香港米埔自然保护区只一水相隔。”
不知什么原因，珠海市对此并没有什么强烈反应，或者是有反应，但没有见诸于书面申诉材料？于是，深圳市就按林业部《关于深圳市内伶仃自然保护区计划任务书的批复》精神，不但建立了深圳市内伶仃-福田自然保护区，而且还在内伶仃岛上依该批复文件第五条：“自然保护区的管理机构设置和人员编制问题，以及所需一切事业经费，请你厅（广东省林业厅）报请广东省人民政府批准解决”的意见，建立了深圳市内伶仃一福田自然保护区派出所。
据深圳方面的说法，在内伶仃岛的归属问题上，只是到了1990年5月，深圳机场要在内伶仃岛上建一个导航台，并将此事向驻岛部队的上级——珠海警备区提出时，珠海方面才突然提出对该岛有管辖权的；而引发深圳市对内伶仃岛的管辖权表示出强烈关注和不断呼吁的，却缘于广东有关方面在1992年4月作出的内伶仃岛归属于珠海市的裁决意见。这个裁决意见一经公布，即刻引起深圳市的震动，他们一方面请求上级政府撤销对内伶仃岛归属问题的“错误裁决”，一方面整理了许多证明内伶仃岛从来都是归属深圳实际管辖的申诉材料；珠海方面则稳坐钓鱼船，只把握着当年政务院成立“渔民县”时，同意广东省把包括内伶仃等海岛划为“渔民县”及更名为珠海县的行政区域，就足够了。
1992年5月，双方在内伶仃岛上展开了一场接收与反接收的斗争。据深圳方面的资料：5月9日，珠海方面上岛设立公安局派出所，随后又有珠海市内伶仃岛旅游开发公司、珠海市万山区内伶仃岛工作站、珠海市内伶仃岛房地产开发公司在内伶仃岛纷纷挂牌，岛上秩序一片混乱。后经国家林业部、广东省政府加以制止，要求双方限期撤出办事机构和上岛人员，双方武力对峙的局面才幸免发生。
为什么两市都对内伶仃岛产生这么大的兴趣？为什么又将这个海岛到底属谁的问题提到了一个非常高的层面，惹得许多人士，一谈到内伶仃岛的权属问题，就露谈虎色变之形？说白了，还是因为有旅游资源，有经济利益隐藏其内。譬如，深圳市原计划在内伶仃岛上开发旅游度假的项目；珠海市则想启动一项跨世纪的工程项目——伶仃洋跨海大桥。
从1990年开始，深圳、珠海两市为争夺伶仃岛管辖权限进行了长达19年的官司，直至2009年9月，广东省政府才正式批复，把内伶仃岛的行政管辖权划给深圳。如今，内伶仃岛与福田红树林一起，被列为国家级自然保护区，由广东内伶仃福田国家级自然保护区管理局统一管理。
