《正德云南志》卷二说云南屯田最为重要：

盖云南之民多夷少汉，云南之地多山少田。今诸卫错布于州县，千屯遍列于原野；收入富饶，既足以供齐民之供应，营垒连接，又足以防盗贼出没。此云南屯田之制，所以其利最善，而视内地相倍蓰也。”

这是明朝统治者预计不到的所起作用的一面。

明代云南行政划分

洪武十五年（1382年），云南设置布政使司的同时，设置云南都指挥使司。是年正月，明太祖谕言：“今云南既克，以统诸军。”即统领驻各府州县的卫所军队。设置在云南的卫所

有云南左卫（六千户所）、云南右卫（六千户所）、云南中卫（六千户所）、云南前卫（五千户所）、云南后卫（五千户所）、广南卫（四千户所，原在广南府，后移在滇池）、宜良所、安宁所、易门所、杨林所、十寨所，以上千户所的屯地，主要在云南、澂江两府境内。曲靖卫（六千户所）、越州卫（二千户所）、平夷卫（二千户所）、六凉卫（六千户所）、马隆所、定雄所、木密所、凤梧所、武定所，以上千户所的屯地，主要在曲靖府、寻甸府、武定府境内。临安卫（五千户所）、通海御（二千户所）、新安所，以上千户所的屯地，主要在临安府境内。楚雄卫（五千户所）、定远所、姚安所、中屯所，以上千户所的屯地，主要在楚雄府、姚安府境内。大理卫（十千户所）、大罗卫（二千户所）、洱海卫（六千户所）、鹤庆御（二千户所）、蒙化卫（八千户所），以上千户所屯地，主要在大理府、鹤庆府、蒙化府境内。永昌卫（十千户所）、永平御（二千户所）、腾冲卫（六千户所）、腾冲所、镇姚所、镇安所、右甸所，以上千户所屯地，主要在永昌府、顺宁府。景东卫（五千户所），屯地主要在景东府。澜沧卫（五千户所），屯地主要在北胜州。

其余各府不设卫所的，有丽江、永宁、镇沅、元江、广南、乌蒙、东川、芒部等府，还有边境的御夷府、州及土司区域，一般不设卫所。

明代云南都司所领20卫、3御、18所，共有133个千户所，如果每千户所的官兵都是足额，则驻在云南的卫军共有159600人，这一数字是可观的。

《明史·临安土司传》说：

“安南长官司，元为舍资千户所，以地近交趾，改安南，属临安路。正德八年（1513），革蒙自土司，改长官司为新安守御千户所，调临安卫中所官军戍之。”

杨慎《刘都谏（洙）阡表》说：

“壬申岁（正德七年），适安南长官司那代伏莽，议建守御千户所于冷水沟。公家与此地近，熟知其事，乃疏言：城守非朝夕之寄，恶地非营廛之所，命下覆议，因改今新安所。”

雍正《建水州志》卷三说：

“洪武二十七年，设临安卫，分于五所屯田，又以蒙自新安当南蛮要冲，通海当省郡咽喉，分两所于通海，调中所于蒙自，内外交控，兵食为一。”新安当交通要冲，成化年间，又设临元兵备道，即为防御安南。

明朝在云南设置的土司，按其所在地域划分，可分为内地、腹地、沿边、边外四类。由于各地的情况不同，社会经济发展极不平衡，土司制度的推行程度也不一致。当时，明政府在云南设置土司，实施的是“三江（澜沧江、怒江、金沙江）之外宜土不宜流，三江之内宜流不宜土”的方针，内地土司处要冲，汉、夷杂居而以汉族居多数，比较容易控制，如曲靖、临安、楚雄、大理等府，皆为流官统辖。

腹地土司多设置于云、贵、川三省交界之地，交通不便，少数民族多而汉族少，不便于封建政府的统治，如乌蒙、乌撒、芒部、东川等府。最初，明政府对待这些地方同内地土司一样，在此设官立学，定其赋税。据《明史·土司传》：

“洪武十七年（1384），割云南东川府隶四川布政使司，并乌撒、乌蒙、芒部皆改为军民府，而定其赋税：乌撒岁输二万石，毡衫一千五百领；乌蒙、东川、芒部皆岁输八千石，毡衫八百领。又定茶、盐、布匹、易马之数，乌撒岁易马六千五百匹，乌蒙、东川、芒部岁四千匹。凡马一匹，给布三十疋，或茶一百斤，盐如之。”

四府设官，正印知府多为土官，而其余佐贰同知、通判等多为流官。由于是以土官为主进行地方统治，在中央政府对其控制不力时，就会有以土代流的情况出现。如在正统（1436—1449）时期，就有撤革流官、宽贷土官的事情发生，如乌撒、东川、芒部等。

沿边土司在边境地区，汉族极少，多为少数民族居住，如明代“三宣”，即南甸、干崖、陇川三宣抚司。明初在这些地方设治，以土官为主，以流官为辅，明中叶以后，通判、经历、同知等流官逐渐为土官所代替。

边外土司设置在边境与境外交界地区，当时中南半岛北部与云南接境的地方受明朝羁縻统治，这些土司包括云南的车里（今西双版纳）、平缅（今德宏）、木邦（今缅甸北掸邦）、孟养（今缅甸克钦邦）、缅甸（今缅甸曼德勒省）、八百（今泰国清迈）、老挝（今老挝朗勃拉邦）、大古喇（今缅甸勃固）、底马撒（今缅甸丹那沙林）等宣慰司。明政府在上述地方设置宣慰使一人，以土官为之，不设流官。对于明朝政府，这些土司要听征调，奉职贡，凭明朝颁发的信符及金字朱牌与中央政府保持联系。

“改土归流”的建议，最初是由云南总兵官沐琮提出来的，在得到明中央政府的同意之后，便在云南等地实施开来。在人事制度方面，“改土归流”是以流官代替土官；在地域名称方面，则是以府、州、县、千户所等代替同等级别的土司，或将土司之地划入原流官区域，以纳入明朝正规建制体系之中。

到万历（1573—1619）末年，明朝政府将云南靠内地区大部分土司的高职土官改设了流官，州、县以下部分土官也被流官所代替。由于进入明朝晚期，中央政权衰微，有些已改土归流的土司反叛，明政府不得已允许土官继续统治地方，“改土归流”政策的实施受到了阻碍。虽然“改土归流”已成为历史发展的必然趋势，但行将灭亡的明政府已无力将此政策实施到底，对所有土司地区进行“改土归流”的使命，只能由清政府来最终完成。

税率方面和全国其他地方相比，云南的地租剥削尤为惨重。据张培爵等《大理县志稿》载，万历九年（1581），大理阳和庄农民杨儒佃耕田地四亩，年纳谷九石。而明代田地的年产量，即使肥沃的长江三角洲，“每亩之收，不过三石，少则一石有余”，大理地区田地的年产量最高也不会超过每亩二石五斗，依此计算，租率已高达90%以上。

除了沉重的地租之外，转嫁到广大贫苦农民头上的，还有名目繁多、不堪重负的徭役。“

正如明代邓川白族诗人高桂枝《卫兵行》所云：“屯苦守，练苦行，卫兵不足调土兵，输刍挽粟及乡民。军耶！民耶！都应役，千家只有十家存。”

到了明朝末年，云南的情况是：

“顾徭役之外，则有土军；赋外之征，则有银课。劳已极，而役不休；人已贫，而敛愈急。此乃中州所无，而云南独苦者。”

明王朝

从15世纪中叶起，云南各族人民以逃徙、告状、起义等各种方式反抗明政府及地方官吏的残暴统治。最初的斗争，大多是反抗地方土官的欺压，并导致了明朝政府在一些地区加快“改土归流”的步伐。

1440年，维摩（在今邱北北部）、阿迷（今开远）、弥勒三州的壮族人民举行反抗土司的起义；接着，师宗州的彝族、壮族人民联合起来，在金郎刺等人的率领下，举行了数千人的大起义。明朝政府与当地土司进行镇压，但反抗势力有增无减。 1441年，鹤庆土知府高伦“私敛民财，多造兵器，杀戮军民”，被杀者的妻子阿夜珠上表控告。经过3年的曲折斗争，明朝政府在各族人民的压力下，为避免引起更大范围的反抗，将高伦处以死刑，并将鹤庆“改土归流”。 1444年，人民杀死土官从人，夺走其坐骑。最后，明朝政府不得不同意各族人民“愿得流官以治”的要求，于1493年将维摩、弥勒二州“改土归流”。

16世纪以后，随着明政府在云南的统治越来越腐败，横征暴敛日趋加重，云南各族人民的反抗斗争也更加激烈。

正德二年（1507）“师宗民何本作乱，沐崑与都御史吴文督兵分三道进：一出师宗，一出罗雄，一出弥勒，而别遣一军伏盘江，截贼巢，遂大破之”。这是广西府设流后声势浩大的一次武装起义，明王朝发兵三路围攻，并调集武定土司武装进行镇压。据禄劝“镌字崖”的《凤公世系纪》载，凤英于正德二年（1507）“奉征师宗豆乡，捷报伟绩，钦赐尽心报国金带一束”。

1521年，十八寨彝族人民再次举行暴动，明朝军队采取杀光的残酷手段，竟然砍下樵夫的首级报功领赏，残暴到极点。

《明世宗实录》卷九云：正德十六年（152l）十二月，“诛云南十八寨夷贼阿寺等八十三名，仍于本处枭示”。

万历《云南通志》卷九《何孟春传》则云：

“十八塞逆酋负险，不得已奏讨。及至其寨，荡然无一贼可诛。一时官军倖功，复请搜山，遂以樵苏之人充首级报功。后知之，深悔其事，已无及矣。”

在镇压了此次起义之后，明政府设十八寨守御千户所，遣旗军500名，操备300名，对当地人民进行镇压。

万历皇帝

关于当时各族人民的起义，连明王朝统治者也不得不承认是其横征暴敛所致，据《明神宗实录》卷四八五载，万历三十九年（1611）

“近日抚臣周嘉谟、按臣邓渼疏言：该镇总庄横征暴敛，以致劫夺蜂起，昆阳、南安、易门、宁州、嶍峨等数十处，大盗公行，修于夷虏，无非该镇庄户”。

明军

明朝后期以来，云南人民饱受明政府的残酷剥削和压迫，清政府建立以后，又与土司一道镇压各族人民。大西军进入云南以后，分路平定安抚，到公元1647年秋天，基本上平定了云南全省。

李定国平定了云南土司沙定洲的变乱。据佚名《明末滇南纪略》载：

“招抚附近地方，凡附逆者悉不究，各安农事，如是出降络绎不绝。李定国慰赏劳之，出令不许掳掠，违者立斩，自是迤东半壁安堵矣。……闻丽江梗阻，李定国带兵亲去破鹤庆，开丽江……方三月而迤西尽平。回省命沐天波为文招抚各土司……各处土司次第来归”

大西军的政策措施深受各族人民的欢迎，不少彝、白、壮、傣等各族人民参加了大西军，部队里增添了象队，补充了大理“能跣战（赤脚打仗），不畏矢，执标枪大刀，常以少胜多”的少数民族战士，部队扩大到20余万人。

大西军的军纪非常严明：

“日夕操练士卒，三、六、九日大操。凡发兵征剿，所过大路，鸡犬不惊。百姓卖酒肉者，路旁不断。如兵余小子有擅夺百姓一物者，立刻取斩；如该主不首，连坐；该营官失察，贡十八棍。立法若是之严，故民得安息，反富庶焉。”

大西军避免了明朝统治云南时军户卖儿鬻女、四处逃亡流离的现象。“将各府、州、县田地分与各营头，即令彼处住坐就食。凡兵丁日支米一大升，家口月支米一大斗，生下儿女未及一岁者月给半斗，至三岁者如家口支。”“凡兵有家口者，每冬人给一袍；无家口者，一袍之外，人给鞋袜各一双，大帽各一顶。如是养兵，果士饱马腾。”“大西军还给其家属安排工作，将他们组织起来，自食其力，为军队做衣服。”“其军中家人并任云南，缝造征衣，其兵有十万余，各省人俱有，秦人约有一万。”“其俗：兵不扰民，将不欺士；往来有礼，安置有方。”

史料记载：

戊子（1648年）……是岁，滇南大熟，百姓丰足，而孙可望等立法甚严，兵民相安。……外则土司治迹，内则物阜民安。己丑元宵，大放花灯，四门唱戏，大酺三日，金吾不禁，百姓男妇入城观玩者，如赴市然”。

以至“云南百姓播时恬熙，若不知有交兵者”。 生产得到恢复和发展，人民富庶，安心生活，社会秩序稳定，云南成为大西军进行抗清斗争的基地。

在文化教育方面，大西军多次开科取士，促进了云南文教事业的发展。己丑（1649），“岁大熟……孙可望乃命马兆熙考试滇南生童，马兆熙考试毕，率云、武二府生童赴李定国府谢。定国赏钱三百串，面云：‘诸生用心读书，不日开复地方，就有你们官了’等语。诸生谢出。由是文教渐复兴也。