1948年8月，针对原有的以整编军为主的小型兵团，已经无法应付最新的作战形势，国民党军决定加强兵团组织，每个兵团不少于三个军，其中主力兵团不少于四个军。
在8月7日军事检讨会议结束这天，何应钦宣布任命三个兵团司令官：第二兵团司令官杜聿明，第十二兵团司令官黄维，第十四兵团司令官宋希濂；杜聿明、宋希濂属于兼任，两人分别有徐州“剿总”副总司令、华中“剿总”副总司令的身份。
宋希濂的十四兵团名义上辖四个军的番号，但实际只到位了两个军（20军、28军），两个军都非中央军，实力一般。而第二兵团、第十二兵团就不一样了，这是两支火力强大的兵团，和东北的廖耀湘兵团（第九兵团），被称为国民党军的“三大重装兵团”。会后，又相继任命了黄百韬、李弥、孙元良等兵团司令官。组建兵团速度如此之快，在蒋军历史上是绝无仅有的。
邱清泉落选司令官
第二兵团、第十二兵团是以整编第五军、整编十八军为基干编组的，这两个整编军长邱清泉、胡琏本以为司令官非己莫属，不想却成了杜聿明、黄维。
1946年，国民党军对部队进行整编，原有的集团军改编为整编军或绥靖区司令部，军改编为整编师，师改编为整编旅（东北的部队和关内部分部队未参与整编）。
整编第五军组建时，下辖两个整编师（整五师、整七十师）、一个骑兵旅及其他直属部队；整编第十八军组建时，辖两个整编师（整十一师、整三师）及直属部队。
整编第五师（原第五军）、整编十一师（原第十八军）属于国民党军“五大主力”（另外三支为新一军、新六军、整编七十四师）。这两支部队由军改番为整编师时，邱清泉、胡琏就是军事主官，等到扩编为整编军后，两人升任整编军长。
整编军相当于小型兵团，因此我军在作战中，称呼蒋军的整编军时，习惯冠以兵团的称呼，比如在豫东之战中，所说的邱清泉兵团、胡琏兵团，指的就是整编第五军、整编第十八军。
1948年8月初，国民党召开军事检讨会，会后以华中“剿总”、徐州“剿总”的部队为主，组建了第二、第七、第十二、第十三、第十四、第十六等兵团。
兵团司令人选出来后，邱清泉和胡琏极为恼火，因为这几个兵团，除了宋希濂的十四兵团，黄百韬的第七兵团外，都是由整编军升格的，十三兵团是由整编第八军扩编，军长李弥升任兵团司令；十六兵团由整编第四十七军扩编，军长孙元良升任兵团司令。
整编第八军、整编四十七军的实力大不如整编第五军、整编第十八军，但李弥、孙元良却升任兵团司令。这让邱清泉、胡琏很是尴尬，两人在副司令官的任命下来后，不约而同的选择拒绝上任，邱清泉称病回老家，胡琏在处理完父丧后又以牙疼为由，也不去十二兵团司令部履职。
豫东之战后期，黄百韬在救援区寿年的第七兵团时，陷入我军包围，激战数日后，在黄百韬已经感到绝望之际，邱清泉、胡琏率部相继赶到，鉴于战场形势已经发生剧变，我军主动撤围。此战黄百韬险遭覆灭，他心有余悸，战后对邱清泉表示了感谢。
然而很快，邱清泉就主动和黄百韬翻脸了。战后，黄百韬被蒋介石召到南京，亲自授予他“青天白日勋章”，并下令重建覆灭的第七兵团，委任黄百韬为司令官。
至于自认为救援得力的邱清泉，却受到老蒋的斥责，认为其接到命令后，行动迟缓，导致第七兵团大部被歼，兵团司令官区寿年、副司令官兼整编75师师长沈澄年被俘。
邱清泉不服气，直接给老蒋写了封信，陈述了七点原因：
自六月至今，日日激战、伤亡累累、整编第五军官兵疲乏；共军村村构筑工事、处处抵抗、堡垒重重、致伤亡特大；此次以节约弹药为主，压制不足、影响士气，突击部队伤亡甚大；共军在杞县东南筑有坚固工事，专事阻击；空军作战不能按照整五军要求；战车部队留在开封；舍正面攻击别无他法，迂回恐亦徒然。
老蒋看到信后，大怒，再次斥责邱清泉。因为任邱清泉说的再多，区寿年兵团被围龙王店地区时，黄百韬的部队距离龙王店比邱清泉兵团远的多，战后上报损失，黄百韬的基本部队整编25师伤亡惨重，他上报南京“国防部”称：“二十五师士气大伤、勉力编成仅有八个步兵营，非予长期整补不能恢复能战之历史。现伤患亟待后送，粮弹尤须追补。战力枯竭、休整不遑、赋予任务乞为体念”。
豫东之战中的出现的“黄百韬兵团”，是在区寿年兵团被围后，老蒋临时下令由黄百韬的整编25师加第三快速纵队、交警军二总队组建的小型兵团。第三快速纵队和交警军二总队加起来不过万余人，黄百韬的整编25师留了一个整编旅在后方，因此救援区寿年时，黄百韬指挥的部队为三万余人。
邱清泉的整编第五军拥兵近六万，距离龙王店的距离也比黄百韬的部队近的多。所以在老蒋看来，邱清泉是出工不出力，这其实是冤枉邱清泉了，因为第五军名声在外，是我军重点阻援的对象。
难以共事的“邱疯子”
有说法称，黄百韬当时第七兵团司令官后，邱清泉非常愤怒，认为这个司令官应该是自己的。这个说法对了一半，黄百韬当司令官，确实让邱清泉不舒服，因为整编第八军军长李弥，也升任十三兵团司令官了，论资历，邱清泉是黄埔二期的，是四期的李弥的学长，邱清泉当第五军军长时，李弥刚刚升任第八军副军长。
不过，邱清泉对第七兵团司令官这个职务却是看不上，他郁闷的是，以他的整编第五军为基干扩编的第二兵团，司令官却不是他。
有人安慰邱清泉，说第二兵团是主力兵团，非其他兵团可比，所以自然要由黄埔一期的担任，所以这次委任了杜聿明。同样，火力强大的第十二兵团，不也是黄埔一期的黄维当了司令官。
邱清泉显然不会认同这种劝慰，因为黄埔六期的廖耀湘，几个月前就升任第九兵团司令官了，论火力，第九兵团可是比第二、第十二兵团还要强的。
当邱清泉拿着第二兵团副司令官的委任状后，气不打一处来，请病假去了上海。杜聿明是邱清泉的老长官，便拉下面子，摆出极低的姿态给邱清泉发去电报，邱清泉吃软不吃硬，见状也就顺坡下驴，回来工作了。
第二兵团组建，邱清泉未能当上兵团司令官，这和他性格有莫大关系。老蒋其实对邱清泉是重用的，毕竟邱清泉除了黄埔生这个身份外，还是老蒋的浙江老乡，双层“光环”加深，自然比普通黄埔将领更受重视。
邱清泉性格跋扈张扬，难以容人，是蒋军将领中出名的难以共事，正因如此，老蒋每当准备进一步使用邱清泉时，总是要踌躇一番。
比如1943年初，老蒋决定把在印度整训换装的新38师、新22师合编为“新编第一军”。新一军的军长人选最早是邱清泉，因为他有德国军校留学深造的经历，又在国民党第一支机械化军第五军任职。但最后，老蒋还是任命老成持重的黄埔一期生郑洞国为新一军首任军长，邱清泉落选的原因只有一个，那就是有远征军第一次入缅作战的教训，老蒋担心脾气火爆的邱清泉，到印度后无法妥善处理和英美等国将领的关系。
郑洞国的任命发表后，邱清泉非常尴尬，因为他对新一军军长的职务势在必得，连军部的幕僚的挑选好了。邱清泉也不傻，知道去印度和最难办的并不是练兵打仗，而是处理和英美将领的关系，所以他还重金请了一个外国人，教他西方礼仪。
为了安抚邱清泉，加之又有第五军老军长徐庭瑶、杜聿明的推荐，老蒋任命邱清泉为第五军军长。
抗战胜利前，第五军归昆明防守司令杜聿明节制，邱清泉对杜聿明还是服气的，所以在杜聿明当长官时，邱清泉还算配合，没有闹出风波。
抗战胜利后，杜聿明被老蒋派去东北担任保安司令长官，指挥七个军的部队抢占东北。邱清泉的第五军划归徐州绥靖公署（主任薛岳），参与进犯解放区。
薛岳将第五军划入整编二十七军序列。整编二十七军由原32集团军改编而来，军长王敬久是黄埔一期生，老蒋的嫡系，他在蒋军黄埔生中，属于最早当集团军总司令的五人（胡宗南、关麟征、宋希濂、王敬久、霍揆彰）。
这里需要说明一下，当时关内国民党军第一批整编刚结束，第二批尚未开始，邱清泉的第五军番号未变。整编二十七军，除了划入的第五军外，还有三个整编师（整十一师、整七十五师、整八十八师）。
王敬久指挥的四个整编师（军），主力是第五军和整编十一师，但最让王敬久头疼的也是这两支部队，邱清泉和胡琏互相看不惯。在进犯解放区时，王敬久将第五军、整编十一师划为一路，让邱清泉统一指挥 ，这引起胡琏老大不满。
有一次作战，邱清泉让胡琏师的一个团向他靠近，胡琏直接命令团长不要执行，两人在电话中大吵。在随后的军事会议上，王敬久试图协调邱清泉和胡琏的关系，不想两人在会上大吵大闹，差点打起来，会议不得不终止。
薛岳得知后，不得不指示王敬久将第五军和整编十一师分开使用。胡琏虽有跋扈之名，但为人却很圆滑，他在表面上并不和长官王敬久冲突，只是和同级的邱清泉老闹矛盾。邱清泉则不同，看不上王敬久的指挥，在会议上经常顶撞，让其下不来台。
1947年3月，国民党重点进攻山东解放区，45万大军被编为三个兵团，由汤恩伯、王敬久、欧震分任司令官。王敬久得知第五军被编入他的兵团后，大感头疼，直接去找陆军总司令顾祝同，说他指挥不动邱清泉，要不就把第五军划到汤恩伯或欧震的兵团去，要不他宁肯辞职
顾祝同也表示无能为力，让王敬久勉力为之就行了。几个月后，“勉力为之”的王敬久被撤职，兵团番号也随之取消。
说起了，这个王敬久也非善茬，他在1938年初当71军军长时，就屡屡为难上司洛阳警备司令祝绍周，搞的祝绍周下不来台。如今风水轮流转，王敬久拿邱清泉一点办法也没有，由此也可以看出，被称为“邱疯子”的邱清泉，非一般人可以驾驭的住，而这也就引起了老蒋对他的不满，认为他难以协调部下，不是指挥几个军的兵团司令的好人选。
杜聿明：邱清泉疯起来，我都怕
第二兵团组建后，辖五个军及一个骑兵旅，加上兵团直属，总兵力达十二万之众，是徐州“剿总”几个机动兵团中，实力最强大的一个。
老蒋派杜聿明去徐州，是不放心徐州“剿总”总司令刘峙的指挥水平，所以让杜聿明充当刘峙的副手。刘峙是有名的“长腿将军”，不过却非贪念军权之人，杜聿明到后，他完全放心的将大部分军务交由杜聿明，自己则乐得逍遥。这样也造成了一个严重的后果，那就是杜聿明不在的时候，刘峙无所事事，任由各兵团摆成一字长蛇阵。
淮海战役前夕，白崇禧曾一度答应老蒋，统一指挥徐州、华中的百万大军，可是当他到南京开会时，看到徐州蒋军的部署，大吃一惊，认为已然是无力回天了。
杜聿明只是“剿总”副总司令，指挥起兵团司令来，名不正言不顺，为此老蒋专设徐州前进指挥所，由杜聿明任指挥所主任，并指令第二、第七、第十三、第十六兵团划入该指挥所，以孙元良为副主任。孙元良兵团是几个兵团中实力最弱的，但他是黄埔一期生，资历很深，因此被老蒋点名任命为副主任。
杜聿明为了照顾邱清泉的情绪，报请老蒋同意后，让邱清泉实际代理第二兵团司令官职权。辽沈战役打响后，杜聿明被老蒋带去参与指挥东北战事，顾不上徐州的军务，于是邱清泉得以接任兵团司令。为了加强邱清泉在徐州各兵团司令中的地位，在杜聿明的推荐下，邱清泉又得了一个徐州前进指挥所副主任的头衔。
可以看出，杜聿明对邱清泉一向是不错的，若无杜聿明的极力帮助，以邱清泉的性格，他当年在第五军副军长这个职务上就卡住了，更别说后来当兵团司令官了。
即便两人有不错的公私关系，可在邱清泉当了兵团司令官后，杜聿明也感到了难以驾驭。不过在邱清泉看来，他连刘峙都敢甩脸子，对杜聿明已经算是很给面子了。在徐州的蒋军将领中，邱清泉也就对杜聿明多少买点账。
淮海战役打响后，杜聿明组织完葫芦岛撤军后，赶到南京看会，发现在他离开徐州后，刘峙对几个兵团的部署毫无改变，气得对何应钦、顾祝同连发牢骚，说怎么不知道把部队撤回去。
1948年12月，杜聿明集团被我军包围在陈官庄，邱清泉一面大骂说：“老头子（指老蒋）也糊涂，没有粮弹，几十万大军如何能打仗呢？”但另一面，他又表现的非常顽固，拒绝投降。
徐州前进指挥所的四个兵团，黄百韬兵团已经覆灭，孙元良兵团在被围陈官庄后自行突围也大部损失。包围圈的蒋军，邱清泉的部队占大头，他要顽抗下去，杜聿明是无力阻止的。
进入12月下旬，杜聿明已经对战局绝望，不愿再打下去，但邱清泉当着他的面，将我军首长的劝降信扔进了火堆，这就使杜聿明不敢提出投降的建议，担心遭到邱清泉的毒手，他后来回忆说：
邱清泉骄傲跋扈，目空一切。在包围圈中，邱清泉大事小事请示我，还算搞得不坏，但还未到谈心的程度。这件事（指投降）邱清泉不同意，我就无法做。弄得不好，反而事未成而身先死，并落个叛蒋罪名。
可以看出，邱清泉一旦“疯”起来，连杜聿明都怕。不过，邱清泉对杜聿明还是仗义的，当讨论突围时，见身体不好的杜聿明露出为难的表情，邱清泉拍着胸脯说：“总座，我保驾你安全突围。”
邱清泉的保证毫无意义，因为连他自己，在最后时候都掌握不住队伍了，第五军军长熊笑三对他恶言恶语。1949年1月10日凌晨，邱清泉在突围时，和杜聿明于混乱中分散，他在来回狂奔中陷入癫狂，被流弹打死在了临时指挥所几百米处，结束了复杂的一生。
