在参与镇压捻军的同时及之后数年，湘军还在云南、贵州、陕西、甘肃四省与起事反清的苗、回等少数民族武装作战。平定了西南苗乱和西北回乱后，左宗棠又指挥与湘军源出一脉的楚军以及绿营、八旗清军，进行了收复新疆的战争。这一系列战争，不仅性质有所不同，且历时长达十年，跨越数省，面对的情况也异常错综复杂。现按时间顺序、地域远近，划为三个战区，分别叙述如下：
贵州号军、苗军起义号军起义：咸丰、同治年间贵州爆发的农民起义。号军亦称教军，即白莲教分支灯花教组织的起义军。，
史载，各支教军用不同颜色的包头巾，号褂与军旗颜色也各不相同，分为红号、白号、黄号，而以苗民为主的苗军则自称青号。号军主要活动于同仁、石阡、湄潭、瓮安、开阳各州县以及省城贵阳附近地区，黔东北是其重要根据地。
咸丰五年（1855），红号率先在贵州铜仁举兵起事，首领为举人徐廷杰、杨大镛等，起初势如破竹，先后攻占十余州县， 还一度攻入湘西，占据晃州、沅州（今湘西新晃、芷江）等地。1866年，红号军将领田瑞龙等被清军俘斩，起义失败，残部归附白号军。
白号是号军主力，首领是刘义顺，1858年在思南英武溪起兵反清，主要活动于乌江流域，偏刀水、觉林寺、城头盖、荆竹园（分别位于今湄潭以东、务川以南、偏刀水左四里、思南以北）是其四大基地。
1857年，黄号军在其首领何得胜率领下发动起义 ，活动于贵阳外围地区，重要巢穴是平越（今福泉）之上大坪。胡黑二部活动于觉林寺一带，与白号军联手作战。（铁马读史）潘铭杰所部以贵定为根据地，何正举所部则活动于黔西南。
以张秀眉为主的苗军则活动于镇远、黎平四府，以台拱为核心，拥众数万。
1864年，遵义富商之子张保山，改名朱明月，诡称明末帝崇祯十二世孙，被号军推为领袖，自称朱王，刘义顺被任为大丞相，在城头盖、觉林寺一带建立政权。彼时，贵州遍地干柴烈火，烽烟四起，清廷急调湘军入黔镇压。
湘军入黔1866年3月，湖南巡抚李瀚章命李元度率6000湘勇西援，新晋贵州布政使兆琛募勇5000，令练勇两千，加上原驻军湘黔边界的周洪印部镇竿军（湘军分支）万人，分三路开进贵州。 李元度吸取田兴恕急于求成、孤军冒进、兵败贵州的经验教训，命各军——，
“步步为营，头头清理......每克复一府一县，必慎择官吏，招集流亡，举行屯政，鼓励团练，搜集匪首。急善后之图，以顾官军后路”。
拟定这样的战略，自然首先注重与湖南山水相邻的贵州东部地区——
“务使贵东一律肃清，再图他剿”（铁马读史）。
血战湘黔边当时的黔东苗军、号军分为两大武装集团：号军盘踞北面，苗军扼守南面。1866年6月，李元度率湘军主力由同仁西进石阡， 直趋荆竹园 。（铁马读史）兆琛率黔勇由湘西沅州进至清溪、镇远，周洪印亦由天柱领军前来会合，分别进扎镇远府城、卫城，旋即向邛水进发，目标指向台拱。
李元度、兆琛两军虽小有进展，攻破了一些堡寨，但苗军、号军据险坚守，节节抵抗，并不时以游军乘虚偷袭湘军后防。当年11、12月，苗、号军更是分兵近8万，长途奔袭湘黔毗邻的晃州、沅州、思州、铜仁等府县。其中围攻晃州，双方激战竟达3昼夜之久。原先驻防湘黔边界的楚军戈鉴部，抵挡不住苗、号军这样大规模的猛攻，死伤惨重，濒于崩溃， 李元度、兆琛不得不分兵回援，号军趁其混乱，予以更坚决打击。这样鏖战至1867年5月间，兆琛因战损过重，已深感无能为力，遂奏称：
“周洪印一军均各分防楚黔边界，臣军惟紧护屯营，相机进剿，伺隙而动，为且战且耕之计，并紧扼思州一带，俾无窜越”。
意思是进攻乏力，防守成为黔军的主要任务。李元度的湘军环攻荆竹园日久，却久战无功。3月，李元度改变策略——
“专意攻剿河西号匪，以断荆竹园贼援”。
集中兵力专打号军新任湖南巡抚刘崑，计划重新部署，命席宝田募勇万人，并上奏参劾兆琛，旋遭革职，周洪印则降级留用，黔军、竿军也被裁汰大半。史载，刘崑、席宝田认为：
“苗匪顾恋巢穴，向不敢深入楚疆，其屡次犯边，原以牵制我入黔之师”。
也就是说，他们判断苗军恋乡恋土，不敢以主力大举东进，只能以偏师袭扰湘黔边界，以牵制入黔清军。据此，他们改变过去同时攻打苗、号二军的战略，集中力量先攻打号军。
号军败亡年底，席宝田军与李元度军合攻荆竹园，击杀号军近万人，焚毁房屋两万有余。攻破荆竹园号军大本营后，席宝田率部南下攻打苗军，李元度率湘军主力渡过乌江，与前来助剿的川军唐炯部、刘鹤龄部黔军，于当年夏季合力攻破号军另一处重要根据地偏刀水及其附近各堡寨，杀戮甚惨。湘军于3月攻破觉林寺，号军领袖朱明月和重要首领胡胜海被擒斩。何得胜病死后，其妻黎氏继统其众，7月间，上大坪据点被唐炯部川军攻破，黎氏率众投降。号军主要首领刘义顺退守轿顶山，最后溃至上大坪，上大坪被川军攻克后，他在突围途中被清军生俘，旋即解往成都遭凌迟处死。而余庆、瓮安、平越等地的号军也在当年秋季，被唐炯、刘鹤龄的川黔军联手镇压。李元度军在攻克偏刀水大寨后，除留一部驻守石阡外，其余的大部分兵勇被裁汰，由李元度亲自带回湖南原籍。
坚持了14年之久的贵州号军起义至此彻底失败。
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