1963年，杜平从沈阳军区副政委到任南京军区政委，而且是排名第七的政委。
当时的南京军区设有7位政委，将他调去是不是显得多余呢？实际上7位当中，有四位分别担任上海、江苏、浙江、安徽第一书记，在军区工作的只有三位。而且第二政委唐亮身体不是很好，军区工作需要萧望东和杜平负责。1964年和1965年唐、萧离休和调离，负责军区工作的也就他了。
1974年，他在工作接受各方面批判，极度疲劳最终因为心脏病而入院。让他没想到的是，一个月后，接到被免去省委书记，军区政委，军区党委第三书记职务。说是因为生病，等病好以后另行安排，他也没有办法只好服从。
在他儿子的写得回忆录这样说：有人早就希望他走，但此前没有一个有分量的理由，正好这次趁着他生病，有人向上提出免去他的职务。
没有职务的杜平，只能是散步写字，身体情况一天比一天好。但心情一直不好，因为在当时的形势下，不仅仅是个人的命运，更是为国家命运。在被免职的几年里，不出现在公开场合，就是外出也是早早起床散步。儿子回忆：忧心忡忡、焦虑万分。
不过话又说回来，虽然赋闲了，也避免参与一些事情，也避免了挨批的情况，没有大量工作，身体也好转不少。
1977年，他身体好转不少，去北京体检，见到总政部副主任梁必业，他认为杜平身体可以，建议上级调他到福州军区担任政委。那里气候宜人，杜平表示会考虑。等见到叶帅后，问他有什么要求没，考虑自己在南京军区生活工作十多年 ，希望可以原地不动。这样，他再次被任命为军区政委，官复原职。
不过，此时上级已经任命廖汉生为军区第一政委。廖汉生在1975年从军科院调任政委，那时候杜平已经赋闲了。廖汉生工作2年后，军区司令员换成聂凤智。
或许是身体不能承受高负荷工作，1980年廖汉生调离到沈阳军区后，上级派新疆军区司令郭林祥担任第一政委，他依然是政委。直到1982年，随着干部年轻化号召，加上身体原因而离开一线。
