解放战争时期，作为纵队司令改为政委，在全军并不多见，而在东北民主联军中就有一位。
1947年5月，东总将万毅从1纵司令改为1纵政委，并嘱咐：可以不管政治工作，但要学习打仗。从这一句话来说，让人觉得万毅军事方面不够过硬，需要跟着别人学习和提升。
出身东北军，投身革命受重用万毅与吕正操都是东北军出身，而且俩人的职务和资历相当，入党时间也相差无几。唯一的区别是，吕正操早抗战之初就率部加入革命，参与开辟冀中根据地建设。万毅在1943年率部加入革命，后编入渤海军区。相差5年多，贡献和分量也有所不同，最终体现在职务和军衔方面。
在国军序列中，万毅曾经担任旅长，按照国军建制下辖2个团，投身八路军在反顽斗争中，罗荣桓重点培养他，指挥四个团作战，让梁兴初等老将作为副手协助。
在七大结束后，当选候补委员，与粟裕、陈赓、萧劲光、黄克诚一样。候补委员可是有直接向中央建议的权力。
在反顽斗争中，他深深感受到上级对他的重视和培养。一次负伤后，罗荣桓得知给他送去非常急缺的药品，使得伤势得到好转。按照规定，那样稀有的药品往往都是给重要首长配备。
挺进东北，成为王牌纵队当家人抗战胜利后，作为东北人的万毅率领东北籍的战士，以及大部分山东籍战士，组建东北挺进纵队，部队发展壮大后，改为东北民主联军7纵司令。
1946年8月，山东军区1师、2师，以及万毅领导的7纵一部组建东北民主联军一纵。1师、2师都是老红军地址发展而来的，尤其是1师是红3军团的底子，善达硬仗恶仗、在梁兴初的领导下打不少好仗。
上级给1纵配两位副司令，梁兴初和李作鹏，并没有配备政委，具体政治工作副政委抓，或许为他指挥考虑吧。毕竟军政主官虽然分工不同，但在一些问题上可能有分歧，这样避免不团结的情况。
担任1纵司令后，经历了不少战斗。其中三下江南作战，从1946年12月开始到1947年3月，历经3个多月。1纵配合兄弟部队作战11次，歼敌八千多人。而且1纵1师、2师多次受到总部嘉奖，如此的战绩怎么在三下江南作战后，将他换下呢？
随着三下江南，四保临江结束，在军事上我方逐渐从被动转为主动。战役结束后，部队进入整训阶段，总结作战。总部召开纵队、师两级参谋长会议，对大兵团作战参谋工作和部队训练工作做布置。
东总首长一直强调，作战方面不怕打硬仗、打恶仗。只有如此，才能歼灭敌人，扭转战局。因此，在接下来的作战中，任务是大量消灭敌人，夺取中、小城市，这避免不了攻坚战。
在攻坚作战方面，万毅并不擅长，大兵团指挥也缺乏经验。作为长期被总部首长指挥的1师、2师的战斗力是知情的，也希望1纵能挑大梁。因此，决定换主将为接下来大兵团攻坚作战准备，将1纵战斗水平提升一个台阶。
上级将松江军区司令李天佑调去1纵担任司令，让万毅改为松江军区司令。原因是1师过去是李天佑的老部队，自1938年离开去苏联后，就没有指挥过这支部队。如今即将发起大作战，李天佑不仅是这支部队的老首长，而且擅长攻坚，土地革命时期，被称为“攻坚小老虎”。
平型关战斗时，他率领部队攻占老爷岭，拿下制高点，控制战场态势。而且又曾经在苏联伏龙芝军事学院学习过军事理论。将他放在二线，在军事上是很大的浪费。
改为政治主官，学打仗当万毅得知自己被调走时，心里是不愿意的，并非留恋纵队司令的职务。他回忆说，东北是自己的家乡，应该在解放家乡的进程中出一份力，虽然后方工作也很重要，但希望到前线去。即便当不了纵队司令，到下面部队也可以。
总部首长的命令，他是打折扣，讲价钱了。
他也知道自己参加革命以来，上级对自己的培养，也知道自己能力大小。能当是1纵司令，并非因为实力，而是其他方面因素。
上级认为他不愿去地方军区，改为齐齐哈尔步兵学校当校长，也不愿意去。在其他人的协商下，改为政委。总部首长嘱咐：不用负责政治工作，跟着李天佑学习打仗。这句话言外之意，他在军事方面还有很多不足，有待提升。
在担任政委的1年时间里，跟着李天佑打不少攻坚作战，第三次四平保卫战，出动7个纵队以及炮兵团，战役打得很胶灼，虽然最终以撤军结束，但大兵团作战经验也是掌握不少。
或者因为夏季攻势部队伤亡不小，进行休整后，在秋季攻势执行打援和破袭任务，没有给歼敌任务。冬季攻势，部队任务是让沈阳、锦州敌人出援，在运动中消灭援军，转战辽南、夺取营口等地，并且在1948年3月，与李天佑指挥3个纵队1个师，一共10个师，四战四平，一举将四平解放。
四战四平后，他被调任新组建的5纵担任司令，开始在军事上再次独当一面。
经过辽沈战役后，部队打平津战役时，具体作战并不是万毅，而是副司令吴瑞林。平津战役结束，他调离42军后，改为特种兵纵队司令，本来要南下作战，但考虑南方水网发达，机械化作战不易，因此留在北平。
解放后的他，职务变动频繁。
