东晋初年的时候，道教的大师葛洪把道教教义的理论体系给构建起来，还完善了它。葛洪（284 - 364），字叫稚川，号是抱朴子，是丹阳句容（就是现在的江苏句容）人，写了《抱朴子》内外篇这些东西。他那内篇有 20 卷，说的是“神仙方药、鬼怪变化、养生延年、禳邪却祸这些事儿”（《抱朴子·自叙》），差不多把道教的所有基本内容都包括了。在这之后，道教的理论就在《抱朴子·内篇》的基础上进一步往深里发展。

哀帝（362 - 365 在位）那个时候，江东的天师道弄出来好多道书，就形成了以经篆授受为特点的道教经篆派，先后有了“上清经”系、“灵宝经”系和“三皇经”系，让原来主要靠符篆诵咒的天师道大步朝着义理化走去。到了南北朝的时候，北魏的道士寇谦之、刘宋的道士陆修静在整顿和重新建立道教组织这方面，发挥了很重要的作用。

寇谦之（365 - 448），字是辅真，是上谷昌平（就是现在的北京昌平）人，“很早的时候就喜欢仙道”，“年轻的时候修习张鲁的法术”，但是“好多年都没啥效果”（《魏书·释老志》），后来到嵩山勤奋修习了七年。北魏明元帝神瑞二年（415）十月，他自己说有“太上老君”降临，授予他“天师的位子”，还赐给他《云中音诵新科之诫》20 卷，让寇谦之“宣传我的新规定，清理整顿道教，除掉三张的假法术、租米钱税以及男女合气的法术”，又传授给他“服气导引的口诀方法”（同上书）。于是，寇谦之就努力进行“清理整顿道教”的宗教变革，还调整、改善道教和皇权的关系，排斥佛教的势力。

大武帝始光元年（424），寇谦之在魏都平城（就是现在的山西大同）东南“建起天师道场”，“有五层重坛”，遵循“新经的制度”（同上）。“清理整顿道教”这事儿大功告成。经过寇谦之清理整顿后的“新天师道”有一阵子成了北魏的国教，太武帝拓跋焘还“亲自到道坛接受符篆”，“从这以后各位皇帝即位，都像这样”（同上）。

陆修静（406 - 477），字叫元德，是吴兴东迁（就是现在的浙江吴兴）人，曾经在庐山修道，和释惠远、陶渊明交往，还和惠远等人一起结成“莲社”。

宋明帝泰始三年（467）到了建康（就是现在的江苏南京），在崇虚馆大范围地收集道书，进行整理和辨别，“总括三洞”，把上清、灵宝、三皇归到一起，把道教的经籍像规戒、方药、图篆这些分成洞真、洞玄、洞神三部，让它们变得系统化。陆修静还使劲提倡在内部坚持斋戒，在外部保持威仪，重视斋仪科范，道教的仪典因此变得完备，之前的人称赞说“道教的兴盛，到这儿是最厉害的”。陆修静所提倡的把斋仪当作修道根本的天师道在南方很流行，被称为“南天师道”；北方寇谦之那一派，则被叫做“北天师道”。

到了梁朝，道教大师陶弘景开创了对道教发展有很深远影响的“茅山宗”。陶弘景（456 - 536），字是通明，自己号称华阳隐居，去世后谥号贞白，是丹阳秣陵（就是现在的江苏南京）人。十岁的时候读到葛洪的《神仙传》，就有了养生的志向，后来隐居在茅山（原来叫句曲山），在半山腰建馆修道，于是创立了“茅山宗”，和龙虎山天师那一系以及阍皂山（在现在的江西清江）葛玄那一系一起被列为道家三大符篆派。在宗教思想方面，陶弘景主张儒、释、道三教合在一起，提倡佛道一起修行，但实际上是以道为主；道教的义理化在原来的基础上又有了很大的发展。

南北政权对峙的局面结束了，接着时间很短的隋朝之后出现的，是繁荣又强大的唐帝国，道教也开始进入它最兴盛的时期。出身关陇贵族的李唐统治者把老子认作始祖，给加上尊号叫“太上玄元皇帝”，全力扶持和利用道教，让道教变成了皇族的宗教。有名的道士王玄览（626 - 697）、司马承桢（647 - 735）、吴筠（？ - 778）这些人在陶弘景之后把儒家思想和佛教义理融进道教里，还用神仙信仰来解释和阐述老庄的学说；把《道德经》尊奉为圣典，用经过神仙信仰改造过的老庄思想当作道教的基本教义。

以修炼精、气、神来滋养“圣胎”从而追求长生、和天地融为一体的钟吕内丹道在唐代也兴起了。所谓“内丹”，是跟“外丹”相对来说的；外丹指的是在炉鼎里按照一定程序烧炼药物、矿石之类的东西制成的据说能让人长生不死的“金丹”，把人体比作炉鼎、用吐纳等方式修炼精气神的就是内丹。

“吕”指的是吕晶（798 - ？），或者写作“吕出”，也就是吕洞宾；“钟”指的是钟离权，这是道教传说里的神仙。吕洞宾的号是纯阳子，还自己称是回道人，据说他 64 岁考上进士以后去长安游玩，碰到了钟离权，钟离权引导他入道，还传授给他“大道天遁剑法、龙虎金丹秘文”，后面这个就是修炼内丹的方法。钟吕内丹的理论后来成了道教丹鼎派教义的核心。

唐末五代的道士杜光庭是道教斋醮仪式的集大成者。杜光庭（850 - 933），字是宾圣，是处州缙云（就是现在的浙江缙云）人，是陶弘景的第八代弟子，还曾经接受过龙虎山天师的法篆。他编写的《道门科范大全集》一共 87 卷，这本书考察订正真假错误、梳理清楚来龙去脉，对茅山宗和天师道两家的斋醮仪制按类别进行整理、加以规范，制定出统一的斋醮仪节。经过杜光庭整理确定的道门科范到现在还被道教徒遵循使用。

在隋唐五代的时候，道教学者写的东西相当丰富，很值得一看，重要的像《阴符经注疏》（李筌写的）、《玄珠录》（王玄览写的）、《玄纲论》（吴筠写的）、《坐忘论》（司马承桢写的）、《化书》（谭峭写的）等道书先后出现了，道教的典籍数量大大增加。唐朝开元年间（713 - 741）写成的《三洞琼纲》是道教从有这个教开始的第一部道藏，历史上叫《开元道藏》，一共 3744 卷（有一种说法是 5700 卷，还有一种说法是 7300 卷）；曾经在天宝七年（748），朝廷下诏书让人抄写，为的是广泛传播来弘扬道法。这本书后来没了。