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1644年李自成攻占北京，弘光政权建立后，拜礼部尚书兼东阁大学士史可法，时称“史阁部”。史可法为兵部尚书，督师扬州。清兵入关后，曾主张与之议和，共讨李自成的农民军。后被马士英等人排挤，于是督师淮扬，竭力协调江北四镇将领，以抵御清兵。1645年5月10日，清豫亲王多铎兵围扬州。此时多尔衮劝降，史可法致《复多尔衮书》，拒绝投降。24日清军以红衣大炮攻城。入夜扬州城破，史可法自刎不死，众人拥下城楼，大呼曰：“我史督师也！”多铎劝降，史可法表示“城亡与亡，我意已决，即碎尸万段，甘之如饴，但扬城百万生灵不可杀戮！”，后壮烈就义。多铎因为攻城的清军遭到很大伤亡，心里恼恨，下令屠杀扬州百姓。大屠杀延续了十天，死亡八十万人，史称“扬州十日”。

清顺治二年（1645）6月，清军再下剃发令，命令十天之内，江南人民一律剃头，“留头不留发，留发不留头”。这严重伤害了江南百姓的民族感情，于是纷纷起而抗清。其中嘉定人民的抗清情绪最为顽强激烈。清嘉定知县强制剃发，起义顿时爆发。城郊居民一呼而起，打败来剿清军。百姓一致推举黄淳耀、侯峒曾领导抗清。降将李成栋率清兵猛攻，城中居民冒雨奋战，坚守不屈。清军用大炮轰城，始得攻入。侯峒曾投河死，黄淳耀自缢，城中无一人投降。清军忿而屠城，杀两万余人后弃城而去。

次日朱瑛又率众入城，组织抗清，失败，再遭清兵屠杀。

8月16日明将吴之藩起兵，反攻嘉定，亦败，嘉定第三次遭屠城。史称“嘉定三屠”。

“嘉定三屠”发生的直接导火索就是“剃发令”。剃发是满清为了巩固自己的政权所采取的手段，但超出了当时汉人的心理承受力。“身体发肤授之父母，不可损伤”，是千年以来的伦理观，也是一种根深蒂固的思维方式。剃发不仅有违传统，也是一种侮辱。因此这项政策遭到了传统知识分子和下层民众的强烈反抗。

“扬州十日”“嘉定三屠”一向被并列为满清入关后的两大暴行，也作为汉民族的灾难和耻辱被长久地记忆在人们内心深处。