甲状腺功能减退症的表现主要与甲状腺缺乏程度及进展的速度有关，除了甲状腺全切手术和突然停用外源性甲状腺激素会发生急剧的甲状腺功能减退症状外，大多数甲状腺功能减退症的症状进展都比较缓慢，而且临床症状上也不会那么明显。
甲状腺功能减退症主要有两种变化：因为代谢的减少身体出现的乏力、行动言语缓慢、怕冷、便秘、体重增加、深腱反射迟缓、心动过缓等；因为基质糖胺聚糖蓄积在多种组织间隙导致的毛发和皮肤粗糙、面部虚肿、舌增大、声音嘶哑等。
具体到某一系统中的表现主要有：
•皮肤：因为皮肤血流减少导致皮肤冰凉且苍白，毛发粗糙、脱发，甲变脆。
•眼部：通常在重度甲状腺缺乏患者中出现，为全身非凹陷性水肿的表现之一。
•血液系统：患者容易出现红细胞量降低，且出现正细胞性贫血，出血风险有所增加。
•心血管系统：心率减慢和心肌收缩力减弱导致的心输出量减少。血压可能会轻度升高。
•呼吸系统：因为心输出量减少、呼吸肌功能减弱导致乏力、劳力性呼吸急促、鼻炎、运动能力降低，因为舌增大会导致睡眠呼吸暂停。
•消化系统：因为肠道功能降低会导致便秘，原本便秘的人群如果出现甲状腺功能减退则便秘可能加重，便秘是甲状腺功能减退症患者最常出现的症状之一。
•神经系统：甲状腺功能减退患者的神经系统表现多样，中枢神经和周围神经均可受累，腕管综合征是甲状腺功能减退症的常见并发症，通常在治疗甲状腺功能减退后腕管综合征会逆转。桥本脑病和黏液性水肿昏迷比较罕见且一般为多因素导致。
•肌肉骨骼系统：主要表现为无力、痛性痉挛、肌痛等。
•代谢系统：甲状腺功能减退症可引起低钠血症、部分患者可出现血清肌酐升高，因为胆固醇代谢减慢导致胆固醇、低密度脂蛋白、脂肪酸升高。同型半胱氨酸可升高，治疗后可恢复正常。
另外在甲状腺功能减退症患者中，很多药物的清除率会降低，因此需要注意在给未经治疗的甲状腺功能减退症患者用药时应调整剂量以免发生药物过量。
