7世纪初，伊斯兰教诞生在部落冲突不断的阿拉伯半岛。先知穆罕默德创教的初衷就是弥合分裂，团结信众。622年，穆罕默德在麦地那打破部落血缘关系，不分民族、部落、家庭和地区界限，以伊斯兰教为共同的思想旗帜，创建了政教合一的政权——乌玛（穆斯林公社）。乌玛制度大获成功，穆罕默德整合各部力量收复了麦加，初步统一了阿拉伯半岛。然而在先知穆罕默德去世后，不到三十年，伊斯兰教就走上了分裂的歧路。
最早从伊斯兰教走出的派别是哈瓦利吉派，“哈瓦利吉”是阿拉伯语，意为“出走者”。该派出走的原因是穆罕默德的女婿兼堂弟、第四任哈里发阿里在绥芬之战中同意主和派的意见，与倭马亚家族的穆阿维叶进行“古兰裁决”，主战派士兵对阿里的妥协极为不满，离开阿里的军营，自成一派。
阿拉伯半岛的统一
继哈瓦利吉派之后，什叶派也从伊斯兰教中独立为一派。“什叶”一词在阿拉伯语中意为“追随者”，特指阿里及其后裔的追随者。除去了哈瓦利吉派与什叶派，剩下的的大多数穆斯林被统称逊奈与大众派，即逊尼派。逊奈是阿拉伯语之“行为”一词的音译，在伊斯兰教中特指先知的道路或先知的传统，而逊尼意为遵循逊奈的人。
在教义方面，三派主要的分歧就是对四大正统哈里发地位的认可。穆罕默德去世后，阿布•伯克尔、欧麦尔、奥斯曼、阿里相继被选举为哈里发，作为先知穆罕默德在世间的代理人。哈瓦利吉派承认阿布·伯克尔和欧默尔是合法的哈里发，承认在位前六年的奥斯曼是合法的哈里发，承认“古兰裁决”以前的阿里具有哈里发的合法地位。什叶派认为只有阿里及其直系后裔才是穆罕默德的合法继承人，否认阿布·伯克尔、欧麦尔、奥斯曼前三任哈里发的合法性。逊尼派则承认四大哈里发的地位都具有合法性。
三派之中，哈瓦利吉派对哈里发的认可最为中肯，也最能体现阿拉伯帝国初期的各种矛盾。在阿布•伯克尔和欧麦尔时期，哈里发保持简朴的生活，公正的以教义统治部众。奥斯曼即位后，前六年还能谨遵先知的教诲，而后就开始奢靡享乐，任人唯亲，提拔了大批自家倭马亚家族的成员。由于伊斯兰教初创不久，对部落血缘关系的破除还不彻底，在奥斯曼的刻意提拔下，以倭马亚家族为代表的部落贵族死灰复燃。跟随穆罕默德建立乌玛的圣门子弟遭到排挤，双方矛盾逐渐激化。
阿拉伯帝国的扩张
656年，奥斯曼被反对他的士兵刺杀，阿里被选为哈里发，圣门弟子扳回一局。但倭马亚家族不甘心放弃到手的权力，奥斯曼的族弟、叙利亚总督穆阿维叶坚称阿里是刺杀奥斯曼的幕后凶手，拒不承认阿里的哈里发地位。
657年，阿里率军五万讨伐穆阿威叶，双方在幼发拉底河右岸的绥芬平原上对阵，在阿里即将取胜时，穆阿威叶采纳阿慕尔的计谋，令士兵缚《古兰经》于长矛上，高高举起，要求以《古兰经》裁决谁有资格任哈里发。此时所有人都看得出来这只不过是穆阿维叶的缓兵之计，然而狡猾的阿慕尔提出这个建议也有他的道理。
就在几个月前，阿里与穆罕默德的遗孀阿伊莎、圣门弟子泰勒哈、祖拜尔率领的军队血战一场。这是穆斯林之间的第一场内战，阿里虽然取得了胜利，却也是第一个领导一部分穆斯林同另一部分穆斯林作战的哈里发。自相残杀的行为让阿里威望大减，许多穆斯林也不愿意再继续流血内战，纷纷要求阿里同意和谈。阿慕尔的计划得逞了，在大部分主和派的要求下，阿里不仅被迫接受了和谈，还失去了军中主战派的支持。主战派士兵12000人离开阿里的军营，哈瓦利吉派由此而来。
哈瓦利吉派反对部落贵族统治，也不认可阿里和圣门弟子的特殊地位，崇尚朴素的民主与平等原则，主张在普通士兵中平均分配土地和战利品。在阿拉伯帝国初期，穆罕默德所在的古莱什部落地位尊崇，四任哈里发都出自于此。阿拉伯穆斯林与麦瓦利（非阿拉伯穆斯林）也被区别对待。哈瓦利吉派反对这些特权等级，认为只要是虔诚的穆斯林，即使是奴隶也可以被选为哈里发。他们推选出阿布杜拉·伊本·瓦海布·拉西比为哈里发。此人原为一名普通的战士，据说除笃信伊斯兰教和勤勉外，没有什么出众的地方。
阿拉伯帝国军队
哈瓦利吉派自行拥立哈里发的做法动摇了阿里的地位，暂时放下与倭马亚家族的恩怨，阿里集中力量对付哈瓦利吉派。双方交锋不断，反而让穆阿维叶坐收渔利。661年，阿里在返回库法清真寺途中被哈瓦利吉派用带毒的军刀刺杀身亡。穆阿维叶逼迫阿里的长子哈桑放弃哈里发之位，由自己当哈里发，并假意许诺让阿里的次子侯赛因在自己死后继任。
穆阿维叶当上哈里发后极力培养儿子叶齐德为接班人，680年穆阿维叶去世，叶齐德继位。库法的穆斯林不承认叶齐德的哈里发之位，邀请侯赛因前来即位哈里发。叶齐德派兵堵截，在卡尔巴拉将侯赛因一行人全部杀死。
侯赛因的惨死引起了支持者的愤怒，“为殉教者侯赛因复仇”成为什叶派的最初纲领。684年，什叶派在库法举行暴动，首开什叶派武装起义的先河。但起义很快失败了，在普通穆斯林看来，什叶派起义不过是倭马亚家族与阿里所在的哈希姆家族的权力内斗而已，没理由卷入其中。因此什叶派在政治上并没有什么作为，一直处于倭马亚王朝的压制之下。与此同时，哈瓦利吉派建设民主公社的努力也失败了。两派逐渐由政治领域转入到宗教领域。
哈瓦利吉派认为真正的穆斯林不仅要表明自己的信仰，参加宗教仪式，更要从内心的遵从先知的教诲，严格履行宗教义务，戒绝一切奢侈行为。对于罪恶多端或表里不一、信仰不虔诚的穆斯林，哈瓦利吉派将其视为犯有“大罪”的“伪信者”，比异教徒还可恨，是圣战攻击的首要目标。在日常生活中，哈瓦利吉派与其他穆斯林严格保持距离，不能与其他穆斯林交往，不得跟随其他穆斯林礼拜，不得食用其他穆斯林宰的牲畜，不得与其他穆斯林通婚等等。
做礼拜的穆斯林
如此极端的做法极大的限制了哈瓦利吉派的发展，最终被倭马亚王朝消灭殆尽。仅剩一个分支伊巴迪叶派尚存，该派的思想相对温和，反对攻击和杀戮哈瓦利吉派以外的穆斯林，承认其他派别的穆斯林政权具有合法的地位，允许哈瓦立及派成员与其他穆斯林的正常交往。时至今日在阿曼和马格里布山区仍有众多的信徒。
什叶派教义中，伊玛目占据了重要地位。伊玛目原意为“领拜人”，是在清真寺内率领穆斯林群众举行拜功的领拜师。而在什叶派中，伊玛目具有隐秘的灵知和超凡的神性，前任伊玛目死后，其灵知和神性传至下代伊玛目，阿里是第一代伊玛目，他的后裔子孙世袭伊玛目。878年，第十二代伊玛目穆罕默德·孟特宰尔在萨马拉附近神秘失踪时，且没有子嗣，于是被视作进入隐遁状态。什叶派认为末日来临之前隐遁的第十二伊玛目会化身马赫迪（救世主），光复伊斯兰教，建立公正完美的社会秩序。
在什叶派内部，因教义不同又被大致分为十二伊玛目派、栽德派和伊斯玛仪派。十二伊玛目派就是认同从阿里到穆罕默德·孟特宰尔十二位伊玛目的领袖地位，是什叶派中的主流。栽德是什叶派第四代伊玛目阿里·栽因·阿比丁之子，739年栽德自麦地那潜入库法，号召什叶派信徒反抗残暴统治者的圣战，驱逐压迫者，平分战利品，帮助穷苦人。740年起义爆发，但由于寡不敌众，起义失败，栽德在巷战中阵亡。栽德死后，被其追随者尊奉为继阿里、哈桑、侯赛因、阿里·栽因·阿比丁之后的第五代伊玛目，栽德派故而亦称五伊玛目派。
从栽德的起义经历可以看出，栽德派与哈瓦利吉派有相通之处，都主张平等，反抗压迫。而且栽德派也强调穆斯林宗教实践的信仰价值，将是否履行法定的功修和善举视作辨别穆斯林的重要准则。关于四大正统哈里发，栽德派的看法也与哈瓦利吉派十分接近，承认阿布·伯克尔和欧默尔以及在位前六年的奥斯曼作为“逊色的哈里发”同样具有合法的地位。唯一不同的是阿里的地位不容置疑，丝毫不受“古兰裁决”的影响。
位于纳杰夫的阿里之墓
另一方面，宰德派与逊尼派又十分接近，并不固执的认为只有阿里的后裔才能成为伊玛目。什叶派认为伊玛目隐遁后穆斯林就只能等待马赫迪的降临，是为“伊玛目隐遁说”。但栽德派认为在阿里的子孙隐遁以后应当推举优秀人才当“逊色”的伊玛目，是为“逊色的伊玛目说”。由此可以看出栽德派的宗教思想立足现实，与逊尼派一样并不执着于某种宗教狂热。
伊斯玛仪派又称七伊玛目派，第六代伊玛目贾法尔·萨迪克最初曾立长子伊斯马仪为继承人，后因伊斯马仪有酗酒的恶习，遂改立次子穆萨·卡兹姆为继承人。765年贾法尔·萨迪克死后，伊斯马仪的追随者拒绝承认穆萨·卡兹姆作为伊玛目的合法继承人，760年伊斯马仪死后，伊玛目进入隐遁状态，伊斯马仪派因此又被称七伊玛目派。
什叶派将《古兰经》的启示区分为表义和隐义，不仅要学习经文，还有深入研究其中的隐义。与十二伊玛目派相比，伊斯马仪派更加强调《古兰经》的内在含义，因此又称内学派。十二伊玛目派认为，隐遁的伊玛目只是在遥远的未来复临人间，其政治思想因此具有温和的倾向。而伊斯马仪派则强调隐遁的伊玛目复临人间的时刻即将到来，具有极力倡导暴力革命的激进政治倾向。
从伊斯玛仪派发展而来的卡尔马特派更进一步，一方面完全摒弃了表面经文，不遵伊斯兰教法，亦不严格履行宗教义务，甚至不设清真寺，不斋戒，不礼拜，不朝觐。另一方面宣称“真理已经到来，马赫迪已经复临人间，阿拔斯人的统治即将结束。不必继续等待；我们的目标不仅是建立起新的政权，而是要废除旧的秩序。”890年，卡尔马特派在瓦西兑发动起义，并在巴林一带建立国家。
933年，卡尔马特派冒天下之大不韪在朝觐期间攻打圣地麦加，劫掠克尔白内的玄石。直到950年阿拔斯王朝向卡尔马特派支付重金，才赎回玄石，重新安放于克尔白。如此极端的做法预示着卡尔马特派将步哈瓦利吉派后尘，1077年巴林的卡尔马特国灭亡，之后卡尔马特派重新融入伊斯马仪派。
麦加朝觐
关于逊尼派，其内部亦有许多分支，如何具体划分定义，是一个不小的难题。但简单的说，一个穆斯林如果不是哈瓦利吉派和什叶派，那他就属于逊尼派。由普通信徒组成的逊尼派本不存在，是哈瓦利吉派和什叶派的出现才造就了逊尼派。
因此什叶派虽多次建立了国家，但一千多年过去了，逊尼派仍是伊斯兰教的主力军。最典型的当属阿拔斯王朝的建立，阿拔斯王朝的开国君主阿布·阿拔斯·萨法赫是先知穆罕默德的叔父阿拔斯的后裔，与阿里同为哈希姆家族，在推翻倭马亚王朝的过程中得到了什叶派的鼎力支持。但在立国以后，阿拔斯王朝就背叛了什叶派，仍以逊尼派为国教，因为大多数臣民都是逊尼派，阿拔斯王朝不敢忤逆民意。
进入9世纪之后，阿拔斯王朝衰落，各地势力纷纷割据自立，什叶派趁机建立政权。到了10世纪，伊朗西部和伊拉克的白益王朝、叙利亚的哈姆丹王朝、埃及的法蒂玛王朝、马格里布的伊德利斯王朝、也门的栽德王朝以及前面提到的巴林的卡尔马特派国家都是什叶派政权。
但这些国家无一例外的都是地方割据政权，是在地方上形成了什叶派对逊尼派的局部优势才建立的。一旦什叶派统治者失去了优势，国家也就崩塌了。1171年，什叶派国家中最强大的埃及法蒂玛王朝被一代雄主萨拉丁终结，新建立的阿尤布王朝恢复了逊尼派的国教地位，什叶派转入低谷。直到1502年，在伊朗建立以什叶派为国教的萨非王朝，什叶派才有了一块长久的根据地，伊朗也由此成为什叶派的大本营。
法蒂玛王朝（绿衣大食）
在历史上，宗教对立与仇杀并不是伊斯兰教独有的滥觞，与伊斯兰教同源的基督教也曾爆发过激烈的宗教战争，其战争烈度和时间跨度都远超什叶派与逊尼派的历次纷争。然而在三十年战争过后，基督教世界就摆脱了宗教战争的阴霾，为何伊斯兰教各派至今仍未实现和解？其中一个重要原因就是伊斯兰教政教合一的属性。
在过去的大部分时间里，什叶派与逊尼派交锋的领域更多的是在政治而非宗教。哈瓦利吉派与什叶派的出现就是政治斗争的产物。这是因为穆罕默德创立伊斯兰教的初衷就是政教合一，政治与宗教就是绑定在一起的，且宗教是服务于政治的。因此当基督徒们在为如何解读三位一体和圣餐而大打出手，将国家打的满目疮痍时，信奉不同教派的穆斯林们却在和平相处。
在伊斯兰教世界，挑起战争的是打着宗教旗号去争夺权力的统治者们。赶上国家稳定的时代，逊尼派与什叶派相安无事，无论统治者是什么教派，只要认可他的统治，按规定服役交税，就可以保持自己原来的宗教信仰，甚至于有些优秀的异端和异教徒人才还能进入官僚阶层，这种宽容是中世纪基督教远远达不到的。
在伊斯兰教内部，各派教徒也不像基督教各派那样狂热，“塔基亚”是《古兰经》确认的一个原则，即穆斯林在受到迫害时，可以隐讳自己的宗教信仰。逊尼派、什叶派和哈瓦利吉派都不同程度地奉行过这一原则，进一步减缓了宗教矛盾。最后，伊斯兰教创建以来，伊斯兰教国家在很长一段时间都比基督教欧洲更富足强大，因此社会矛盾较小，教派纷争也较少。
政教合一的属性让伊斯兰教没有陷入宗教战争，但这是一把双刃剑，也让伊斯兰教国家很难实现世俗化。虽然宗教战争时期的基督徒更为极端，但正因为教权与王权是分离的。一旦教权被王权压制，宗教冲突也就在王权律法的框架内解决，国家也就摆脱了宗教战争。伊斯兰教国家由于宗教长期深入了政治生活的各个方面，很难进行世俗化改革，在近代化的路上落在了后面，惨遭西方列强的殖民掠夺。
英法瓜分中东地区
于是到了近代，基督教与伊斯兰教的局势反转过来。生活在欧洲国家的基督徒生活富足，不仅消解了内部宗教纷争，而且变得更加宽容开放。伊斯兰教国家则因为没能顺利实现世俗化，经济全面落后，导致国内部族矛盾激化，教派冲突不断。西方列强为了维持殖民统治，对穆斯林民众的教派冲突推波助澜，原本相对平静的伊斯兰世界被搅的天翻地覆，陷入了混乱→落后→更混乱→更落后的恶性循环。为了掩饰自己的殖民罪行，殖民者又对外宣称分裂主义、极端主义和恐怖主义是伊斯兰教的痼疾，强调伊斯兰教世界的混乱与落后是其自身的原因。
面对被西方列强操控的命运，中东的伊斯兰教国家不是没有反抗过，土耳其的凯末尔和埃及的纳赛尔都曾大力推行世俗化改革，伊朗的霍梅尼则反其道行之，恢复了政教合一的体制。但他们都没能达成各自的历史任务，直到今天伊斯兰教的中东仍是一片分裂与冲突的土地
