1950年,上级发电表扬湘西剿匪,批评广西剿匪落后,让广西省委和省军区的压力倍增。
随着广西解放,但匪患猖獗,多达9万多人。省委和军区制定剿匪方案,上半年消灭股匪,下半年消灭散匪。但在实际剿匪过程中,出现一些问题导致剿匪进展缓慢。

第一,剿匪政策,对土匪的政策是执行“首恶必办,胁从不问,立功受奖”的方针。这导致除了一些十恶不赦的匪首可能被处以极刑之外,其他土匪可以从宽处理,抓住进行教育后放了。这些人回头再成为匪。导致剿匪进展慢,越剿越多。
第二,民枪问题,广西历来匪患猖獗,老百姓为看家护院,基本上都有枪。这些枪可能会转为匪枪。在当时局势还不稳定情况下,一些政策落实不到位,可能导致一些人被国民党利用。会导致白天为民,晚上为匪的情况。
事实上,广西军区存在两种不同声音。省委书记兼省军区司令、政委的张云逸,副书记兼副政委莫文骅等人认为广西情况复杂,需要发动群众,让他们有足够的认识,才能得到真正解放。李天佑等少数人认为剿匪需要用坚决的态度,只有消灭土匪才算解放人民。

最终,上级对广西剿匪情况进行批评。上级派中南军区政治部主任陶铸到广西坚持指导工作。
莫文骅回忆录写到一段话:中南军区政治部个别领导到广西后,对广西剿匪斗争一口否定,扣上几顶帽子,如宽大无边、不收民枪、不杀土匪头、右倾等。而且不与省委、军区谈话,就把自己片面的看法直接汇报给中央,并不是善意帮助省委,而是动员别人揭发省委负责人。
莫文骅提到的这位领导是谁,是显而易见的。
他认为省委和军区在实际工作在,存在一些缺点和不足,既然上级派人来,就应该积极与省委一起对接下来的工作加以改进,使得情况得到好转,而不是挫伤干部的积极性。
最终的结果是,张云逸虽然挂名省委和省军区主要领导职务,但已经因病休养了。军区剿匪由副司令李天佑和省委副书记何伟等人负责。
部队在经过大半年的剿匪,取得突破性的胜利,先收缴民枪,再改变剿匪方针,以及剿匪战术等情况。到1951年底剿匪基本结束。

作为省委二把手的莫文骅,也在此刻抓省委工作。陶铸曾经对他说,要被地方化,也即是让他转入地方工作,而他做好准备,但又被改去东北军区担任政治部主任。
按照他的职务,应该主持省委工作,最终调离的情况是不是跟此前剿匪有关呢?毕竟他对剿匪政策的态度与省委主要负责人一样。此后,省委工作交给陈漫远负责。