东晋末年，江东的道教起义风起云涌。元兴二年（403年）正月，也就是孙无终被杀的那个月，天师道军再次出动，卢循命其姐夫、司马徐道覆再次入寇东阳。建武将军刘裕率兵迎击，于二月八日大破徐道覆，卢循逃回永嘉，刘裕又追上去打败了他一次，并斩其大帅张士道。卢循只得放弃永嘉，一路乘船南逃至晋安郡（今福建一带，治所侯官县，今福州鼓楼区），然后从这里再次遁入了大海啊他的故乡。不过这次他没回舟山群岛，而是继续向南方广州方向逃去。刘裕遂回师山阴。此时已是该年六月，大丞相桓玄以此功劳又给刘裕加官彭城内史，南彭城郡是南徐州最大的一个侨郡，桓玄此时篡晋更急，所以需要进一步笼络刘裕等北府新生代将领。
刘裕回到山阴后，碰到了一个久违的故人何无忌。自从一年前刘裕与何无忌与刘牢之做切割，辞官回到京口后，没俩月刘裕就得到桓玄启用，何无忌却一直赋闲家中。这不是桓玄偏心，而是何无忌身份太特殊了，他既是刘牢之的外甥，又曾是司马元显之子东海王司马彦璋的属官，小彦璋被斩首时（司马元显才21岁，其子有多大可想而知），何无忌还在集市上痛哭了一场，得到时人赞许。所以，当何无忌通过老友吏部侍郎曹靖向桓玄传话，希望得到一个小县县令的职位，桓玄却不答应。何无忌认为桓玄迟早要对付自己，深感危机，遂偷偷前往山阴面见刘裕，劝他趁军队在手，起事反抗桓玄。
事关重大，刘裕不敢擅自决定，遂请来了当地土豪孔靖来商议此事。
孔靖，字季恭，出身于孔子之后会稽孔氏。自孙吴建国以来，会稽士族的政治地位就相对弱于吴郡士族，永嘉南渡后，侨姓士族主要亦是与吴姓士族联合控制东晋王朝的政治格局。会稽士族地缘上、文化上都呈现弱势。但会稽孔氏出自孔子之后，无论文化底蕴还是政治层次上都高于虞、贺、魏等其他会稽士族。孔靖的高祖曾祖都在东吴官至太守，祖父孔愉则是东晋初年的名臣，官至尚书仆射、镇军将军、会稽内史，封不亭侯，追赠车骑将军。孔靖的父亲也官至太守，其叔孔安国更“以儒素显，孝武帝时甚蒙礼遇”，在朝廷里担任左将军要职。显然，会稽孔氏乃属于门地二品的高级士族，《晋书》之所以要在这里称其为“土豪”，是因为孔靖此时正服丧在家，无法就任朝廷给他的建威将军、山阴令之职。而且，作为经营会稽长达两百年的本土大族，孔氏在山阴拥有规模惊人的田庄与产业，称之为土豪再合适不过。
北府诸军在东土剿天师道时军纪很差，可只有刘裕军队从不抢掠百姓，其背后自然是有“金主”的，这金主就是我们的孔土豪了。史载其“曲意礼接，赡给甚厚”，赞助了刘裕大量军饷。
我们都想和土豪交朋友，可孔土豪却为何要主动与刘裕交朋友呢？《南史·孔靖传》记载了这样一个故事。说当初刘裕东征孙恩，路过孔靖宅第，当时孔靖正在睡觉，梦见有神人对他说：“起！天子在门。”说完就不见了。孔靖觉得奇怪，赶紧走出门口，正好遇见刘裕。孔靖一下子就激动了，赶紧把刘裕请进门，与之结交，执其手曰：“卿后当大贵，愿以身爲托。”
神人指示固不可信，但执手自托之事肯定是有的。很显然，孔靖非常看好刘裕，于是成为了刘裕的“天使投资人”。而刘裕若要北上反桓，也需要孔家的后勤资助，另外，桓玄的祖母临贺太夫人孔宪正是出身于会稽孔氏（注1）；总之，以孔靖为首的会稽士族到底对桓氏政权态度如何，是刘裕如今急切需要确定的事情。
孔靖表示，会稽各大家族早就对桓氏的统治不满了，我们支持你反桓，只不过在山阴起事，并不是最好的方案：“山阴去都道远（约400公里），举事难成；且（桓）玄未篡位，不如待其已篡，于京口图之。”刘裕权衡利弊，觉得孔靖说的很有道理，起兵不止是个军事问题，更是个政治问题，弄不好就是造反叛逆，弄得好才是兴复举义，所以兵多兵少不重要，旗号与时机才重要。刘牢之的失败便是最大教训。而且，如今的会稽内史、征东将军虞啸父刚好是桓玄提拔上来的，会稽虞氏也是门地二品的会稽高门（注2），若要起事还得先过他这一关。
何无忌听了也觉得有道理，好吧，那就再等等，毕竟桓玄篡位已箭在弦上，我们就让箭飞一会儿吧。此后何无忌便常秘密游走于刘裕和其他反桓人士之间，充当起地下联络员来。
果然，没过多久，桓玄向篡晋踏出了实质性的一步。这年九月，桓玄操纵朝廷策命自己为楚王、相国、封十郡，加九锡。这些都是当年王莽、曹操、司马炎篡位之前的标配，桓玄的箭已经飞起来了。
不久，刘裕受命留部队驻扎山阴，自己赶回京口复职，继续担任徐州刺史、抚军大将军桓修的中兵参军。
在如今桓氏政权中，负责军务的是刘裕上司桓修，负责审批诏令、辅政决策的是中书监王谧，负责执行诏令、主持政务的是录尚书事桓谦。而桓谦身为桓玄在东晋朝廷的代言人，自然有必要去京口试探刘裕等北府诸将对于桓氏代晋的态度。
于是，在一次会面之后，桓谦突然遣开旁人，问刘裕道：“楚王勋德隆重，朝廷之情，咸谓宜有揖让（指晋帝禅让），卿以为何如？”
刘裕没有表示异议：“楚王，宣武之子（桓温谥宣武），勋德盖世，晋微弱，民望久移，乘运禅代，有何不可？”
桓谦大喜：“卿谓之可即可耳。”
有了北府兵代表刘裕的支持，桓玄兄弟自然就大大放心下来了。这些门阀贵公子一生顺遂，对于刘裕等人并非完全不忌惮，但他们自负门地，根本不相信刘裕这些出身低微的兵家子能对自己造成什么威胁，所以很轻易的就相信了刘裕的效忠表态，于是开始加快进度，大胆执行起了他们的篡晋计划。
注1：关于孔宪出身，此据王素先生的论证。参阅王素：《试述东晋桓彝之功业》，载《中国史研究》2005年第1期。
注2：会稽虞氏乃东吴易学家虞翻、东晋功臣虞潭之后。会稽四姓为孔、魏、虞、谢。虞氏与孔氏齐名。虞啸父“少历显位”，与孝武帝关系亲近，官至门下省首长三品侍中，后因参与王恭之乱被废为庶人，桓玄篡位后被重新启用。刘裕崛起后，会稽孔氏的势力亦随之增长，超过其他三族。桓玄被平定后，朝廷便将虞啸父免职，让孔靖担任会稽内史。孔靖后来也成为刘裕造宋的佐命元勋，随之北伐后秦，又随之建立宋台。刘裕遂拜其以为宋国尚书令，加散骑常侍，但孔靖谦让不受，乃拜侍中、特进、左光禄大夫。孔靖退休之时，刘裕还特意召集群僚在彭城戏马台为他赋诗践行，“作者百馀人”，其中谢灵运的名作《九日从宋公戏马台集送孔令》就是当时所作。
