万历皇帝30多年不上朝却没有被架空，仍然牢牢掌握大局。 明朝初期废除了宰相制度，设立内阁。内阁大臣们将建议以“票拟”的方式呈给皇上，皇上进行“批红”后决策才能生效。既减轻了皇帝的日常工作负担，又保证了皇帝对重大事务的最终决策权。万历皇帝虽然不上朝，但可以通过太监等渠道传递指令，对内阁的“票拟”进行“批红”，从而掌控朝局。

明朝有锦衣卫、东厂、西厂等特务机构。这些机构直接听命于皇帝，能够对官员进行监视和侦查，对官员们形成了威慑。 万历皇帝清算张居正和冯保后，对司礼监和内阁进行了整顿。一方面，限制司礼监的权力，使其回归到秘书职能，不再能与内阁相互制衡进而威胁皇权；另一方面，削弱内阁的权力，任命一些庸弱之人担任首辅，这些人难以形成强大的势力与皇帝抗衡。

万历一朝，东林党、宣党、昆党、齐党、浙党等党派林立，党争激烈。各方势力相互争斗，无法形成统一的、足以架空皇帝的强大力量。而且东林党虽在党争中胜出，但核心人物多处于下级职位，难以掌控最高权力，这使得万历皇帝能够在党派纷争中保持对权力的掌控。

万历前十年，张居正进行了一系列改革，包括整顿吏治、改革赋税、加强边防等，使经济得到发展，国力有所增强，让大臣们对他有一定的敬畏之心。 “万历三大征”，即平定宁夏哱拜之乱、抗击日本丰臣秀吉入侵的朝鲜之役、平定贵州杨应龙之乱，这三次战争都取得了胜利，彰显了万历皇帝的文治武功。

明朝皇权至上的观念深入人心，大臣们忠君思想观念使得他们即使对皇帝的行为有所不满，也不敢轻易挑战皇权。万历皇帝作为正统的皇帝，其地位在人们心中具有不可撼动的地位，这也为他掌握大权提供了思想基础。