案例还原2018年初，某兴企业管理有限公司将持有的置业公司股权转让给外地投资方。双方签订4380万元的转让协议后，某兴公司仅按协议价申报了印花税。但在当年底，投资方通过法院诉讼主张实际支付金额应为4806万元，法院最终裁定采纳银行流水证据确认该金额。
三年后税务稽查时发现：某兴公司存在三大税务问题：
1、印花税未申报，按协议价4380万计算，少缴2.19万元；
2、股权原值3580万，实际转让所得应为1226万，却仅申报部分收入，导致少缴企业所得税305.9万元；
3、公司股东单某个人账户收取的1926万元转让款未代扣代缴个税385.2万元。
最终税务机关依据（2023）苏05行终123号判决书、银行流水等证据，对某兴公司作出补税+罚款合计692万元的处罚决定。
股权转让的涉税风险点1、频繁多次转让过股权
同一自然人股东在一定期限内频繁发生股权转让行为或同一企业或关联企业的股权一定期限内频繁被转让的，将被识别并作为税务稽查重点对象。
2、平价或者0元股权转让
有些老板简单的认为，跟受让方签订一个《股权转让协议》，约定一个很低的转让价格，就可以实现不交或者少缴税，但在实际操作中，这是完全实现不了的。对于股权原值，税务是有明确的规定的，税务机关不是仅凭《股权转让协议》去判断出让方是否有所得。再者，当税务机关认为股权转让价格有失公允，或者说股权原值严重偏颇时，税务机关还可以行使核定权。
3、转让日企业盈利净资产较大
股权转让的价格一般根据公司的净资产、盈利情况等来进行定价，因此在转让协议中建议明确股权转让的价格系考虑到目标公司某个时间节点经审计的净资产以及盈利情况所进行的估价。
4、转让日七种高溢价资产占企业总资产比例超过20%
七种高溢价资产：被投资企业的土地使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权。
被投资企业账面有以下资产，且占总资产比例超过20%时，税务机关可参照纳税人提供的具有法定资质的中介机构出具的资产评估报告核定股权转让收入：土地使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权等。
5、利用增资减资来变相实现股权转让
自然人股东增资减资不属于股权转让行为。增资减资虽然不属于股权转让，但是若是股东的减资所得超过了个人的初始投资成本，减资也会涉及个税。个人由于撤资、减资等原因从被投资企业分回的资产，超过投资成本的部分应该全部确认为“财产转让所得”计算缴纳个人所得税。
6、利用合伙企业核定经营所得来达到降低自然人股转个税目
2021年12月30日，财政部、国家税务总局发布了《关于权益性投资经营所得个人所得税征收管理的公告》（以下简称“41号公告”），宣布从2022年1月1日起，持有股权、股票、合伙企业财产份额等权益性投资的个人独资企业、合伙企业，一律适用查账征收方式计征个人所得税。也就是说，涉及转让权益性投资的合伙企业不得再适用核定征收的方式。
7、股权转让之前财务提供虚假亏损报表达到降低自然人股转个税目
在股权转让、股权融资过程中，转让方为达到以更高价格出让股权的目的，通常会有美化财务报表、夸大收益前景、提供虚假审计报告、虚增公司利润的行为。纳税人存在虚假申报纳税，办理股权转让纳税或扣缴申报时提供的资料不完整，引发税务机关合理怀疑的将可能成为税务稽查重点对象。
8、“友情”价转让股权
根据《国家税务总局关于<股权转让所得个人所得税管理办法（试行）>的公告》（2014年第67号）第十二条第一款：“申报的股权转让收入低于股权对应的净资产份额的。其中，被投资企业拥有土地使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权等资产的，申报的股权转让收入低于股权对应的净资产公允价值份额的”视为股权转让收入明显偏低，且又不符合第十三条有关股权转让收入明显偏低且有正当理由的条件，并依据公告第十一条、第十四条税务机关有权核定了股权转让收入。
9、未分配利润等转增股本未依法申报个税
根据《国家税务总局关于进一步加强高收入者个人所得税征收管理的通知》（国税发〔2010〕54号）文件规定，加强企业转增注册资本和股本管理，对以未分配利润、盈余公积和除股票溢价发行外的其他资本公积转增注册资本和股本的，要按照“利息、股息、红利所得”项目，依据现行政策规定计征个人所得税。
因此，国内自然人股东应按“股息、利息、红利所得”项目缴纳20%个人所得税。若贵司属于中小高新技术企业，则国内自然人股东在办理相关备案手续后可在不超过5个公历年度内（含）分期缴税（财税〔2015〕116号）规定。
10、隐名股东与显名股东在股权转让时税负承担主体的风险
目前绝大多数税务机关都将名义持有人，即股权代持关系中的受托人作为股权转让行为的纳税义务人，而不向将事实上股权持有人（委托人）征税。例如宁波地方税务局在其官方对于企业所得税热点政策的问答中这么解释：“纳税人用法律许可或不禁止的方式代持的股份发证转让的，扔应按照纳税人名义上采用的具体方式所对应的纳税义务进行纳税，股份依法登记的形式所有人为纳税人”
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