乾隆五十七年（公元1792年），清朝政府始建“代本制”的西藏地方军队。它与驻防西藏的汉军同属清朝驻藏大臣管辖。藏军初建为6个团（藏语称“代本”），每团编制为500人，设代本（即团长）1~2人，系四品官衔。代本下辖两个如本（即营长），每营编制为250人；如本下设两个甲本（即连长），编制为125人；甲本下设5名定本（即排长），各辖25名士兵。1846年，“藏汉军统一管理制”改为“藏汉军分理制”，藏军始由噶厦（实际上的西藏地方政府）管辖。

民国以后，藏军进一步扩大，增至十余个代本团，且编制亦有扩大，每团为500~1000人不等。部队番号一般按藏文字母的顺序排列。其常备军约5000~6000人，其中1000人为“古松玛米”即警卫团，常驻拉萨，其余团队则分驻西藏地方各地。

1913年，西藏地方正式建立“玛基康”，即藏军司令部，负责藏军指挥、管理训练，隶属噶厦。司令部设僧俗“玛基”（司令官）各一人，均为三品以上官衔，通常由札萨（地位在噶伦以下但略高于四品‌）充任，也可由噶伦（主持“噶厦”事务，总办西藏行政事务）兼任。下设札康（军械局）、颇康（供给局）、洛局康（训练局）。藏军司令部成立后，由其直接任命定本、甲本，如本仍由噶厦任免，而代本的任免则必须经达赖喇嘛批推。

藏军自民国以后，主要仿照英军训练方式。一些军官曾至英国、印度留学。1919年，江孜军事训练团就有英国教官。

藏军来源主要为征兵制，即“三丁抽一，五丁抽二”，但僧人例外。

九世班禅额尔德尼于1936年拟回藏时，曾设立“玛勒空”（即军务处），类似达赖喇嘛系统的“玛基勒空”，由四品俗官主持。下设有宇柯冈，管理武器弹药；玛颇冈，管理军粮；玛井冈，主管军法。其时，班禅额尔德尼共有三个卫士队（相当于代本）。1937年12月，九世班禅额尔德尼逝世后，军务处有所改变。

历任总司令：

绛巴丹达（1912-1913.升噶伦）；

擦绒达桑占东（1913.3-1924.10.罢）；

泽墨罗布旺杰（1913.初-1914.升噶伦）；

玉拉丹巴次旺（1914-1915.罢）；

仲巴朗杰坚赞（1925--928）；

龙厦多吉次称（1925-1928）。

代本：

多喀泽旺南杰（1911-1922）；

普隆旺清札敦（1913-1917）；

崔科索朗旺堆（1912.代；1916.正-1921）；

泽桐居美嘉措（1913-1928）；

琼让（1914.10-1928）；

夏札噶丹饶杰（1915-1917）；

索康旺清次登（1917-1928）；

多仁丹增罗布（1919-1924）；

门堆多吉南杰（?-1923）；

如妥（1923-1928）；

朗噶哇旺曲塔钦（1926-1928）；

达朗（?-1927.死）。