中国方面舰队（CSF）

1937年8月13日，日本海军上海特别陆战队寻衅滋事，随即引发淞沪会战。伴随战局的发展，日军持续增派兵力，至10月组建中国方面舰队，此乃日本海军首个方面舰队。中国方面舰队司令部于11月进驻上海，初辖第3、第4舰队，1939年相继整编为第1、2、3遣华舰队与海南警备府。在太平洋战争爆发时，该方面舰队下属多为岸上部队，其舰艇有1艘轻巡洋舰、3艘驱逐舰、2艘海防舰、13艘炮舰等。日本战败投降时，该方面舰队官兵6万余人，仅有1000吨以下舰艇20余艘。

历任司令：长谷川清、及川古志郎（1938.4）、岛田繁太郎（1940.5）、古贺峰一（1941.9）、吉田善吾（1942.11）、近藤信竹（1943.12）、福田良三（1945.5）。

西南方面舰队（GKF）

1942年4月，联合舰队编组西南方面舰队（以第2南遣舰队兼任达一年之久），该方面舰队驻守荷属东印度，统辖印度洋、马来、荷属东印度以及菲律宾地区的舰艇与岸上部队。1944年7 月，为筹备菲律宾决战，西南方面舰队司令部自爪哇泗水迁移至马尼拉。在吕宋岛作战期间，海军与陆军意见相悖，执意防守马尼拉市区，失败后撤退至内陆的土坎山区。

历任舰队司令为高桥伊望、高须四郎（1942.9）、三川军一（1944.6）、大川内传七（1944.11）。1944年3月31日，联合舰队司令古贺峰一离世，高须四郎受命指挥联合舰队，直至5月3日丰田副武上任。

东南方面舰队（NTF）

在所罗门方向作战接连遭受挫败之后，日军大本营最终决定舍弃瓜达卡纳尔岛，鏖战将近一年的主力舰队逐步撤离。大本营于1942年12月组建东南方面舰队，用以统辖当地的海军部队，实则以第11航空舰队司令部充任，其司令部驻于拉包尔，司令为草鹿任一。

东北方面舰队（HTF）

1943年8月，在美军反攻阿图岛前夕，于北海道千岁组建东北方面舰队，直属大本营，负责阿留申群岛、千岛群岛、库页岛海域的作战事宜，以第12航空舰队司令部兼任，司令为户冢道太郎、后藤英次（1944.9）。阿留申群岛作战中日军失利后，北方海域暂且趋于平静。1944年4月改隶联合舰队，10月其所辖的第5舰队南下至菲律宾海域作战，而后即编入西南方面舰队，东北方面舰队遂于1944年12月撤销。

中太平洋方面舰队（TYF）

为组织“绝对国防圈”中部作战，该方面舰队于1944年3月组建而成，驻于塞班岛，南云忠一担任司令。其指挥着马里亚纳群岛、小原群岛、帕劳群岛、特鲁克群岛的所有海军部队以及陆军第 31军。4月2日，西南方面舰队司令高须四郎临时指挥联合舰队，同日，联合舰队下令除主队（第 1战队）、东南、西南方面舰队外，各部队由中太平洋方面舰队指挥，南云忠一拥有大半个联合舰队的指挥权达一个月之久，10日即发布关于马里亚纳作战第1机动部队（机动部队、游击部队）的编成命令。美军攻势凶猛，6月发起塞班岛登陆战，中太平洋方面舰队仅能够顾及本岛的防御。7 月 9 日，塞班岛守军被全部歼灭，中太平洋方面舰队司令部覆灭，进而撤销番号。

第10方面舰队（10HF）

1945年1月，美军即将攻占马尼拉，西南方面舰队已退入山区，难以履行职能。2月，于新加坡另行设立第10方面舰队，以第13航空舰队司令部与第1南遣舰队司令部兼任，司令为福留繁，指挥着除菲律宾群岛以外原属西南方面舰队的海军部队。