先天二年（公元七一三年）七月一日，惠能对门人说：“我要回新州故居，你们快去为我准备船只。”

门人听说师父要离去，都恋恋不捨，设法挽留。惠能说：“诸佛来到世间都免不了要涅槃，有来必去乃理所当然。父母赋予我躯体形骸，我最终必还之以父母之所。”

门人说：“师父这一去，不知何时能重回到我们中间？”

惠能说：“叶落归根，来时无日。”

门人又问：“师父法眼为何人所得？”

惠能说：“有道者得，无心者通。”

门人又问：“以后不知还有什么劫难？”

惠能说：“我灭世后五、六年，会有一人来偷取我的首级，各位请听我悬记：’头上养亲，口里须餐，遇满之难，杨柳为官。”

”又说：“我去后七十年，当有两位菩萨从东方来，一在家一出家，同时盛弘我禅法，宣扬我宗旨，昌隆我法嗣。”

惠能说完，即往新州国恩寺，沐浴薰香，跏趺而化。当时异香袭人，白虹贯地，那是本年八月三日。

惠能入灭后，韶州、新州两地均修灵塔，纪念大师，僧俗二界竟不能决定其遗体归放哪处为好。

于是两州刺史共同焚香，以袅袅香烟飘向何方为大师灵体之归所。结果香烟腾涌而上，直贯曹溪。

这样，十一月十三日，大师遗体入了韶州所修灵塔，世寿七十六。

韶州刺史韦据撰写了碑文，其门人考虑到师父的取首悬记，便用铁皮包裹师颈，使其坚固不易割取。塔中同葬的物品有达磨所传的表信的袈裟、中宗所赐的摩衲和宝钵，以及蜀僧方辩的惠能塑真等等。主塔有侍者专门看守。

开元十年（公元七二二年）壬戌八月三日，夜半时，忽听得灵塔中传出拉铁索的声音，众僧从睡梦中惊起，待赶来时，发现贼人已逃去，师颈有伤痕。

众僧把这事通报州县，县令杨侃、刺史柳无忝都派人辑拿盗贼。

本月五日在石角村把贼人捕获。

带到韶州有司衙门审问，方知贼人姓张名净满，是汝州梁县人，在洪州开元寺受新罗（今朝鲜）僧人金大悲二十千钱，来窃取六组大师的首级回海东供养。

柳刺史听到供状，没有急于加刑，亲身来至曹溪，询问惠能高足令韬禅师的意见，该当如何处置那贼以了断此案？

令豁说：“若以国法论，理当诛灭此贼：但佛教以慈悲为本，佛面前冤亲平等。况且，他求大师首级也只是为了回乡供养，这实际上也是弘扬佛法，因而其罪可恕矣。”

柳刺史闻听，感钦道：“今天才知佛门广大无边，果不其然。”于是赦免了贼人。

上元元年（公元七六〇年），唐肃宗派遣使臣来到曹溪，请大师衣钵至宫廷供养。

永泰元年（公元七六五年）五月五日，唐代宗梦见六祖大师来请衣钵回曹溪。代宗下诏杨城刺史说：“朕梦感惠能禅师请回衣钵，今派镇国大将军刘崇景完璧归赵，朕视之为国宝，卿等亦当以国宝严加守护之，勿令遗坠。”

以后这衣钵又三番两次被人偷去，但都不远而获，这样的情况大致有四次。唐宪宗谥之为大鉴禅师，为其塔取名曰元和灵照。

大宋开宝初（公元九六八年），王师平定南海，刘氏残兵负隅顽抗，师之塔庙化为灰烬，然其真身为守塔僧保护，而丝毫不损。后来宋太宗即位，留心禅门，又重修曹溪庙宇，壮丽大师金身。