《1996年重庆市城镇体系规划》要求，三峡工程重庆库区淹没涉及巫山,巫溪,奉节,云阳,开县,万州的龙宝、天城、五桥,忠县,石柱,丰都,涪陵的李渡、枳城,武隆,长寿,渝北区,巴南区,原重庆市区,江津市共19个县区。直接淹没人口 72.25万人,淹没耕地22.98万亩,淹没各类房屋2942.88万平方米。没工矿企业1387家。

淹没涉及:城市2座:万州城区(龙宝、天城、五桥)(半淹);涪陵城区(枳城、李渡)(半淹)。

县城7座:巫山县城(全淹)；奉节县城(全淹)；云阳县城(全淹)；开县县城(全淹)；丰都县城(全淹)；忠县县城(半淹)；长寿县城(半淹)。

集镇104个:其中全淹66个,半淹38个。

考虑到人口自然增长,机械增长,农村随迁人口,搬迁占地人口等各种因素,重庆库区需安迁总人口103.63万,其中城市和县城需要迁57.65万人,集镇13.86万人:复建房屋3239.73万平方米,其中城市和县城1828.16万平方米,集镇489.68万平方米;库区移民安置补偿静态总投资315.55亿元,其中城市补偿费41.88亿元,县城53.46亿元,集镇18.66亿元,工矿企业56.05亿元,公路、码头,通信等专业项目30.31亿元:在百万移民中,要求在2003年6月第一批机组发电前搬迁37.9万人,其余人口必须在2009年8月枢纽全部建成前搬迁完毕。

所有的城市、县城、集镇搬迁工作必须按照批准的分县移民规划和城镇、集镇迁建详细规划,实行严格的规划管理,处理好安迁与发展的关系。既不盲目追求高标准,又要为城镇发展创造条件:城镇迁建,要以保护库区的生态环境为前提,注意环境保护,防止污染库区;厂矿企业迁建,要同技术改造、结构优化、产业移植生产力布局调整相结合,不搞低水平的复建,在环境容量确实有限的地区,可异地移民:要十分重视城镇的防灾工作,加强沿江库岸再造和危岩滑坡治理工程,增强抗洪和防止地质灾害的能力;城镇迁建,要同建设长江风光带的目标相结合,重视城镇风貌建设,使每个城镇各具个性,成为长江景区资源的组成部分,要加强对三峡库区文化抢救工作,对三峡淹没区的文物古迹要认真地进行挖掘,搬迁和保护。