雨花台会战失利后，李秀成的苏福太平军遭受了重大损失，洪秀全、洪仁玕决定“进兵北行”，这便是曾国藩给朝廷的奏疏中所说的“（发匪）进北攻南”之作战企图。这种战略实际上并无新意，仍是李秀成等第二次摧毁清军江南大营所采取的“围魏救赵” 计策之重复。主政的干王洪仁玕遣李秀成率军渡过长江，经安徽北部入湖北，再次进攻武昌，迫使正围攻天京的曾国荃部吉字营湘军分兵西进援救，从而破解天京之围。
叛徒献常熟降清，影响了进军计划1862年12月9日，章王林绍璋和对王洪春元奉命率太平军先锋渡江，以迅雷不及掩耳之势捣入安徽，连取含山、巢湖、和州等地。忠王李秀成正打算率主力跟进，忽然有人报告说驻守江苏常熟的太平军守将骆国忠献城投降清军，常熟已经失陷。李秀成立即改变计划，先率军自天京直奔苏州，与守苏州的慕王谭绍光合兵共讨叛徒骆国忠，准备复夺常熟。不料李鸿章早有防备，派麾下大将程学启与洋人雇佣兵团“常胜军” 设伏阻击，李秀成无法得手，被迫放弃常熟。
1863年3月李秀成率部进入安徽，击走淮军，夺回两浦。安徽原本是太平天国重要粮仓，但连年战争造成民众流亡、田地荒芜，一片萧索景象。进入安徽的太平军很难征集到粮食，所以行军异常缓慢。
5月12日，李秀成督军进攻六安州，曾国藩闻讯赶紧调驻扎庐州（今合肥）的湘军悍将鲍超率霆军驰援六安，随后又遣驻无为州的毛有铭率部增援六安守军。六安守军实力迅速增强，抵抗得很顽强，太平军久攻不克，伤亡惨重，不久后援不继，粮草告急，在极端的困难面前，李秀成被迫撤围而去。
5月19日，撤离六安州的李秀成军经寿州边缘往东退却，途中又遭遇太平军的死敌、在清与天朝之间屡降屡叛的苗沛霖皖北团练武装之长期围困，屡次突围不成，很多将士因缺粮而活活饿死。因前路被苗沛霖堵死，前进不得，李秀成只得率大军折返巢县。
不久，湘军与苗沛霖联手围攻巢县，李秀成力战不支，被迫撤出，又失巢县。李秀成放弃巢县后，本打算由此进军湖北，与已经被清军擒杀的英王陈玉成之残部陈得才军会合 。遗憾的是，此时陈得才已率部辗转进入河南、陕西地区，欲与赖文光的西北远征军联合作战，李秀成无法会合，加上湖北闹饥荒无法筹集粮草，遂被迫率军东返。6月10日，李秀成大军抵达天长县时，正好接到天王诏令李秀成火速率军回援天京的急信。
被迫率军返回天京的李秀成二十万大军在九洑洲遭湘军伏击，损失惨重，几乎被团灭，进北救南计划破产，天京危在旦夕李秀成接洪天王急诏后，取道仪征、六合，直趋江浦。 李秀成抵达江浦 ，天京城已经隔江在望，近在咫尺。恰在此时，曾国荃部湘军又从雨花台大营对天京城发起强攻，太平军虽奋死抵抗，无奈士气已衰，力不如人，聚宝门外的壕垒被湘军攻破，失去拱卫的天京城危在旦夕，洪秀全焦灼万分，又下急诏令李秀成火速回援。
李秀成率先锋先期渡江进入天京城。大部队囤聚于江北九洑洲，预备搜集到足够船只后再大举渡江入援天京。长途跋涉、艰苦征战、历尽千辛万苦的太平军将士站在江边眺望对岸烽烟滚滚的天京城，心态复杂，百感交集 。
就在这时，早已在此设下重兵的清军忽然开炮轰击，接着伏兵杀出，从南北两个方向夹击太平军，枪炮齐鸣 ，太平军猝不及防，死伤惨重，李秀成部在雨花台恶战后剩下的约20万大军几乎全部覆没，最后仅剩15000余人侥幸溃围回到天京城里。太平军在江北九洑洲遭受的损失之巨为太平天国史上所罕见。 李秀成大军在九洑洲遭湘军伏兵南北夹攻，受到重创，“进北攻南”战略计划因此破产。
6月20日，洪秀全封李秀成为真忠军师，将天京的安危全部寄托在忠王一人的身上。与此同时，下游的局势进一步恶化，苏州、杭州被李鸿章部和左宗棠部围攻，先后传来警讯。李秀成留在天京不足10日，便于6月28日匆匆奔赴苏州。曾国荃得知李秀成已不在天京，便趁机再次发起猛攻，李秀成得知后不得不留谭绍光守苏州，自己又紧急回救天京。8月下旬，李秀成率军攻打屯扎在天京外围的鲍超霆军大营，却被剽悍凶猛的霆军击退，失利退回。
9月初，东线情势也日趋危殆。湘、淮军围攻不休，如果苏州、杭州失陷，天京唯一的粮饷接济地就将丧失， 那么天京必将被完全孤立，陷入内无粮饷，外无救兵的危境，后果极为严重。为此，李秀成向天王建议由自己统兵前去救援东线。
洪秀全担心李秀成离去后，天京就会陷入无人可靠的危境，雨花台失陷后，可以依赖、能担起防务重任的人一时找不到，于是不允许李秀成离京回援苏、杭。郜永宽等人刺死谭绍光献苏州投降淮军后，李秀成进驻丹阳，其堂弟侍王李世贤驻扎溧阳，他曾劝李秀成放弃天京，前去溧阳与自己会合，再另做打算，遭李秀成拒绝。李世贤认为洪氏排斥异己，重用亲族，已不值得咱哥俩拼命死保，但在如此险恶悬危的形势下，李秀成对天王虽有不满，但从未生背叛之心，忠王的“忠” 字可不是浪得虚名。
12月20日，李秀成明白苏州已无法夺回，又从丹阳怏怏返回天京，天京的局势更加危急。天京城西南的博望镇，东南的上方桥、高桥门、双桥门、方山、土山、秣陵关、中和桥，城东的淳化、解溪、隆都、浒墅关、三岔镇以及孝陵卫等太平军壕垒、屯堡都被曾国荃以及湘军水陆师攻破，太平军仅仅控制着天保城、地保城、神策门、太平门等寥寥几处据点。更为严重的是，湘军吉字营已经将天京城围得水泄不通，天京已经与外界失去联系，粮草已经各类作战物资的来源被彻底截断 。 在这种岌岌可危的情势下，李秀成预感到天朝大势已去，任何挣扎、努力都已经无法保住王都天京了 ......
