宋元时期，道教的发展重点体现在内丹道和道深的变化与重新组合上。让内丹道变得更具哲理的，是北宋初年有名的道教学者陈抟。陈抟（？-989），字图南，号扶摇子，是毫州真源（如今河南鹿邑）人，也有人说他是普州崇晃（现在四川安岳）人。

在后唐长兴年间（930 - 933），陈抟参加进士考试没考上，接着就去访求仙道，曾经在武当山九室岩隐居修炼，通过服气辟谷的方式修行二十多年；后来又搬到华山云台观以及少华石室，据说常常一睡就是一百多天不醒。周世宗（954 - 959 在位）喜欢“黄白术”（这是道教方术的一种，用铅、锡、水银等当作原料进行烧炼，再放进“丹药”，让它们变成黄金白银），就召见陈抟询问这个方法，陈抟回答说：“陛下您是四海之主，应当把治理国家放在心上，怎么能留意这种黄白之事呢？”陈抟在华山隐居了四十多年，写了《无极图》、《先天图》、《指玄篇》等作品，把《周易》里关于宇宙生成的学说和道教内丹的理论相互融合，借助《周易》的道理来解释炼精化气、修养心性追求修真的方法，对后来的道教影响很大。

陈抟之后，有丹道理论家张伯端。张伯端（984 - 1082），字平叔，是天台（今浙江天门）人，曾经担任过小官。神宗熙宁二年（1069），他在成都遇到了“异人”，被传授了金液还丹诀，于是就出家入道，改名叫用成（也有作“用诚”），号紫阳，是吕洞宾的再传弟子。他的代表作《悟真篇》和魏伯阳的《参同契》一样有名。这本书发展了钟、吕、陈的丹道理论，总结并且完善了道教内丹修炼的理论和方法，是继《参同契》之后最权威、最有影响力的内丹著作，张伯端也因此被看作是清修派丹法南宗的开山祖师，被尊称为“紫阳真人”。

北宋时期，皇帝大多喜欢道教，真宗在前面带头，徽宗在后面跟风，像林灵素这类道教的败类就迎合皇帝的喜好，说徽宗是上帝的长子，是“神霄玉清王”下凡，一时间把道教往妖妄的方向发展到了极点，给国家、民族造成了很大的灾难，同时也在道教的历史上留下了很不光彩的一页。另一方面，统治者还大肆修建宫观，宋真宗还命令王钦若、张君房等官员主持整理道书、编纂道藏。真宗大中祥符九年（1016），王钦若等人修成了《宝文统目》4539 卷；天禧三年（1019），张君房等人修成了《大宋天宫宝藏》4565 卷，《道藏》的体例就这样确定了下来。徽宗朝又两次增补，政和年间（1111 - 1118）雕版刊行，叫做《政和万寿道藏》，一共 5481 卷。这是《道藏》有正式印本的开始，后世修藏都把这个当作蓝本。

南宋、金、元那个时候，出现了一些新的教派：刘玉创立了净明道，萧抱真创立了太一道，刘德仁创立了真大道（最开始叫“大道教”）；对道教发展产生重大影响的，是王重阳创建的全真道。王重阳（1113 - 1170）原名中孚，字允卿，是京兆终南（现在陕西周至）人，出家入道之后才改名叫王嚞、字知明，道号重阳子。据说，王重阳很早就精通经史，曾经在京兆求学“修进士业”，“擅长写文章，才思很敏捷”，还曾经参加科举考试中了甲科。他这个人“正直仗义，不拘小节”，可是，就算他文武双全，很想在世上有所作为，却还是长期处在很低的职位，只是个不起眼的小官员，于是就喝酒装疯，不再过问世事。金正隆年间（1156 - 1160），王重阳在世河镇（在今陕西户县）监管酒税，碰巧遇到两个年龄和相貌都一样的人。

这两个人（据说是“唐纯阳子吕仙翁的化身”）给他传授“修真口诀”，于是王重阳抛弃家庭改了名字，做了道士，这一年他 48 岁。大定七年（1167）十月，王重阳在宁海（治理的地方在今山东牟平）创立了全真道。所说的“全真”，就是把“澄心定意，抱元守一、存神固气”当作“真功”，把“修仁蕴德、济贫拔苦、先人后己、与物无私”当作“真行”；“功和行都具备，所以叫全真”（《重阳教化集·三州五会化缘榜》）。全真道主张儒释道三教平等，重视清修，入道的人必须吃素出家——这对唐宋以来的道教来说是一个很大的变革；全真道也重视内丹炼养，主张先“性”后“命”或者“性、命双修”，和张伯端的紫阳派主张先“命”后“性”稍微有点不一样。

后来，张伯端的紫阳派并入了全真，被称为南宗，王重阳这一派就被称为北宗。王重阳去世之后，他的弟子丘处机接着掌管全真。丘处机曾经应成吉思汗的邀请，在 1222 年在雪山（如今阿富汗境内的兴都库什山）行宫拜见大汗，得到了大汗的礼遇和敬重，大汗特地命令“丘神仙”掌管天下的道教。所以，全真道在元代广泛传播，特别兴盛，发展成为道教的两大派别之一。能和全真道相抗衡的就是“正一道”。元世祖的时候，龙虎山的天师道受到朝廷的重视，至元十三年（1276），忽必烈召见第 36 代天师张宗演，赐给他银印，让他主管三山（龙虎山、茅山、阁皂山）的符篆；之后元成宗又授予 38 代天师张与材“正一教主”的称号，让他掌管三山（也就是江南）的道教，天师道从这时候开始改名。

宋、金、元时期，道教学者在撰写著作方面也有不少让人关注的成果，除了上面提到的《无极图》、《先天图》、《指玄篇》、《悟真篇》之外，还有张君房的《云笈七签》、王重阳的《金关玉锁诀》、《立教十五论》、丘处机的《大丹直指》、李致常的《长春真人西游记》、俞琰的《周易参同契发挥》、《周易集说》、陈致虚的《金丹大要》等等。

明清时期，道教总体上呈现出越来越衰落的趋势。明太祖朱元璋对道教实行了所谓“检束”的政策，设立道录司来管理和约束天下的道士，同时减少宫观的数量、限制出家的名额；太祖之后的皇帝大多不推崇道教，只有嘉靖皇帝是个例外，然而他宠信的道士像邵元节、陶仲文这些人，却都是迎合皇帝的恶行、助纣为虐的人。在这种情况下，道教当然不可能像之前的朝代那样发展。清统治者对道教的态度更加严厉，道教的衰落到这个时候已成定局。总的来说，在这一时期，道教在教义的发展方面基本上没有什么进展，而且教团的势力也缩小了；虽然信奉的人还是不少，但是它对社会的影响却大大下降了。

不过，还是有下面这些人物和事迹值得说一说：明朝初年，张三丰开创了道教武当道，把“真武大帝”当作祖师，在教义上主张三教合一、修炼上重视内丹修养，教团里面还秘密传授内家拳法。武当道后来并入了全真道。明末清初，有让全真道中兴的龙门派（全真道的支派之一，把丘处机当作祖师）律师王常月，他的《龙门心法》特别强调“戒行精严”，教风以持戒为根本。清雍正年间，有对《黄箓科仪》进行增删的龙虎山正一道士娄近垣。

乾嘉年间，有总结全真道清修理论和丹法的龙门派道士刘一明。在经籍方面，有明英宗时编纂完成的《正统道藏》、明神宗时刊印发行的《万历续道藏》，两者加起来一共 5485 卷；明嘉宗时，道士白云霁写成了《道藏目录详注》；清康熙时，学者彭定求编了《道藏辑要》。以上这些，都没办法扭转道教衰落的局势了，因为，道教的衰微终归是时代造成的。