东晋末年，天师道孙恩起义剧烈爆发，江左门阀势力大受打击，琅琊王氏的会稽内史王凝之，陈郡谢氏的卫将军、徐州刺史谢琰先后战死。五个多月后，隆安四年十一月，眼见着江左局势一塌糊涂，朝廷不得不下诏，改用北府军统帅刘牢之都督会稽五郡，彻底平定孙恩之乱。北府猛虎再度南下。孙恩先在余姚打败了刘牢之女婿高雅之，后来又被刘牢之打败，孙恩知道这次又没戏了，于是又见好就收，率部逃回海岛，再找机会卷土重来。

这次刘牢之有了名分所以也不忙着走了，他决定在沿海几个要点筑城守备，以防孙恩再次登陆。刘牢之自己屯驻在会稽郡的门户上虞，又使刘裕率部戍守句章（今浙江省宁波市东部）以封堵孙恩常登陆处浃口，另命吴国内史袁山松在沪渎（今上海市青浦区附近古吴淞江）筑垒设防。把握着三个点，北府军就等于掌控了整个杭州湾入海口，孙恩再想登陆荼毒东南，可就没那么容易了！

三十八岁的刘裕终于得到了独当一面的机会，虽然他所驻守的句章城很小，手底下的战士也不过数百人，而且与天师道的舟山群岛几乎是隔海相望（距离约30海里），这差事真可谓危险高任务重。但他很快就让当地百姓吃了颗定心丸。如前所述，当时以刘牢之为首的北府诸将皆御军无律，士卒暴掠，使得哀鸿遍野的江左之地更为残破。刘裕眼见于此，痛心疾首，悲怆难忍，这个国家从上到下都烂透了，恐怕非有翻天覆地之变局才能拯救这个世道；但刘裕如今只是一个小小的军官，他能做的，只能约束他这支小小的部队，让其所到之处秋毫无犯，于是百姓莫不亲赖，句章城上下一心，很快做好了迎击孙恩来犯的准备。

两个月后，隆安五年（401）二月一日，天师道军在浃口第三次登陆，兵锋直取句章。句章虽小，但很富庶，六十年前会稽内史孔愉曾在这里修复了被毁弃数百年的汉代旧堤，“溉田二百余顷，皆成良业”（《晋书·孔愉传》），至此成为江南鱼米之乡。

孙恩本以为这么一个小城当手到擒来，不料却碰到了一个硬茬。刘裕还是从前那个作风，每战必被坚执锐，摧锋陷阵，为士卒先，天师道数万大军屡屡攻打不能下，这时刘牢之又从上虞率军前来支援，孙恩知道这次又没戏了，只得再次撤回舟山群岛。

刘裕的这种身先士卒的作风，虽然很鼓舞士气也很能催动战力，但他毕竟是血肉之躯，不可避免会受很多伤。《宋书·符瑞志上》云：“（武帝）后征伐屡被伤，通中者数矣。”所谓“通中”就是长矛或弓箭造成的贯穿伤，在没有清创手术、没有穿刺引流、也没有消炎药品的时代，刘裕能够逃脱感染活下来，第一是靠他强壮的体质，另外据说他有一种神奇的“金创药”。据《南史·宋本纪上》记载，宋武帝刘裕青年时曾在长江沙洲上砍伐芦苇，看到一条数丈长的大蛇，便朝它射了一箭。第二天他再去原地时，发现有好几个青衣童子在芦苇丛中捣药，刘裕问其原因，童子们回答：“我王为刘寄奴所射，合散傅之。”刘裕听罢大喝一声将他们叱散，并收了他们药。后来据说有个怪和尚也给了他一黄布袋药末，治好了刘裕多年未愈的手伤。刘裕从军后，多次重伤不死，靠得就是这些神奇的金疮药。大家不知道这药叫啥名，但既然是刘寄奴发现的，于是便以“刘寄奴”称呼此药，这名字便约定俗成了。今天大家去看中医，还会经常碰到这味药，对于止血散瘀、消食止痛很有效果。

事实上，据《隋书·经籍志》记载，征战一生的宋武帝除留下几部兵法书（《神人书黄帝兵法》一卷，《杂兵法注》二十四卷，《兵法序》二卷）外，竟还留下了一部医书《宋武帝杂戎狄方》七录一卷，只可惜这些书全都散佚了，不然我们还可以看到一个外科医家皇帝的风采。

刘裕的高超医术自然不是平白出现的，事实上，刘裕的从父（堂叔伯）刘涓子（刘宋孝武帝时宗室宰相刘遵考之父）就是一位出色的中医外科医生。晋安帝时，刘涓子曾任彭城内史，后来随刘裕北伐，将士中“有被创者，以药涂之，随手而愈”（徐春甫《古今医统》）。他将其丰富的外科经验编著成《痈疽方》一书，后经南齐人龚庆宣加以验证改编，定名为《刘涓子鬼遗方》，共十卷，今通行本为五卷。医学史上通常认为，此书便是中国最早的外科学专著，其中有金疡专论，反映当时处理创伤的情况，另外书中还详细介绍了痈肿的穿刺、切开、排脓与引流等手术方法。显然，刘裕的外科医术都是跟他从父刘涓子学的，他不仅有神药治金创，恐怕还会做一些外科手术，所以即便身经百战，多次身受重伤，却还能活到足足六十岁。而史书上记载的宋武帝刘裕“射蛇得药”的传说，只是史家的附会与神化罢了。