天师道变乱终于偃旗息鼓，东晋王朝算是暂时续上了一口气。但这一番战乱，朝廷控制的扬州地区乃至北府军的江北地区几乎全被波及，各地一片残破，百姓流离失所，饥荒开始蔓延，各大门阀也对司马朝廷失去了信心，他们希望拥护新的统治者，来保障他们的利益，维持他们的特权。他们所选择的这位新人，正是东晋四大一流士族（王谢庾桓）中最多诈、最能打、实力也最强的桓氏掌门人——桓玄。
而看到建康的这种情况，桓玄也知道自己的机会来了！于是他对建康发动了第一轮攻势，经济攻势。首先，桓玄宣布“禁断江路”，在长江航道上设立关卡，禁止商人向下游朝廷直辖地区贩运粮食和其他重要物资。接着，桓玄借口要收复北方后秦羌人所占据的西晋旧都洛阳，须筹集军费，所以无法再向东晋朝廷交纳赋税。
经过这一番经济制裁，东晋朝廷的日子就更难过了，可谓“商旅俱绝，公私匮乏”，连司徒以下的高级官员都不得不实行配给制，每天只能领到七升米充饥，普通士兵就更惨了，只能领到一些麸皮和橡果充当军饷。官兵民众都怨声载道，但会稽王父子却依然锦衣玉食，挥霍无度，上上下下看在眼里，大家对司马王朝更加失望了。
看到经济攻势“成果喜人”，桓玄又发动了第二轮攻势，舆论攻势。首先，桓玄安排了一堆神棍，向他呈上他可以做皇帝的符瑞，打算用这些来迷惑百姓。接着，桓玄又写了一封公开信给朝廷摄政王会稽王司马道，文曰：
“贼（指孙恩）造近郊，以风不得进，以雨不致火，食尽故去耳，非力屈也。昔（王）国宝死后，王恭不乘此威入统朝政，足见其心非侮于明公也，而谓之不忠（而杀之）。今之贵要腹心，有时流清望者谁乎？岂可云无佳胜！直是不能信之耳！尔来一朝一夕，遂成今日之祸。在朝君子皆畏祸不言，玄忝任在远，是以披写事实。”
桓玄这封信，明着是为原先反对司马道子的王恭叫屈，实际是在指责会稽王父子大权独揽，没有重用朝廷那些“流清望者”、“在朝君子”（实际就是各大门阀），所以才导致了孙恩的祸乱。换句话说，桓玄这是明明白白的在拉拢各大门阀一起反对司马王朝了。年轻的会稽王世子司马元显当然一下子就看出了其中的门道，不由深感惊惧，他立刻找来自己的智囊（马屁）团商量对策。智囊团团长、庐江太守张法顺随即献策道：
“桓玄承籍世资，素有豪气，既并殷、扬，专有荆楚，第下（指司马元显）之所控引止三吴耳。孙恩为乱，东土涂地，公私困竭，玄必乘此纵其奸凶，窃用忧之。然（桓）玄始得荆州，人情未附。方务绥抚，未暇他图。若乘此际使刘牢之为前锋，而第下以大军继进，玄可取也。”
司马元显知道，为今之计，恐怕也只有翻桌子上去干了，拖得越久，桓玄越强，朝廷越弱，张法顺说的有道理。刚好这时武昌太守庾楷写了一封密信过来，云：“（桓）玄大失人情，众不为用，若朝廷遣军，己当为内应。”
如前所述，这庾楷本是豫州刺史，跟会稽王父子还颇为亲近，后来因为不满朝廷削他的地，便背叛朝廷倒向了以王恭、桓玄为首的反中央外藩联盟。但当年一战败于朝廷，庾楷丢掉了豫州，只得投靠桓玄，在桓玄的荆州当了个武昌太守。但庾楷对于在桓玄手下做事还是很不爽的，想当初，桓温掌东晋大权二十多年，先后开设四府，故而辟举、拔擢了一大批东晋顶级高门（并广泛与各族联姻），却独独打压颍川庾氏。庾翼一支被桓温所废，庾冰一支更几乎被桓温杀光；而当年桓温崛起，可是深受庾氏提携的。总之，桓氏与庾氏早有旧怨，而且庾楷认为桓玄跟朝廷斗不会有好下场，自己还是早寻后路为好。
司马元显得到庾楷的密信之后，自然大喜，立即命令张法顺前往京口，与刘牢之商议西征之事。不料刘牢之却认为桓玄势大，讨伐之事恐怕难以成功。张法顺回到京师后，立刻向司马元显进言：“观牢之言色，必贰于我，不如召入杀之；不尔，败人大事。”司马元显倒不会天真到以为杀掉北府军主帅就可以控制北府军的地步，于是没有听从，并继续整军备战，准备迎接暴风雨的到来。
公元402年正月初一，朝廷宣布改年号为元兴，下诏宣布桓玄的罪状，加授司马元显为骠骑大将军、征讨大都督、都督十八州诸军事（整个晋朝总共也就十八州，这就相当于“天下兵马大元帅”了），又加黄钺可专戮持节都督。同时，以镇北将军刘牢之为前锋都督；前将军谯王司马尚之为后部，即日出兵讨伐罪大恶极的桓玄。为了拉拢刘牢之，司马元显随即又剥夺了桓玄江州刺史之职，并将刘牢之由三品镇北将军提拔为二品征西将军，领江州事。
说实话，司马元显对刘牢之已经够意思了，放眼整个两晋王朝，只有传奇人物陶侃曾由寒微武人出身而能得此级别高位（二品将军，持节都督，大州刺史）。但刘牢之仍然不开心，因为他要的不止是权位，还要尊重。毕竟，只有因尊重而给的权位才牢靠，因利用而给的，利用完了就会收回去。
大战在即，张法顺再次求见司马元显，请求除掉桓氏在朝廷的内应：“桓谦兄弟每为上流耳目，宜斩之以杜奸谋。且事之济不（否），系在前军，而牢之反覆，万一有变，则祸败立至。可令牢之杀谦兄弟以示无贰心，若不受命，当逆为其所（预做准备）。”张法顺上了一个借刀杀人之计，让刘牢之杀掉桓玄的堂兄弟桓谦、桓修等人，成功则根绝后患，不成功就说明刘牢之有二心，咱们也好提前对他有个准备。
应该说，张法顺此计还是相当有水平的，其最高明的地方在于司马元显自己没有动手，无论结果如何他都可以摘的很干净。
但是，张法顺还是低估了桓氏的政治能量。其实不仅桓温，桓温的弟弟桓冲（也就是桓谦桓修的父亲）也曾广泛与司马皇族及王谢等高门甲族联姻，桓氏与各大家族都有着千丝万缕的联系。比如桓谦就是骠骑将军司马元显的司马；而中护军桓修，则是司马元显的姑姑武昌公主的丈夫。另外，桓修桓谦都是骠骑长史王诞的外甥，王诞出身琅琊王氏嫡宗，乃王导的曾孙，时任骠骑将军司马元显座下第一僚佐。有武昌公主与王诞天天在司马元显面前唠叨保证，司马元显根本就不相信桓谦兄弟跟桓玄一条心，他甚至任命了桓谦为都督荆益宁梁四州诸军事、西中郎将、荆州刺史来代替桓玄，“以结西人之心”。毕竟桓谦的父亲桓冲当年担任荆州刺史时“特有遗惠”，甚至比桓温更得民心，史载其“丧下江陵”时，“士女老幼皆临江瞻送，号哭尽哀”。
另外一边，桓玄本以为朝廷被他两大攻势搞得焦头烂额，应该没有余力远征，自己可以从容蓄锐，以待时机。待朝廷西征大军将发，桓玄堂兄太傅长史桓石生（桓温三弟桓豁之子，时任太傅司马道子的长史）用密信告知了桓玄。桓玄这才如梦初醒，大惊失色。桓玄这人跟他爹桓温一样，有才干，有智计，狡诈百出，但也一样也有一流士族的通病，那就是临大事而露怯，干大事而惜身。早就想着要干大事了，事到临头，桓玄却又犹犹豫豫畏畏缩缩了，还准备将兵力全部收缩到江陵据守。如果他真这样干，桓氏也就提前完蛋了，不管是门阀、豪族还是百姓，人的天性就是愿意追随赢家，而桓玄一仗不打就退保江陵，示弱于天下，便等于承认了自己的叛逆与无能，最终很可能会众叛亲离下场悲惨。
幸亏此时长史卞范之点醒了他：“明公英威振于远近，元显口尚乳臭，刘牢之大失物情（丧失人心），若兵临近畿，示以威赏，土崩之势可翘足而待，何有延敌入境，自取穷蹙者乎！”桓玄听罢，再次如梦初醒，于是改变了主意，针锋相对传檄各地，宣布司马元显的罪状，同时下令他哥桓伟留守江陵，自己则亲率荆州精兵东下。檄文传到都城建康，司马元显同样吓破了胆，他本以为桓玄得知朝廷宣战，会不战而屈，急忙投降，没想到却引来一场大祸，为之奈何？
其实，桓玄是门阀，司马元显当然更是门阀，门阀贵公子的通病他们都有，只不过看谁严重一点。显然，比起桓玄，司马元显的症状更严重，二月初七本是朝廷西征军出发的日子，晋安帝与文武百官在西池（注1）为即将出征的司马元显饯行，送行会结束后，司马元显登上战船，却不敢下令出发。朝廷大军就这样一直待在建康郊外无所事事。而手握重兵的前锋刘牢之也将北府军主力驻扎在长江中的溧州（江中小岛，在今南京西南江宁区以西），按兵不动，观望局势。
桓玄很高兴，这次比烂大赛他赢啦。自从江陵一路东下，桓玄总在担心碰上朝廷大军该怎么办，打不赢可怎么办，精神高度紧张，数次想掉头西还。他的部下知道这是在对抗朝廷，也士气低落，怨声载道。谁知这一路风平浪静，等到过了寻阳，仍然见不到朝廷大军的影子，这下桓玄才放下心来，不再恐惧焦虑。而荆州军看到朝廷如此怯懦，心中也才鼓舞起来，士气有所振作。
而就在这时，由于桓谦、桓修通风报信，桓玄及时发现了武昌太守庾楷背叛自己、勾结司马元显的密谋，遂将其囚禁。司马元显更加害怕，于是在二月十八日派侍中、齐王司马柔之持驺虞幡前去阻止桓玄军东进。驺虞幡，也叫驺虞旗，它是一种天子令旗，可行使天子命令，如同尚方宝剑一般。驺虞是古代传说中的一种珍奇异兽，《山海经》记载驺虞是产自林氏国，如虎一般大，有花纹，尾巴比身体长，可日行千里。《毛诗》则说驺虞是一种仁义之兽，白毛黑纹，只吃自然死亡的动物，不吃活物。晋朝的制度，最重视驺虞幡，每到危险时，常用它止战，见了它的人都伏地不敢动，是晋朝等级最高的令旗。
在桓玄起兵之前，驺虞幡可能还有点作用，但如今桓玄都快杀到建康了，这块破旗能有啥用，只能显示朝廷的虚弱罢了。结果堂堂东晋王朝的齐王，居然连桓玄的面都没见到，就被其前锋给杀了祭旗了。
二月二十八日，桓玄大军抵达建康南部屏藩“南州”姑孰（淮南郡治所，今安徽当涂县），命他的部将冯该进攻建康西部屏藩“西府”历阳（豫州治所，今安徽和县历阳镇）。豫州刺史谯王司马尚之本是征西大军的后部，不料如今竟成了前锋，苦笑之余，只得命其弟司马休之坚守城池，并自率九千精兵列阵于洞浦（在历阳之南），又派部将杨秋驻扎在长江通往江左的重要渡口横江渡（在历阳东南的长江北岸），形成掎角之势。杨秋本是东晋武都太守，原先乃居住在甘肃陇南的一位氐族首领，他手下的氐族精兵战斗力很强，是朝廷西府兵的主力。但司马尚之也不想想，这种外族雇佣军对司马王朝是没有什么忠诚可言的。杨秋见桓玄势大，还没开战就投降了。桓玄又派兵切断了历阳与洞浦之间的道路，纵火烧毁了西府兵的战船。坏消息一个一个传来，司马尚之的部队军心浮动，随即自行溃散，司马尚之本人也跳水逃亡而被桓玄军擒获。司马休之出城迎战，想要救回哥哥，却也惨败，只得弃城而逃。
注1：《永乐大典》引《建康志》：“太子湖一名西池。在城北六里。周廻十里。吴宣明太子（孙登）创西池。晋元帝即位。明帝为太子修西池。多养武士于内。筑土为基。时人呼为太子西池。”
