公元402年，荆州门阀大佬桓玄决定篡取东晋皇权，他领军从长江顺流而下，直驱建康。大战在即，东晋北府军统帅刘牢之却突然投降了。消息传到西池，司马元显顿时明白自己完蛋了，赶紧弃船逃回建康城，将军队驻扎在国子学。桓玄大军遂进据新亭。新亭乃晋宋时“京师三亭”之一（刘宋山谦之《丹阳记》），位于今江苏南京市南雨花台区软件大道一带，“南去城十二里，有岗突然起于丘墟垅堑中，其势回环险阻，意古之为壁垒者”（南宋史正志《新亭记》）。这里西临大江，东吴时是饯送、迎宾、宴集之所，但东晋以后，它的作用发生了性质的变化，因其位居“兵冲”（齐高帝萧道成语），成为了国都建康的西南要塞，凡上流举兵下都，必经新亭。当年桓玄之父桓温进京夺权，行废立之事，亦是“止新亭，大陈兵卫”。三十年过去了，三十载春秋轮回，恍如一梦，看来今日，历史就要重演了。
三月三日，司马元显欲作最后一搏，遂集合所有军队，列阵于宣阳门（建康台城正南门）外。但此时中央军军心已乱，还没见到桓玄部队，就出现传言说桓玄已经到南桁了。所谓南桁，又称朱雀桁，桁又称航，即是浮桥之意。刘禹锡诗“朱雀桥边野草花，乌衣巷口夕阳斜，旧时王谢堂前燕，飞入寻常百姓家”中说的就是内秦淮河上的这座浮桥朱雀桥。从朱雀桥向北穿过秦淮河，再过朱雀门，就是王谢等门阀高官居住的乌衣巷以及他们每天上朝的御道，过了御道再进入宣阳门，就是百官衙署与建康宫城了。
总之，桓玄已经要来了，大家快跑吧！司马元显看到大家都想跑，自己也不由想跑回宫城了。就在这时，桓玄的一支先遣部队到了，他们拔出刀来大喊一声：“放仗（放下武器）！”然后中央军就彻底崩溃了，大家四散逃命。司马元显刚回过神来，就发现自己变成了光杆司令，身边只剩了张法顺一个人跟着他狼狈逃回东府（注1），向父亲司马道子问计。司马道子还能有什么办法呢？父子俩只能抱头痛哭。不久，司马道子的僚属、太傅从事中郎毛泰带着人闯进东府，逮捕司马元显，押解到新亭交给桓玄。桓玄把他绑在大船船头，一条条列举他的罪状，司马元显垂头丧气，只是傻傻自语：“为王诞、张法顺所误耳。”
不可一世的会稽王父子，竟然不到一天就完蛋了。朝中众臣顿时明白这大晋要变天了，于是赶紧让安帝派侍中去慰劳桓玄，迎接他入宫主政。三月四日，桓玄得意洋洋进入宫城，宣布解除戒严，并废除“元兴”年号，恢复旧年号为隆安六年。
紧接着，朝廷又下诏，给桓玄一党加官进爵。任命桓玄统领文武百官，都督中外诸军事、丞相（数日后又改称太尉，以更好的掌控诸军兵权）、录尚书事、扬州牧，兼任徐、荆、江三州刺史，假黄钺。不久，桓玄又任命桓伟为荆州刺史，桓谦为尚书左仆射，桓修为徐、兖二州刺史，桓石生为江州刺史，桓玄手下第一谋士长史卞范之也被任命为丹杨尹（丹杨为京师建康所在郡）。其中徐州刺史一职因管辖京口、广陵等北府重镇，所以一直由司马道子、司马元显兼任，如今桓玄却交给堂兄桓修，其政治意味相当明显，胡三省注《通鉴》因而曰：“且将夺刘牢之之兵，故领徐州以制之。”
除了这几个自家人，桓玄对于朝廷的高门甲族们自然也要有所拉拢。桓玄刚刚举兵时，琅琊王氏的侍中王谧（就是刘裕微时曾帮他还赌债的那位贵公子）曾作为皇帝特使到荆州，劝说桓玄不要兴兵，私下里却代表琅琊王氏与桓玄达成了合作协议（注2）。因此，桓玄对王谧“深敬昵焉”，一入京就任命他为中书令，不久又提拔他为中书监，执掌中书省。
另外，桓玄进京后，新安太守殷仲文（殷仲堪堂弟、桓玄姐夫）也放弃了自己的辖郡，跑去建康投靠桓玄，并代表陈郡殷氏与桓玄达成和解，桓玄遂与其化解仇怨，任命为殷仲文为自己的咨议参军，引为心腹。此外，渤海刁氏的广州刺史刁逵以及曾被桓玄俘虏的太原王氏王愉也都向桓玄表示了效忠（此二人原先都是司马道子的党羽）。刁逵被任命为豫州刺史，接替司马尚之，坐镇西府历阳；王愉则被任命为会稽内史，助桓玄收拾三吴残局。刁逵就是逼刘裕还赌债的那位“京口之蠹”，其实他哥刁畅这几年一直在荆州发展，先为始安（今广西桂林）相，后为桓玄司马，并为桓玄督八郡、镇守襄阳。可见渤海刁氏一直都在两面下注，如今桓玄得势就彻底倒向了他。
门阀政治的核心就是贵族共和，各大高门一面联合压制皇权，一面也互相牵制，从而得以共同举着晋王朝的旗子轮流执政。然而经过一百多年特权政治的异化，士族的腐朽程度普遍增加。特别是淝水之战后，东晋外部威胁暂时解除，士族内部之自我封闭、缺乏竞争的情况遂加重，人才也就越来越感匮乏。另外田余庆还指出，由于南渡士族往往是在若干家士族的极小范围内通婚（司马皇室也是如此），尽管为了扩大通婚面而不拘行辈，“不讳庶孽”，也不可免于出现生理学上人才退化的趋势（注3）。东晋末年的政局中，各家士族都不再见到如前出现过的人才，这显示门阀政治的全盛时期己经过去（注4）。偏偏东晋门阀政治本身的维持，就必须依靠高情商的政治人才如王导、谢安之辈运用手腕来平衡各方关系，如今再无这种人才，另外又由于藩镇内斗与天师道起义，荆州愈强而扬州愈弱，门阀之间的势力均衡已被完全打破，各大士族为门户私计，也只有抛弃更加腐化堕落却又妄想伸张皇权的司马氏，去投靠一支独大的高门魁首桓氏，并对其寄托以保护高级士族利益、并挽救统治危机之希望了。
事实上，桓氏一门虽然是得到荆州寒门、武将支持的改革派贵族（比如桓温当年的“庚戌土断”以及《七项事宜疏》等），但桓玄并没有继承桓温的作风，而是倒向了高门甲族一边，他在入主建康后，虽然也主导了一些改革，但那些有益于国家百姓的改革，并没有能够切实执行下去（注5），而真正贯彻下去的，只有维护门阀贵族既得利益的改革。比如，桓玄主政后，“置学官，教授二品子弟数百人”。此前东晋的国子学，虽然也“选公卿二千石子弟（入学）”，但二千石子弟不仅包括门地二品（资品为二品）的高级士族子弟，也包括凭借军功上位的浊官子弟（甚至包括刘道怜等关系户），从而降低了国子学的“格调”，以致“品课无章，士君子耻与其列”（《宋书·礼志》）。如今桓玄便开除掉这些浊官子弟，严格区分士庶，并多置学官加意培养门地二品的“冠族华胄”，此举让他得到了很多高门士族的“尽心伏事”。
于是，凭借着高门士族的支持，桓玄开始对司马道子父子一党开刀。三月五日，司马元显及其子东海王司马彦璋、谯王司马尚之、庐江太守张法顺、太傅参军荀逊、吏部郎袁遵、以及庾楷父子、毛泰兄弟都被斩首于市。可怜的墙头草毛泰主动向老上司下手，居然也没能保住性命。司马元显的长史王诞虽然也是该党的核心成员（注6），但由于他出身高贵的琅琊王氏，所以桓玄放了他一马，将他流放广州。
从被杀的这个名单也可以看出，司马道子父子的用人态度大体是重用寒门（及宗室）、抑制士族的（注7）；所以桓玄取而代之后，便“黜凡佞（寒门），擢俊贤（士族），君子之道粗备，京师欣然”（《晋书·桓玄传》），从而进一步得到了高门士族的支持。名士羊孚还因此大拍桓玄马屁说：“明公启晨光于积晦，澄百流以一源。”（《世说新语·文学》）
作为当今皇帝的叔父，会稽王司马道子得到免死，被流放安成郡（今江西安福县东南），但短短九个月后就被桓玄派人偷偷毒杀。另外司马尚之的弟弟丹阳尹司马恢之、广晋伯司马允之也在流放途中被桓玄暗害。至此，东晋的一流士族颍川庾氏与司马皇族也在激烈的门阀斗争中也遭到了严重削弱。
注1：东晋、南朝时宰相兼领扬州刺史的治所。李善注引山谦之《丹阳记》:“东府城，西则简文会稽王时第，东则孝文王道子府。道子领扬州，仍住先舍，故俗称东府。”据说这东府乃司马道子手下心腹赵牙所建，“筑山穿池，列树竹木，功用巨万”。晋武帝曾批评过东府，觉得他“修饰太过，非示天下以俭”（《晋书·司马道子传》）。
注2：桓玄之父桓温掌东晋大权时，曾辟举、拔擢了不少琅琊王氏子弟，如王谧的堂兄尚书令王珣等。再加上婚姻关系，如桓冲娶王谧叔父王恬（见《世说新语·贤媛》第二四条）；桓玄姐嫁王谧族侄王敬弘（见《宋书·王敬弘传》）等。所以琅琊王氏等高门多给桓玄支持。参阅祝总斌：《门阀时代：魏晋南北朝的政治与制度》，北京大学出版社，2023年，第45页。
注3：北朝士族化则比东晋南朝晚，且通婚圈子更大，遗传基因受限更小，因还可与鲜卑、高车等胡人权贵联姻。而南朝侨姓高门不仅不与寒门通婚，甚至不与吴姓士族通婚。周一良统计侨旧相婚，南朝百余年才仅六例。参看周一良：《魏晋南北朝史论集》，北京大学出版社，2010年，第67页。
注4：田余庆：《东晋门阀政治》，北京大学出版社，2012年，第253页。
注5：《宋书·武帝纪》：“晋自中兴以来，治纲大弛，权门并兼，强弱相凌，百姓流离，不得保其产业。桓玄颇欲厘改，竟不能行。”关键桓玄打击门阀的措施，有些没头脑。比如，桓玄执政后曾提出“废钱用谷、帛”，想要借此打击门阀势力。因为东晋实施“不铸钱政策”，市场上用的只有少量的古钱，且大多集中在士族门阀手中。这样随着自然消耗的增多，剩下来的古币无疑会成倍地提升购买力。这是一种促使货币快速升值的手段，它的获利速度甚至要高于政府铸钱所产生的铸币税。所以如果政府突然宣布废掉钱币，这将大大打击门阀的势力。但很显然，这种倒退性的经济政策比东晋的“不铸钱政策”更不靠谱，所以朝议大多反对，最终“玄议不行”。参看朱安祥：《魏晋南北朝货币研究》，中华书局，2021年，第149-151页。
注6：《晋书·王诞传》：“（王）诞结事（司马）元显嬖人张法顺，故为元显所宠。元显纳妾，诞为之亲迎。”
注7：除了宗室之外，张法顺、荀逊、袁遵、毛泰、毛邃等人大多出自寒门，故桓玄起事时声讨檄文中亦有斥责司马道子用人之失云：“今之贵要腹心，有时流清望者谁乎？岂可云无佳胜，直是不能信之耳。”（《晋书·司马道子传》）司马元显固然对刘牢之等寒门武将不够尊重，但给权给地位，给的都是实际的好处；可刘牢之却轻易背叛他而投靠了真正看不起寒门的桓玄，足见其政治之幼稚。
