公元402年，荆州门阀大佬桓玄决定篡取东晋皇权，他领军从长江顺流而下，直驱建康。大战在即，东晋北府军统帅刘牢之却突然投降了。桓玄遂入主建康自为丞相，开始大权独揽，并清洗异己。而与此同时，北府军统帅刘牢之也接到了桓玄给他的新任命：解除军职，调任会稽内史。
会稽是东晋第一大郡，会稽内史这个职务，也一直是王谢等高门甲族的肥差，刘牢之若是个普通将领，得到这个职务应该很高兴。但刘牢之原先可是都督兖、青、冀、幽、并、徐、扬州之晋陵军事，如此强大的兵权桓玄说夺就夺，这可就太不厚道了，要知道此时离双方结盟才不过五六天而已，桓玄这过河拆桥卸磨杀驴的也太快了，刘牢之顿时感觉毛骨悚然，不由大呼：“始尔，便夺我兵，祸其至矣！”
在桓玄身边担任咨议参军的刘敬宣也明白事情坏了，遂向桓玄提出愿意回去做老父亲的工作，劝说他赶快交出兵权上任。没想到桓玄还真同意了，看来这位桓丞相现在是志得意满，压根看不起刘牢之父子，就不信这俩兵哥能掀起啥风浪来。
刘敬宣逃出生天，第一件事就是建议刘牢之赶紧举兵袭击桓玄，不要坐以待毙。但刘牢之也明白，自己这些年反反复复的换老板，手下的兄弟们估计心里会有意见哪！为今之计，还是要先跟老兄弟们通通气才行！
于是，刘牢之找到自己的头号大将，北府兵新生代将星刘裕，问他说：“今当北就高雅之于广陵，举兵以匡社稷，卿能从我去乎？”刘牢之的女婿高雅之就是广陵相，当时正驻扎在建康上游的江北。
刘裕当然明白刘牢之的无奈与凄苦，对此，刘裕万分同情，但事已至此，刘牢之是不可能赢的，跟着他只会下场悲惨，这个时候需要理智，不能意气用事啊。
于是刘裕冷静给刘牢之分析道：“将军以劲卒数万，望风降服，彼（指桓玄）新得志，威震天下，朝野人情皆已去矣，广陵岂可得至邪！裕当反服（脱下军服）还京口耳。”
刘裕说的没错。想当年淝水之战，刘牢之面对洛涧对岸五万前秦大军，带着五千人就敢渡河强攻，杀敌万余，气壮山河，后来还在邺城一度击败过当鲜卑战神慕容垂，从而奠定了自己北府老大哥的地位，但如今你有劲卒数万，却望风降服于区区桓玄，颓成这个样子，还指望着将士们跟着你为你卖命，你觉得可能么？
刘牢之当然也明白自己这次丢人丢大发了，但他已经没有选择，桓玄已经翻脸就不会停手，自己只能殊死一搏，于是他又找到自己的外甥何无忌，希望何无忌能帮他。何无忌不知道该怎么办，遂问计于刘裕。面对好友，刘裕跟他说出了真心话：“吾观镇北必不免（刘牢之为镇北将军），卿可随我还京口。桓玄若守臣节，当与卿事之；不然，当与卿图之。”
桓玄如果以为搞定一个刘牢之，就能搞定整支北府兵，那他可就太天真了。刘裕一定会让他付出代价。
话已至此，何无忌终于明白了刘裕的大志，这才是真正干大事的人呐！犹疑失策、进退失据、朝秦暮楚、威望尽失的刘牢之已非可以效死之辈，以后兄弟我就跟着你裕哥混了！于是，何无忌跟随刘裕一同辞去了军职，返回京口老家，蛰伏下来，韬光养晦，静观时变，以图后举。
虽然没有得到刘裕与何无忌的支持，但刘牢之还是抱着希望召集全体下属开了一场军事会议，商议北府军据守江北讨伐桓玄之事。不出所料，大家基本都表示反对。刘牢之最大的问题，就是反复无常，因为主导他行为的永远是现实利益，而不是对历史变局的清醒认识，这就造成他在门阀与皇权之间反复横跳，让别人对他完全无所适从。其参军刘袭更是直接指出：“事之不可者莫大于反。将军往年反王兖州（即王恭），近日反司马郎君，今复反桓公；一人三反，何以自立！”说完，竟头也不回，扬长而去。刘袭可是早在淝水之战就追随刘牢之的北府老将，他都这么表态了，其他将帅僚佐于是也大多离席散走。
无论是当年的郗鉴还是谢玄，都是招募流民帅打造了北府军，而每个流民帅都有自己的私兵部曲（住1），所以北府军本质上是一个松散的流民帅联盟。每任北府军统帅都是靠个人声望来招揽、驾驭、维系北府众将，如果他的声望崩溃了，这个联盟自然也就崩散了。
事已至此，刘牢之只好带着自己的直属部曲去广陵找高雅之，至少这女婿应该会支持自己的。于是，刘牢之先让儿子刘敬宣潜回京口接走家属，但过了约定的日期，他们还没有来。刘牢之以为谋反的事情已泄，自己的家人都被桓玄杀掉了，于是独自北奔，但一路仍等不到刘敬宣跟上来，于是越奔越绝望，到达新洲的时候，刘牢之终于精神崩溃，用一根绳子结束了自己轰轰烈烈而稀里糊涂的一生。刘敬宣带着家人迟迟赶到，发现老父已上吊自杀，他连哭丧都来不及，就匆匆忙忙渡过长江，逃亡广陵投奔高雅之了。刘牢之的部曲将吏一部分追随刘敬宣北奔，另一部分则凑钱买了棺木，将他的灵柩送回丹徒安葬。
桓玄听说刘牢之已死，大喜，下令将其剖棺斩首，然后陈列在京口示众，以此震慑全体北府将士。
桓玄这就错了，刘牢之虽然众叛亲离，但毕竟是北府兵三十年的老大哥，而且人死为大，再怎么也不该遭受如此凌辱。从淝水之战到平定天师道，整个大晋王朝都是靠北府军护着才存活下来的，你桓玄一朝得势却这么欺负人，哼，难道我们北府是吓大的吗？
另外一边，刘敬宣逃到高雅之处，二人知道凭现有力量根本无法抵挡桓玄，于是又北逃到洛阳，向后秦求援，欲借兵共伐桓玄。后秦方败于北魏拓跋鲜卑（父为鲜卑、母为匈奴的部族），元气大伤，对讨伐桓玄之事并不热心，于是让他们西行在关东募兵。刘敬宣等人收得数千流民，又返回彭城郡就收集义旧，以抗桓玄。
注1：如所周知，魏晋南北朝时军队私有化倾向非常严重，东晋流民帅一般本为地方豪强，本有家丁宗人，并招募乡里故旧，拉起一支部队。
