日本是一个四面被海洋所环绕的岛国。中国距离日本最近的城市上海距离日本大约690公里，韩国距离日本最近的地方也有51.40公里的直线距离。这样一个与周边邻国均存在一定距离的岛国在古代的航海技术条件下是相对比较封闭的。即使是横扫亚欧大陆的蒙古帝国也在日本折戟沉沙，所以在漫长的古代历史岁月中日本得以始终保持本民族的文化特色。如今日本依然被视为是一个民族结构相对单一的国家。

不过这种民族结构的单一性也只是相对而言的：日本的主体民族是占其总人口98%以上的和族。这也就意味着日本还有2%左右的少数民族。中国的民族分布呈现大杂居小聚居的特点：在全国范围内汉族与少数民族是混合杂居的，但在新疆、西藏等边疆地区则呈现出少数民族聚居的特点。日本很少有这种少数民族聚居的现象，也就是说日本的少数民族大多是与和族混居的，久而久之在风俗习惯上就逐渐被和族同化。

日本和族自称是天照大神的子孙。日本皇室号称“万世一系”。传说天照大神之子琼琼杵尊娶了一位山神的女儿生下儿子，而他的儿子又娶了海神的女儿生下日本第一代天皇神武天皇。相传在公元前2600年2月11日神武天皇东征统一日本列岛。日本史籍中对这一事件评价道：“兼六合以开都，掩八纮而为宇”。这当然只是一个神话传说，但日本人却始终视八纮一宇兼并天下为奋斗目标。2月11日也被作为日本的建国纪念日。

日本人出于民族主义愿意相信这个传说是他们的事，但我们不能用这个传说来解释日本民族的真实起源。说起日本和族的来历很多人可能想到徐福东渡的故事。相传秦朝方士徐福从公元前219年起奉秦始皇之命率童男童女各五百名携带稻种、药物、随从和技艺百工渡海东去。可接连两次东渡行动均无功而返。公元前210年徐福第三次出海求不死之药，然而他这次离开后就再也没回来。

徐福东渡这个故事最早见于《史记》、《海内十州记》等古籍的记载，但这些记载徐福东渡的第一手资料中都没提及徐福到了日本列岛。秦汉时期的古籍都只是说徐福第三次东渡后不知所踪。徐福的去向从此众说纷纭：有的说他去了台湾岛，有的说他去了琉球群岛，有的说他去了菲律宾群岛......关于徐福东渡抵达日本的说法最早是由五代后周时期开元寺和尚义楚首次提出。这时距离徐福东渡已过去一千多年。

中国古籍其实还记载了一个比徐福东渡更古老的传说——吴太伯东渡说。相传商朝末年西岐周部落的首领古公亶父有三个儿子：太伯（也称泰伯）、虞仲和季历。古公亶父在位时非常喜欢孙子姬昌，所以想让姬昌以后能继承王位。姬昌的父亲是古公亶父的三儿子季历，可周人的传统却是由长子继承家业。太伯、虞仲明白古公亶父的心思就打算让位给季历。太伯、虞仲两兄弟一番商量后就跑到南方夷蛮之地去了。

相传太伯、虞仲两兄弟逃到江东建立了吴国。到了春秋时期吴国被越王勾践所灭后一部分吴太伯的后人东渡大海来到日本列岛生息繁衍。如今日本的福江岛到平户岛之间的大小岛屿上尚留存有吴人东渡的许多遗迹和传说。这说明日本列岛与大陆的联系其实早在徐福东渡以前就已存在。其实日本境内目前最早的考古遗存可以追溯到3万多年前。那时还压根没秦始皇和徐福什么事，所以说日本人都是徐福带去的童男童女的后代这种说法是不靠谱。

不管是吴太伯东渡还是徐福东渡两这个故事反映的是当时中日之间的联系。从现代考古学的发现可以推断出至少在距今3万多年前已有人类开始在如今这块被称为“日本”的土地上生息繁衍，不过当时的日本还并不是孤悬海外的岛屿。那时日本通过海岸线边缘的低地与亚洲大陆相连，于是一批又一批远古时代的猎人就追逐着猎物来到了这里。大约在1万年前左右地壳运动海平面上升导致现在的日本列岛从亚洲大陆分离出去。

日本就这样成为了孤悬海外的列岛。在当时的条件下已在岛上生息繁衍的居民们要渡过大海返回大陆几乎是不可能的，所以从北海道到九州的日本列岛社会在一万年前就基本走上了独自发展的道路。日本列岛上这些最早的居民究竟从何而来呢？这个问题时至今日依然存在各种各样的说法，始终没能形成能令所有人信服的统一标准答案。目前唯一所能确定的是：日本民族最早的祖先必然是来自亚洲大陆。

可日本人的祖先究竟是亚洲大陆上的哪支民族呢？目前考古学界一般倾向于认为：日本民族的祖先并非来自亚洲大陆的某个单一民族，而是由来自中国淮河下游及长江下游地区的汉族移民与来自西伯利亚及中国东北的通古斯人、南洋群岛的马来人、中南半岛的印支人、古代朝鲜人等多个族群融合形成。这些来自亚洲大陆的移民并非一股脑涌入日本的，而是一波接一波涌入日本的。

当后来者到达时先进入日本的移民们已开始形成了自己一定的民族文化。距今大约1万年前日本的第一个文明时期“绳文文化”出现，因为这个时期出土的陶罐上有绳纹而得名。所谓的绳文文化其实就是新石器时代原始人狩猎、采集的时期。绳文时代始于公元前12000年，于公元前300年正式结束。这一时期日本列岛上的各部族由旧石器时代进入新石器时代。绳文时代的人种身材粗壮矮小、长着一张大饼脸。

他们被认为是如今北海道的土著居民阿依努人的祖先。纯粹的阿依努人带有典型的印欧人种特点：毛发卷曲、皮肤很白、眼睛发蓝。公元前300-公元250年日本由绳文时代进入弥生时代，也正是在弥生时代日本的人种发生了很大的变化：大量身材较高、面部白净修长的人种出现了。他们跟亚洲大陆的中国人和朝鲜人比较相似。这与具有典型的欧洲人种特征的阿依努人形成了鲜明对照，而这些新出现的人种就被视为是如今日本和族的祖先。

当和族的祖先进入日本时阿依努人已广泛分布于日本群岛各地以及周边的库页岛、千岛群岛、勘察加半岛以及中国东北、俄国远东等地，但阿依努人就像美洲印第安人面对白人移民一样被后来迁入日本群岛的和族逐渐排挤。在17至18世纪阿伊努族大部分被消灭或同化，如今剩下的两万多阿伊努人大部分移住在北海道岛中部和北部的日高、旭川、钏路等地，少数远移库页岛和千岛群岛一带，也有一部分散居在本州的一些地方。

征服了阿伊努原住民的和族又是从何而来呢？他们是如何取代阿伊努族成为如今日本的主体民族呢？1979年日本大阪教育大学人类学名誉教授鸟越宪三郎最早发表新说“日本人的发源地在中国云南省”。此后日本学者们的推论又由“倭人起源于云南”进一步演绎为“倭人的祖先为云南的少数民族”。其范围与核心基本圈定为彝族、哈尼族、傣族等多种说法。不过更多考古学家还是认为日本和族是一个各族混合的“杂种”民族。

周朝文献《海内北经》明确记有：“盖国在钜燕南，倭北。倭属燕”。《山海经》其它篇章则记述着中国人多次向东海诸岛屿迁徙的事迹。曾有现代学者根据《东山经》复原古代中原先民向东海岛屿迁徙的路线图：大黑山岛-济州岛-福江岛-下甑岛-鹿儿岛-琉球群岛。目前考古学界大致确定日本如今的主体民族大和族的祖先早在公元前的某个时间就开始了向日本的持续且不断增长的移民迁徙。

这些移民有来自西伯利亚及中国东北的通古斯人、中国云南地区的少数民族、南洋群岛的马来人、中南半岛的印支人、长江下游的吴越人、中国北方汉人、古朝鲜人......这些移民大抵是黄皮肤的蒙古人种，也有少部分的高加索人和矮黑人，所以如今日本总体上黄种人的基因呈显性。这些民族的语言分别属于乌拉尔-阿尔泰语系、汉藏语系、南亚语系。这可能也是如今日语同时兼具多种语系特征的原因。