清军攻克太原后，大举南下，以破竹之势横劈晋东南，驻守长治的大顺将领、平南伯刘忠畏惧清军，竟然不战而仓惶撤走，经泽州逃往河南，使清军不费一兵一卒便轻取长治。1644年（崇祯17年）11月间，清军击败大顺长治守将、权将军田见秀，攻占平阳。至此，山西全境几乎全都被清军占据，李自成固守山西以为关中屏障的战略计划也随之化为泡影。

占领山西后，清军又大举捣入中原，很快便击溃了士气不振的大顺守军，攻占了河南等地，不久便开始向李自成老巢陕西发起进攻。为了集中力量摧垮李自成势力，清廷把原先准备进攻南明小朝廷的精锐清军抽调北返，全力对付大顺政权。

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此时的李自成，已经不再是当初那个气度恢廓、“气吞万里如虎”的大顺领袖了，他的性情随着战事不利、原先归附自己的明降官降将此时又纷纷背叛他转投清军而为之大变， 对部下变得猜疑不信任起来，开始多疑猜忌 、戾狠嗜杀。这段时期内因小过或“莫须有” 的罪名被李自成杀害的有兵政府尚书张第元、刑政府尚书张始然、户政府侍郎李天笃等。就连他最宠信的吏政府尚书宋企郊也因为遭人陷害而差点被他戕害......从此，大顺官员人人自危，叛降清廷事件屡有发生。

面对猜忌好杀的李自成，高级官员尚且朝不保夕，低级官员更是动辄得咎，常因小小过失而被处以极刑，用刑全凭李自成心情——“民有盗人一鸡者论死，惴惴莫敢犯法”，这样的事情在大顺军进京之前非常罕见。

李自成轻罪重判，甚至刑杀过甚，似乎是想用高压来震慑、控制部下，以防止部下背叛自己。实际上这种做法恰恰与李的初衷背道而驰，不少大顺文武官员特别是归顺者担心自己遭遇不测而想方设法逃离。其中，大顺丞相牛金星为避祸而逃跑就是如此。据记载，牛金星逃走后藏匿乡间（一说归降清廷），后竟得以善终。

唐通的反叛对李自成造成了很大的刺激。唐通原本是明朝居庸关守将，李自成率军进军北京时献关投降大顺，很受自成信任、重用，曾奉命率部赴山海关接替吴三桂防务。李自成在山海关一片石遭吴三桂和清军两面夹击大败失利后，唐通也随之西走，并遵命驻守河曲、保德（今山西朔州） 沿黄河一线，协助大顺名将李过防守。

在清军步步紧逼的情况下，担心兵败遭李自成清算唐通忽然率部哗变，又投降了清军，旋即配合清军向李过部发起猛攻，打死打伤不少大顺将士，使河曲、保德等沿河重地全部沦陷。

随后唐通率部为清军前导，与大顺军作战时凶狠顽梗 、颇出死力。唐通甚至还率军直捣李自成的家乡陕北米脂一带，大肆搜捕、杀戮大顺将士的亲族眷属，还带人发掘了李自成的祖坟 。后来虽然被李过率军击走，但保德、河曲的丢失，却严重扰乱了大顺军的防务，给盘踞西安的大顺政权造成极大危害。唐通叛降事件给李自成造成重大打击，也使他对一些明军降将更不放心了。

平定山西、河南等地后，满清英亲王阿济格率领八旗主力以及吴三桂、尚可喜等部向陕西挺进，准备从内蒙绕道陕北， 再从陕北大举南下，一举攻克西安，彻底摧毁李氏大顺政权。

吴三桂、尚可喜充任先锋，经宣府、大同等地攻掠陕北，沿途又收编了大量散兵游勇和大顺溃卒，总兵力迅速扩至8万余人。原来打算进攻南明的豫亲王多铎也奉命暂时停止用兵计划，转而率大军北归，配合阿济格夹击李自成，旋即也向陕西狂飙突进、杀奔而至。当初明军驻皮岛岛帅毛文龙因不服调遣而被蓟辽总督袁崇焕擒斩后，其部将孔有德、尚可喜、耿仲明等纷纷降清，并得到清廷重用，率部与明军鏖战，并得以封侯赐爵。这次，降将孔有德、耿仲明为多铎部前锋，进军速度极快，很快逼近战略要地潼关。如此一来，定都西安的大顺政权就处于清军南北两路夹攻之中，形势非常不利于自成。

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坐镇西安的李自成得知北路清军正大举攻击陕北，决定集中力量加强防务，务必守住陕北。当年12月间，李自成亲率大顺军主力进援陕北。此时，驻守陕北的是自成侄子“一只虎”李过和内弟高一功部。李自成率军抵达洛川后又得到消息，说满清豫亲王多铎率领南线清军正逼近潼关要隘。潼关是西安门户， 若失守后果不堪设想。李自成闻讯大为震惊，在洛川踌躇不前，进退两难，想等候事态的进一步发展，再决定下一步朝哪个方向用兵的策略 。

就这样，李自成大军在洛川滞留了10天，情况逐渐明朗，潼关局势显然最为危急、紧迫。因此，李自成便因敌而变，改变了增援陕北的计划，统兵掉头昼夜兼程向潼关奔去。从当时的事态全局来看，李自成的决策无疑是正确的。因为潼关是西安的门户，只要守住潼关，西安岌岌可危的局面就可改观。 只是劳师远征，来回奔波，耽搁了许多时日，因而造成了极大的军事被动。

潼关对李自成来说可谓刻骨铭心。他曾经在此和明军两次血战，第一次潼关南原之战被孙传庭设伏击溃，几乎全军覆没，他仅率18残骑溃围而逃，蹿入商洛深山中苟延残喘。第二次潼关之战李自成施计破关，孙传庭兵败南逃，李自成率众紧追不舍，明军大溃，名将孙传庭死于乱军中，李自成报了一箭之仇，还得以发展壮大，从此势不可挡。这即将展开的第三次潼关之战，对手由明军变为更剽悍善战的满汉联军，鹿死谁手，尚难预料。

关于这场恶战的大致经过，《清实录》、《绥寇纪略》均有记载。1644年12月22日，清军在距离潼关约20里处扎下营盘，但并未发起进攻，而是等待红衣大炮的到来。

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12月29日，顺、清潼关之战正式打响。权将军刘宗敏率大顺军开关出战，清军列队迎击，骑兵侧攻，击败大顺军，刘宗敏失利后率军退回关内。此时正值新年，家家户户都在忙于过节，大顺、满清两大敌对势力却正在潼关进行着一场生死大决战。

刘宗敏败回潼关后，稍事休整，到次年（1645）正月初四日，由骁将刘芳亮再次率大顺军精锐开关出击。依照李自成的战前部署，要尽快把气势汹汹的清军挫败、击退，然后大军回师北上，增援正遭阿济格、吴三桂等围攻的陕北，因此李自成一到潼关顾不得过年、也未歇息立即主动发起进攻。

但是，刘芳亮这次主动出击也如同刘宗敏一样，先遭到清军箭雨的覆盖，接着清军步骑发起猛烈反击 ， 刘芳亮部被杀得人仰马翻，血肉横飞，接着又被清军骑兵横冲直撞，往来掩杀，大顺军损失惨重，尸横遍野，芳亮不得不领残部退回关内。

李自成看到大顺两员猛将均被清军杀败，又气又急，遂“亲率马步军拒战”，一副破釜沉舟、志在必得的架势。但清军早有防备，豫亲王多铎“随调镶黄、正蓝、正白三部旗兵，协力并进”。在清军步骑的猛攻下，大顺军步兵首先抵挡不住，率先溃败，失去了步兵的协助，大顺骑兵也失去了锋芒，被清军击倒一大片，最后不得不随步兵溃卒一道退回关内。

正月初五、初六两天，李自成依旧连续督军发动进攻，但在清军的有力反击下，损兵折将，连遭挫败。 初九日，清军的红衣大炮运至潼关下，开始架炮对潼关口进行猛烈轰击。在明清之交时，这种产自西洋（荷兰）的火炮威力巨大，堪称攻城利器。面对清军的优势火力，李自成督率将士“凿重壕，立坚壁”，进行顽强抵抗。从大年初九开始，双方一连激战3日，损失均很惨重，城头上、关墙下尸山血海，倍极惨烈。

一直激战至正月12日，清军依仗猛烈的火炮优势，终于炸塌一段城墙，攻入潼关。李自成力战不支，率大顺主力余部仓惶撤离潼关，退守西安。

潼关守将马侍尧见大势已去，率7000大顺军投降清军。据史料记载，马侍尧降清并非真降，而是诈降，目的是寻机东山再起，但他写给李自成的密信不幸被清军巡逻兵截获，豫亲王多铎旋即下令将马侍尧及7000伪降将士缴械并屠杀殆尽。

潼关沦陷，大势已去：史载，就在李自成率军与清军血战通关时，北路清军在阿济格的率领下也在长驱南下。彼时，李过、高一功仍然率军顽强地抵抗清军，固守榆林、延安等陕北枢要。阿济格不愿与大顺军缠斗，他仅留少量部队继续围攻榆林、延安，与大顺守军周旋，自己统率主力绕过陕北各重镇南进，衔枚疾进，直趋西安。

这给李自成造成极大威胁，一度使他进退失据。潼关地势险要，本来易守难攻，只要坚守不战便可退敌，李自成却一次次急不可耐地主动出关迎击，使大顺军有生力量遭到极大的损失。潼关失守后，李自成放才意识到，关中丢失已成定局，只是早晚的事。他正月13 狼狈回到西安后，立即决定放弃西安，经蓝田、商洛向豫、鄂两省交界地区撤退。从当时的情势而言，这是大顺政权的唯一退路。

彼时四川已被张献忠大西政权控制，因之前两军已经发生摩擦，合作是不可能的，南下四川之路行不通。而向西北方向撤退就会到甘肃、宁夏一带，那边荒寂苦寒，人烟稀少，筹集粮饷异常困难，基本供不起数十万大军吃喝拉撒。而湖北、河南交界处依然处于大顺势力的控制之下，群众基础好，若撤往甘肃、宁夏势必造成和大后方的联系中断。所以，向豫、鄂交界地区撤退是李自成的唯一选择。

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