孙传庭大败于河南汝州后，和部将高杰率残兵败将仓惶渡过黄河，经山西绕道至陕西潼关，试图固守潼关，以阻抗李自成杀回关中。李自成农民军在汝州取得大捷后，趁势攻取中原诸州县，接着就向潼关席卷而来。
对明朝军队来说，孙传庭惨败于汝州就像一场豪赌一样，已经将赌资输了个精光，甚至输掉了老本。孙传庭亲手打造的秦军，是明廷用来对付农民军的最后一支精锐之师，这支王牌军的大败意味着明王朝的丧钟已经隐隐敲响。
孙传庭文韬武略都具备，很善于带兵，能因敌而变，屡破强敌，屡建奇功，令农军畏惧，奈何崇祯帝喜欢越级指挥，无端干预前线将帅，全不顾战场形势瞬息万变，至有此败 ......孙传庭部的精锐在汝州丧失殆尽，他不得不收拾败将溃卒退守潼关。李自成在汝州击溃孙传庭后，横扫中原，接着便按自己的既定作战方针，立刻挥师向潼关进发。
明军（陕军，秦军）在河南新败，死伤甚多，士气沮丧，萎靡不振。高杰建议传庭，贼势很大，不如放弃潼关，集中兵力固守西安。据记载，高杰对孙传庭说：
“三军父母妻子俱在西安，今战败思归，而强之守关，此委道也。不如弃关专守西安，凭坚城，以人自为战”。
不料传庭一听便暴跳如雷，破口大骂高杰道：
“若贼已进关，则西安靡费，秦人（陕西人）尚为我用乎”？
拒绝采纳高杰之策。于是，孙传庭就督率高杰、白广恩等将领竭力鞭策、激励将士，决心死守潼关，与李自成决一死战。
李自成挥军西进时，命“一只虎”李过作前锋，率领一彪骁骑轻装疾进，首先逼近潼关，他自己则与权将军刘宗明等率数十万主力尾随而至。同时，李自成命悍将袁宗第、刘体纯等率十余万精兵为偏师，从南阳经内乡、淅川入陕直攻商州，从另一条道攻入陕西。最终两路会师合围西安，一举攻拔之。
李过是自成侄儿，也是农军中一员虎将。他率前锋骑兵狂飙突进，以雷霆之势一举攻克了临近潼关的阌乡（今河南三门峡灵宝境内） 。听说“流贼”将至，阌乡城内的官员士绅早已携带细软四处逃散，城中仅余数百羸卒，农民军没费太大力气便攻破了城池。自此，潼关以东的各州县基本都成了空城。正如《豫变纪略》所载：
“是时，潼关以东之州县，莫不破碎而莽为盗区”。
李过率农军前锋几乎兵不血刃就占领了潼关以东的大片地区。随即李过带兵马不停蹄地昼夜疾驰，趁势追击官军，逼近潼关要隘，首战便挫败出关前来迎战的明军，还夺取了孙传庭的督师大旗。
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《明史》记载，崇祯十六年十月七日，李自成督率大军围攻潼关。明军将领白广恩率军浴血苦战，而高杰因白广恩曾出卖自己，在宝丰之战时又袖手旁观，拒不增援被敌军围攻的自己，使自己损失惨重，所以这次他见白广恩渐渐不支，仍拥兵不去救援，致使白广恩部抵不住农民军的凶狠攻击，在潼关前最先溃败。
这时，李自成分兵一部走小道绕到明军背后，对正拼命抵抗的明军来了个前后夹击，逼迫官兵只好退回关内。
李过又令部下穿着缴获的明军衣甲，扛着孙传庭的督师大旗骗守军打开城门，黑暗中守军难辨真伪，慌乱中竟开关放入农民军。骗开城门后，隐藏在夜色里的大股农民军蜂拥而入，守关的官兵被斩杀殆尽，潼关于是失守。
破关后，农民军四处喊杀，幸存的官军乱作一团，放弃抵抗，四散逃命。高杰率残部突围后溃往延安，白广恩则带着残兵败将逃奔固原（今属宁夏）。孙传庭破围后收拾溃卒，准备撤往渭南。
孙传庭带领败兵在逃奔渭南的途中，被农民军骑兵追上，他不得不掉头迎击，此时兵微将寡的他面对人多势众的农民军，倒也临危不乱，他毕竟身经百战，饱经战火的洗礼，显示出临敌而勇的大将风度。 面对李自成亲率的大队农民军追兵，他沉着镇定，和参军乔元柱一起督众接战，浴血厮拼，战斗最激烈时，传庭跃马冲阵，大呼着直冲农民军杀去，将士们受其感召，也鼓勇随其奋力冲杀，冲入农军队伍中大砍大杀。
但毕竟寡不敌众，力不能敌，官军终究还是崩溃了，孙传庭左冲右突，最终英勇战死阵中。由于孙督师死于乱军中，官兵始终未能搜寻到他的遗体，他的政敌攻讦说他可能没死，而是畏罪潜逃了，导致生性猜忌多疑的崇祯帝对其产生怀疑，所以明廷竟然没有给予他追赠封荫。一代名将，为国而死，死后遭人诬陷，竟无赠荫。
在兵连祸结的明末，孙传庭绝对算得上一个有勇有谋的能臣，但是，大厦将倾，一木难支，他也不能挽救这种房倒屋塌的颓势，甚至连自己的身家性命和身后清誉都不能保全。孙传庭的悲剧实际上是大明以及崇祯帝的悲剧和宿命。
崇祯帝生性多疑，用人不专。孙传庭初起时还未尝败绩就因小事被崇祯逮捕入狱。待烟尘四起，天下糜烂不堪时，崇祯帝环顾四周无人可用，又把孙传庭从狱中放出，委以重用，但又不能对他推诚布公，用之不疑，且处处干涉、掣肘，使孙传庭的计划得不到认真贯彻执行，他只是对牢狱之灾心有余悸，不愿再身系囹圄而勉强出师，导致潼关大败，自己死于乱军中。明末大儒顾炎武在评论孙传庭时说：
“（传庭死）明之亡于是乎决矣......公之一身而系国家之重。然则天下未尝无人， 而患不用，又患于用之而徙。用徙三四年之间，而大事去矣”！
《明史》的编纂者也为之感叹道：
“传庭死，明亡矣” ！
明以后的许多史料都为孙传庭感到惋惜，为之树碑立传鸣不平。
孙传庭败死后，明廷虽有左良玉、吴三桂等骄兵悍将，但和孙比总差点意思， 实际上明朝已经拿不出任何可与李自成一较高低的军事力量了。李自成破潼关后，便挥军以破竹之势向西安挺进。
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