在武汉，大本营对南京的战况极为关注，每日均有询问及指示的电报。

此时，撤至南京部队的战斗力及士气已远不如淞沪作战，南京外围主阵地带仅防守两三天即告失守，而复廓阵地立足未稳即在主要方向上又被敌突破、迫逼城垣时，形势十分严峻。

当武汉得知当涂附近已有日军渡江时，更感局势危急。

为避免南京守军被敌围歼，蒋介石于11日中午，考虑令南京守军撤退，遂令时在江北的顾祝同以电话转告唐生智。

顾立即要唐当晚渡江北上，并令守军相机突围。

不过，唐生智由于自己曾力主固守，现在若突然先行撤走，怕今后责任难负，因而，要求必须先向守军将领传达清楚最高统帅的意图后，方能撤离。

当晚，蒋介石致电唐生智：“如情势不能久持时，可相机撤退，以图整理而期反攻。”

唐生智于当夜与罗卓英、刘兴两副司令长官及周斓参谋长研究后，决定于14日夜开始撤退，遂于12日凌晨2时许，召集参谋人员制订撤退计划及命令。

12月12日，自拂晓起，日军即集中炮兵及航空兵火力对复廓阵地及城垣发动猛攻。

在城南方向，战斗至10时前后，雨花台阵地被日军攻占，防守该地的第88师第264旅残部，因中华门城门已经堵死，无法退入城中，遂在敌火力下作横向移动，沿护城河绕城北进，伤亡甚大。

在雨花台阵地牺牲的第262旅旅长朱赤 图片来自网络

随后，该旅于17时前后，到达下关以南江边，乘坐该师先期自行留控的一批木船渡江撤至浦口。

日军占领雨花台后，居高临下，加强了对中华门的火力袭击。第88师第262旅部分官兵坚守城垣阵地，奋力阻击；

但是，第88师师长孙元良却率师直属队及第262旅一部兵力擅自向下关退却，企图渡江北撤。

在挹江门内，孙元良被第36师师长宋希濂劝阻后，又返回中华门作战。

在城东方向，日军第16师团仍在孝陵卫西山及紫金山一带激战。

“上海派遣军”因第9师团在光华门一带遭守军反击后顿兵城外，毫无进展，于11日命控制于苏州附近的机动部队第3师团迅速前进；

12日晨，第9师团停止进攻，进行整顿，而第3师团由第9师团左翼加入战斗，向城垣进攻。

中午前后，在日军猛烈炮火轰击下，中华门及其以西城垣数处倒塌，一部日军在炮火掩护下由缺口突入城内，第88师遂即撤走。

当时，中华门内大批居民为逃避炮击和日军，纷纷向城北部难民区逃跑，与溃退的散兵拥挤在街道上，城中秩序开始陷于混乱。

卫戍司令长官部为了有计划、有组织地实施撤退，于14时令第36师负责维持城中及下关的秩序：

“（1）下关通浦口，为我军后方惟一交通路，应竭力维持秩序，严禁部队官兵及散兵游勇麇集，以确保要点。

（2）第74军在上新河镇（上新河）与敌激战，其后方交通应由汉西门（汉中门）与城中联系，禁止该军部队通过三汊河退入下关。

（3）着该部在挹江门至下关一带立即实行戒严，禁止一切活动。”

但是，此时日军第6师团一部已突入至中华门内，第16师团及第3师团已逼近中山门及光华门，第6师团左翼旅已逼近水西门。

在光华门牺牲的第259旅长易安华少将 图片来自网络

我守军第2军团被迫退至乌龙山，教导总队退至紫金山，第74军派人去三汊河架设浮桥，企图渡江撤退至浦口，被第36师制止，南京守军已开始呈动摇态势。

于是，唐生智等人决定，改在当夜撤退。

蒋介石虽然致电唐生智，令其在不能持久时相机撤退，可总从政治方面考虑较多，希望能多守一段时间。

12日，他又以致函形式致电唐生智、罗卓英及刘兴，提出自己的企望。全文如下：

“限即到。

南京唐司令长官、刘、罗副司令长官：

据报江浦附近已发现敌军，是敌希图对我四面合围，或威胁我后路，逼我撤退也。

五日激战，京城屹立无恙，此全赖吾兄之指挥若定与牺牲精神有以致之。

经此激战后，若敌不敢猛攻，则只要我城中无恙，我军仍以在京持久坚守为要。当不惜任何牺牲，以提高我国家与军队之地位与声誉，亦为我革命转败为胜惟一之枢机。

如南京能多守一日，即民众多加一层光荣；

如能再守半月以上，则内外形势必一大变，而我野战军亦可如期策应，不患敌军之合围矣。

遥望京城，想念官兵死伤苦痛，无任系念！进退战守，生死荣辱，惟兄等熟图之。

中正手启。十二申。”

不过，此电文发出时，不仅唐生智撤退命令已经下达，当时南京的实际情况，也已不可能再进行固守。

12月12日17时，卫戍司令长官部召集师以上将领开会，布置撤退行动。

唐生智首先简要地说明当前战况，询问大家是否还能继续坚守，与会将领无一人发言。

唐生智遂出示蒋介石命守军相机撤退的电令，即由参谋长周斓分发了参谋处已油印好的撤退命令及突围计划。原文如下：

卫戍作战命特字第一号（地名参看三十万分一图）命令

12月12日15时于首都铁道部卫戍司令部

一、敌情如贵官所知。

二、首都卫戍部队决于本日（12日）晚冲破当面之敌，向浙、皖边区转进。

我第七战区各部队刻据守安吉柏垫（宁国东北）、孙家铺（宣城东南）、杨柳铺（宣城西南）之线，牵制当面之敌，并准备接应我首都各部队之转进。

芜湖有我第76师、其南石炮镇有我第6师占领阵地，正与敌抗战中。

三、本日晚各部队行动开始时机、经过区域及集结地区，如另附表规定。

四、要塞炮及运动困难之各种火炮并弹药，应彻底自行炸毁，不使为敌利用。

五、通信兵团，除配属外部队者应随所属部队行动，其余固定而笨重之通信器材及城内外既设一切通信网，应协同地方通信机关彻底破坏之。

六、各部队突围后运动务避开公路，并须酌派部队破坏重要公路桥梁，阻止敌之运动为要。

七、各部队官兵应携带4日炒米及食盐。

八、予刻在卫戍司令部，尔后到浦镇。

附表第一为“南京卫戍军突围计划”，其内容为：

（一）74军由铁心桥、谷里村、陆郎桥以右地区突围，向祁门附近集结。

（二）71军、72军自飞机场东侧高桥门、淳化镇，溧水以右地区向敌突围，向黟县附近集结。

（三）教导总队、66军、103师、112师自紫金山北麓、麒麟门、土桥镇、天王寺以南地区向敌突围。

教导部队向昌化附近集结，66军向休宁附近集结，103师、112师向于潜附近集结。

（四）83军于紫金山、麒麟门、土桥镇东北地区突围，向歙县附近集结。

以上各部队突击时机为12日晚11时后开始，但83军为13日晨6时。

（五）第2军团应极力固守乌龙山要塞，掩护封锁线，于不得已时渡江，向六合集结。

（六）36师、宪兵部队及直属诸队依次渡江（另有渡江计划表），先向花旗营、乌衣附近集结，但36师应掩护各部队渡江（后），然后渡江。

卫戍司令长官部突围计划的基本精神是大部由正面突围，一部随司令部由下关渡江。

但是，在书面命令分发后，唐生智又下达了口头指示，规定第87师、第88师、第74军及教导总队（南京守军中的中央嫡系部队）“如不能全部突围，有轮渡时可过江，向滁州集结”。

此举，大大降低了命令的严肃性，也为不执行命令，制造了借口，以致计划中规定的由正面突围的部队，除广东第66军及第83军之大部按命令实施突围外，其余各军、师均未按命令执行。

而有口头指示为依据的部队，必然一起拥向敌人尚未到达的下关，以便迅速、安全地渡江北撤；许多未接到撤退命令的部队，发现友军撤退而跟着撤退。

虽然接到命令，但并不知道撤退计划详情的旅、团长们也都认为，上级既然要军队撤退，在下关必然已准备好大量渡江工具，因而亦皆拥向下关。

所以，自行决定由下关渡江的军、师长大多未按命令规定的时间开始撤退，而是在散会后，立即部署部队撤退。

有的单位在接到命令前，即已撤走。比如，卫戍司令部第2军团负责固守乌龙山要塞以掩护其他部队撤退和突围，应最后撤退，但是，徐源泉于12日下午，即率其第41师、第48师从周家沙和黄泥荡码头，乘坐其预先控制于该处的民船，最早渡至江北，经安徽去江西整顿。

乌龙山要塞部队在徐源泉部撤走后，也于当晚毁炮撤去江北。

有的将领只向所属部队打去撤退电话，或回去安排一下撤退事宜就脱离部队，先行到达下关，随同卫戍司令部及第36师，乘坐渡船先到江北。

其中，第71军军长王敬久、该军第87师师长沈发藻等人根本未回指挥所；教导总队队长桂永清回到富贵山地下室指挥所后，告知幕僚撤退任务，即留参谋长邱清泉处理文件等，自己单独先去下关；

教导总队第2旅旅长胡启儒得知撤退消息较早，他不等会议结束，即以奉命去下关与第36师联系为由，电话通知其第3团团长代行旅长职责，独自先去下关。

由于城中各部队多沿中山路向下关撤退，而挹江门左右两门洞已经堵塞，仅中间一门可以通行，各部争先抢过，互不相让，不少人因挤倒而被踩死。

教导总队第1旅第2团团长谢承瑞，在光华门阵地上曾英勇地抗击日军多次冲击，却在挹江门门洞内，被拥挤的人群踩死。

还有的将领，如第83军第156师师长李江见城门无法挤过，就从门东侧用绑腿布悬吊下城墙出走。

在撤退中过程中，下关的情况更为混乱，各部队均已失去掌握，各自争先抢渡。

由于船少人多，有的船因超载而沉没，大部官兵无船可乘，纷纷拆取门板等物制造木筏渡江，其中有些人因水势汹涌、不善驾驭而丧生。

乌龙山要塞守军撤走后，原停泊于草鞋峡、三台洞（燕子矶西南）的“文天祥”鱼雷快艇中队（4艘）也于12日夜，驰去大通，12月13日拂晓，日军山田支队未经战斗即占领了乌龙山；

日海军舰艇也通过封锁线，到达下关江面，日军第16师团一部亦乘舟艇进至八卦洲附近江面。

大量正在渡江的中国军队官兵被日海军及第16师团的火力和舰艇的冲撞所杀伤，宪兵副司令萧山令即死于半渡之中。

与此同时，日军各师已分由中山门、光华门、中华门、水西门等处进入南京城内；

原在镇江的天谷支队已渡过长江，向扬州前进，国崎支队已至江浦，正向浦口前进中，已渡至江北的中国军队沿津浦路向徐州方向撤退。

12月14日，根据武汉大本营的指示，唐生智在临淮关宣布，南京卫戍司令长官部撤销，撤至江北的卫戍军部队改隶第三战区，南京保卫战基本结束。

攻至南京城下的日军 图片来自网络

从12月12日下午开始，南京卫戍军各部队撤退及突围的情况，大致如下：

卫戍司令长官唐生智、副司令长官罗卓英、刘兴及长官部官兵，12日晚，从下关煤炭港乘预备的小火轮渡江至浦口，得到日军已至江浦附近、正向浦口包围的情报后，遂徒步向扬州顾祝同第三战区司令长官部靠拢；

13日7时，他们到达扬州时，顾祝同及第三战区司令长官部已移驻临淮关，临行时留下6辆卡车，于是，唐生智等主要官员及卫队乘汽车至滁州转火车，于当晚到达临淮关。

南京卫戍司令部渡江后，第78军、第36师亦于煤炭港，分批乘船渡江，至乌衣集结，尔后乘车前往蚌埠，又转信阳至江西萍乡整顿。

叶肇及邓龙光两军长参加会议后，第66军及第83军（均为广东部队）共同研究决定：

不遵守唐生智令第83军掩护其他部队突围后，再于次日晨6时突围的命令，两军由叶肇统一指挥，按计划由正面突围，向指定地点转进。

当时，两军所属的4个师大部均在城内水西门、玄武门及光华门附近。

叶肈当即下令：各师“按160、159、156、154师之顺序，由太平门突围，经汤山、句容向安徽宁国集中”。

12日20时前后，该部除156师因未接到命令外，其他3个师先后通过太平门。

他们在途经岔路口、仙鹤门、东流等地时，均遭日军阻击，第159师代师长罗策群率队冲击时阵亡。

拂晓前，到达汤山附近时，又遭日军第16师团主力的猛烈攻击，部队逐渐失去掌握，各自为战，数百人或数十人一队，分头向指定地点转进。

叶肇、邓龙光也与各自的部队失散，均换着便衣突过日军包围圈。20日前后，各师大部分别到达南陵、歙县。

第66军参谋处处长郭永镳在九华山一带收容失散的官兵约1300余人，临时编为3个营，1938年1月上旬，到达宁国附近归队。

未接到命令的第156师师长李江率队与教导总队等一同撤至下关，部分官兵渡过长江，辗转归队。

南京卫戍军的其他各部，均于12日下午和夜间拥至下关。

第74军组织较好，又掌握有一艘小火轮，约有5000人渡过江北，其余部队仅有一部得以渡江，大多留在江南，遭日军杀害。