放弃北京西逃途中，李自成所率的大顺军屡次被紧追不舍的清军击败，尤其负责垫后（后军）的大顺精锐在庆都、真定两战中被清军、吴三桂军大败，悍将谷可成被杀，明降将左光先负伤逃走，后队溃不成军，几遭团灭。
此时李自成因军事屡屡失利也变得暴躁易怒，性情发生了很大变化，变得凶暴嗜杀、多疑猜忌起来，似乎变得对谁都不信任了。客观地说，从李自成之前的一贯表现看，他不算是个刻薄寡恩、刚愎自用的人，生活作风称得上简朴，而且还算大度，对一些明军降将也能以诚相待、委以重用。譬如在开封射瞎李自成左眼的明军悍将陈永福，后迫于形势归降李自成，李不计前嫌，既往不咎，仍让他节制旧部，还给他封了个权将军的高职，几乎和大顺功臣刘宗敏、田见秀平起平坐了。
但因惨败山海关后从北京撤出后，随着军事上连遭失利，起初归降的一些明朝官员和明军将领又先后弃他而去，有些人反叛后还率部攻击他，这使他的疑心越来越重。以前他和部下兄弟相称，同甘共苦，并肩作战，很少因过错而处死自己的部将。但在这次溃逃途中，因屡遭挫败，他变得戾狠猜忌，喜怒无常起来，也使他变得好杀起来，其中最引人注目的是他无故枉杀对他忠心耿耿又很有才干的谋臣李岩。
起初李自成占领明都北京后，麾下大多数文武官员都沉浸在巨大的喜悦中，有些人开始产生享乐须趁早的心理，把脑袋别在裤腰带上玩命干，不就等这一天吗？于是他们夺占京城士绅的田宅，抢掠财物，豢养歌儿舞姬，欺男霸女，开始厌倦刀头舔血的搏命生涯，沉溺于感官享乐中难以自拔......
只有极少数没有被胜利冲昏头脑、依然保持冷静清醒判断力的有识之士，李岩就是这少有的智者之一。《甲申小记》 说，李自成进京后，大多数人都忙着追赃助饷、抢占田宅，只有李岩不参与其中，他常常微服出行，访查民间疾苦，帮助李自成安定京师人心，稳定秩序，他还多次直言劝诫李自成严明军纪，约束将士不得烧杀抢掠，以宽恤民力，收揽人心。他还曾建议自成，大军不应该驻在城中，应该撤出在城外安营扎寨，避免骚扰居民，还能随时听候调遣，在城内仅留少量军士维持治安，但不得强征民舍，借居民宅，他还提出了很多颇有见地的建议。但他的建议仅有少部分被自成采纳，大多都只有批示“知道了” 三个字，然后被束之高阁，并没有得到认真贯彻执行。
牛金星曾是李自成的首席谋士，大顺政权成立后又位列文臣之首，地位在李岩之上，但他所有一定谋略，却更擅长舞文弄墨，不具有萧何、张良、诸葛亮、刘伯温等人那样的登高望远、高人一筹的深谋远虑，而且他心胸狭窄，嫉贤妒能，对智计出众且为人正直的李岩一直怀有嫉妒之心。当李自成放弃京师仓惶西逃又节节败退之时，李岩的一些建议愈发显得颇为高明，且他一贯正直无私的作风使他在大顺军将士中享有很高的威望，令牛金星既羡慕又嫉妒旋即生恨 ，由此自惭形秽起来。
牛金星曾多次在李自成面前说李岩的坏话，进谗言陷害李岩，说李岩有异心——
“雄武有大略，非能久（居）人下者......”
因李岩和李自成同姓，为人和蔼可亲，不端架子，将士百姓便多称呼他为“李公子”，有些民间父老甚至误以为李岩是大顺军领袖，只知有李岩而不知有李自成，有些人则把两人混为一谈，说李岩就是李自成。
牛金星趁机进谗，一下子说到了李自成内心的痛点，使他开始猜忌防范李岩，好像李岩真有野心要取代他一样，成为那个传得神乎其神“主神器”的“十八子（李）”。于是，李自成设法以“莫须有”的罪名下令将毫无二心的李岩和他的弟弟李牟诛杀。
军师宋献策也是一位有谋略的智者，他和李岩一向志趣相投，对小肚鸡肠、嫉恨、陷害贤人的牛金星早就耿耿于怀，因此他在大顺二号人物、权将军刘宗敏面前“以辞激之”。刘宗敏铁匠出身，又当过江洋大盗，虽是一介纠纠武夫，但他和李闯王一起创业，在军中资格老，战功卓著，和李自成兄弟相称，堪称大顺政权的头号功臣，而酸儒牛金星居然后来居上，和自己平起平坐，每遇到重大典礼仪式之时，精通刀笔的牛金星甚至还排在刘大将军的前面，这一切都使他十分气恼，因而曾经借酒劲说要杀掉牛金星。在宋献策的挑唆下，刘宗敏曾经当众拔刀恫吓牛金星，牛金星虽一肚子诡计，却手无缚鸡之力，被吓得哭哭啼啼，只好找李自成哭诉，寻求庇护。
将相不和，人心混乱，军心分离，面对一班骄兵悍将，李自成也无力喝止，牛金星见大势不妙，自己被刚猛桀骜的刘宗敏所不容，性命难保，后来就趁机逃离了大顺军营。关于牛金星逃跑后的归宿有两种说法：一为降清，二为隐遁。后来他的儿子牛佺洗白身份在清初取得功名，当了个地方官，他在儿子的庇护下得以善终。
随着大顺军主力的陆续撤出，河北、山东一带很快被清军占领，有些地方被残余明军占据，河南各地也纷纷仿效，地方官绅、 降将降兵们或割地自雄，或投降清军，或武力对抗大顺军。李自成退回陕西后，一面分兵固守关中，一边竭力争取重夺对河南、山东等地的控制权。
李自成发现，发动反叛的大都是故明官绅，明朝降兵旋而复叛，不过听其调遣或胁从罢了。因此，他下令把山东、山西、河南的官绅都抓捕押解到西安，调虎离山，使这些在当地有钱有势、较有影响的地方势力远离其老巢，铲除了其赖以生存的土壤，也铲除了反叛的隐患。
这一措施倒也有效果，但从大角度看，可谓有得有失，它确实在一定程度上打击了异己势力。但是在具体操作过程中手段过于酷烈，杀人如麻，而使人人自危，人心惶惶，不少人或明或暗地顽固反抗，或与清军暗通曲款，使局势更暗潮汹涌，使大顺政权在中原各地的统治更加不稳固。
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