石达开部队在大渡河畔紫打地覆灭之际，陕西回民大起义爆发。李永和、蓝大顺两支云南义军残部，还有扶王陈得才带领的太平军，先后进入陕西，想和关中回民军会合。陕中、陕南局势暗流涌动，愈发危急。清廷赶忙调索伦猛将多隆阿，率黑龙江马队从安徽庐州支援陕西关中。
同治元年（1862）冬，多隆阿带领部队进入陕西攻打回民军，很快就与对方展开了一连串激烈战斗。多隆阿作战极为骁勇，和湘军猛将鲍超声名相当，军中都称他们为“多鲍”。他手下的黑龙江马队强悍勇猛，擅打硬仗，是清军里少有的劲旅。
1863年，多隆阿带领军队拿下大荔王阁村、羌白镇，还有渭南仓渡镇、庞谷、孝义镇等多地，把回民军打得大败，逼得回军残部撤往甘肃东部。这时，滇川农民军首领蓝大顺率残部从四川进入陕西并占据周至，威胁到西安。1864年春，多隆阿亲自指挥围攻周至，混战里头部被流弹击中，5月18日伤重离世。此役多隆阿部伤亡数千，他自己也殒命。
当多隆阿部在周至与蓝大顺残军激烈血战时，扶王陈得才领着太平军西征部队也展开行动。他们先拿下兴安（今安康），又攻克汉阴、勉县，随后乘势夺取汉中、城固，陕南局势告急。陕清吏向川、鄂求救，四川先派易佩绅、朱桂秋等部湘军赴汉中，石达开覆灭后，再增派箫庆高、何胜必等军入陕南。
清廷眼见石达开被歼灭，李、蓝昭通回军残部逃入陕西，四川局势渐稳，便指派川督骆秉章幕府的高参刘蓉负责陕南军务。7月，又提拔他为陕西巡抚，让其回湖南招募兵勇前往汉中。清廷意图清晰，让刘蓉率驻川湘军和新募兵勇，借四川后勤支持入援陕南，肃清蓝大顺滇川农民军余部，平定陕西。
1864年8月19日，当刘蓉还在成都筹划北进陕西的军事计划时，先期抵达汉中周边的湘军先头部队冒进出击，向围攻汉中的陈得才部太平军发起进攻。太平军见湘军人数少，便诱敌深入，随后分兵包围。湘军被围后不慌乱，以“扎死寨、打呆仗”之态激战。虽突出重围，但遭太平军追击，死伤无数。至次日清晨，湘军营垒全被攻破。
他们把帐房和辎重全都舍弃，边战斗边撤退，退到青石关安营扎寨……战斗中伤亡多达三千余人，阵亡的营官有七八员。
太平军击败前来支援的湘军后，转头攻打汉中城。他们迅速破城，将城中守军全部歼灭。如此惨痛的失败，在湘军作战历史中极为少见，大概只有三河之败能与之相比，这就像新上任的陕西巡抚刘蓉所言。
在过往经历里，像此次这般严重的挫败情况着实极为少见。正如《刘蓉·会奏援军挫衄情形疏》中所提及的状况。
刘蓉火急奔赴陕南前线整顿溃败之军，四川总督骆秉章全力相助。他划拨13000军队交由刘蓉统领，还持续不断地将大批粮饷、军火运往陕南前线，为战事提供有力保障。
同治三年（1864 年）正月，湘军向天京发起总攻，陈得才心急火燎地率部东援，把汉中及周边各县都给放弃了。他退出陕西后，一路到了河南、湖北。太平军一走，刘蓉顺势收复了汉中、城固等地，当年 4 月就到省城西安就任巡抚一职。
