根据《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税[2016]36号）附件1《营业税改征增值税试点实施管理办法》第二条规定，单位以承包、承租、挂靠方式经营的，承包人、承租人、挂靠人（以下统称承包人）发生应税行为，承包人以发包人、出租人、被挂靠人（以下统称发包人）名义对外经营并由发包人承担相关法律责任的，以发包人为纳税人；否则以承包人为纳税人。
因此，以挂靠方式经营的，如挂靠人以被挂靠人名义对外经营并由发包人承担相关法律责任的，被挂靠人为纳税人，被挂靠人从挂靠人收取的“挂靠费”应按照所挂靠经营业务的性质确定适用税率、缴纳增值税；
现实中建筑业基本都是由被挂靠方开发票给甲方。由被挂靠方交税。
如果按挂靠的实质，被挂靠方将挂靠方的工程款金额给甲方开发票时
借：应收--甲方
贷：其他应付 --挂靠方
应交税费—应交增值税。
将挂靠方的收入不确认为收入而是按业务实质确认为其他应付款。则增值税纳税表的销售额就不是账面的收入额了，而是包含这个其他应付款金额。但增值税实打实的交。
收甲方工程款时：借：银行存款
贷：应收账款——甲方
还挂靠方款时：
借：其他应付款——挂靠方
贷：银行存款
这么做被挂靠方收入少，但销项税不少。收入和增值税的销售额不一致。
挂靠方不开发票给被挂方没关系。因为是还款。
税法应该这样规定：这部分收入则应该由挂靠方收款时确认。挂靠方如果是个人，由其交纳个人所得税。如是企业，由其交纳企业所得税，增值税均该赦免，因为被挂靠方已经交过增值税了。
现实中企业还挂靠款时要么硬挂其他应收款，慢慢找票冲这个其他应收款。挂上几千万挂一辈子估计都没事。
够资质等级的施工企业应不会是定额扣缴所得税，而是查征。从你公司以后的发展及挂靠公司账务和税务处理规范化、合法化的情况出发，建议按如下操作：你公司承接工程后，由挂靠公司签订合同，你公司再与挂靠公司签订工程分包合同，挂靠公司开票收款作收入及按正常缴税，你公司开票给挂靠公司作收入并缴相关税费（当然你公司要建立完整的账务，包括收入、成本、费用的核算要有合法凭证），这样操作挂靠公司只需差额计征营业税（营业税暂行条例第五条第3点）及相关税费及所得税，若上述挂靠公司涉及的所有税费由你公司负担（包括挂靠费），则你公司与挂靠公司签订工程分包合同时工程额可通过计算确定具体金额，使挂靠公司实际上纯收取挂靠费。
如：工程款为100万，你公司应支付挂靠费为工程款的10%，即10万，假设挂靠公司的营业税率为3%，城建及附加为营业税的10%，企业所得税率为2%（你公司也一样），则挂靠公司综合税率为5.3%。
设你公司应开票额为X,则有公式：100-X-（100－X）*3.3%-100*2%＝100*10%,得X=87.59万，这就是你公司与挂靠公司分包合同额。
挂靠公司按100万作收入，87.59万作成本支出，不计算其它期间费用，则挂靠公司应缴税费为：营业税费＝（100-87.59）*3.3%＝0.41万，企业所得税＝100*2%＝2万，合计2.41万，挂靠公司总成本＝87.59+2.41＝90万，利润100-90＝10万。你公司营业税＝87.59*3.3%＝2.89万，企业所得税＝87.59*2%＝1.75万，合计4.64万，比到税局开票缴交100*5.3%＝5.3万还低0.66元，达到节税效果。
账务处理按正常操作即可。
