【嘉靖帝为父入祀太庙的变革开端】
正德十六年，31 岁的明武宗朱厚照去世了，他没孩子，也没有同父的亲弟弟。于是乎，他的堂弟朱厚熜当了皇帝，这就是大名鼎鼎的嘉靖皇帝。
嘉靖皇帝刚登上皇位，一场激烈的争论就出现了，争论的关键在于他能不能还把自己的亲生父亲叫做父亲。内阁首辅杨廷和带领的一群大臣是这样认为的：嘉靖的父亲只是一个藩王，这大明的江山本来是属于他伯父明孝宗和堂兄朱厚照的。按照父死子继、兄终弟及的嫡长子继承制度，如果嘉靖要当皇帝，就得过继给明孝宗当儿子，这样的话，嘉靖的亲生父亲兴献王，在名义上就只能是他的叔叔了。
然而嘉靖皇帝的看法完全不一样。他觉得，明武宗没孩子，明孝宗就没了后代，而自己是按照朱元璋《皇明祖训》里规定的继承顺序来的，是第一顺位的继承人。再者说，明武宗的遗诏上清楚写着“伦序当立”这四个字，这明显说明了自己继承皇位是合法的，没必要过继给明孝宗。在他心里，自己的亲爹就是兴献王，这是毫无疑问、不能搞混的。
嘉靖帝一门心思要把他父亲兴献帝放进太庙祭祀，因而对原先的太庙制度展开了力度很大的改动。
嘉靖十年（1531 年），嘉靖帝命把德祖移出太庙，还尊太祖作始祖，将太祖的神主摆到寝殿正中间。要晓得，德祖身为明朝皇帝的始祖，原本是能享万世不迁祧的待遇，那嘉靖帝咋就这么干了呢？从名义上讲，是推崇太祖这位明朝的开国皇帝，把他的神主放正中好像顺理成章。但实际上，嘉靖帝这一做法背后有他自己的心思，“把德祖迁祧出去”后，太庙寝殿的神主就只剩 8 位了，刚好腾出一个位子，给兴献帝入祀提供了方便。
接着嘉靖帝打算把太庙制从同堂异室制变为都宫别殿制。那这两种制度有啥不一样呢？在同堂异室制的时候，明朝历代皇帝的牌位都放在太庙的寝殿里，这寝殿被划分成九个单独的房间，每个皇帝占一间。而都宫别殿制呢，是每个皇帝都有各自独立的宫殿用来供奉。其实，太庙实行都宫别殿制在历史上不是没出现过，明朝初期，朱元璋在南京建的太庙就是这种形式，只是后来改成同堂异室制了。嘉靖帝说得好像挺在理，说同堂议事制让父子兄弟在一个地方，不合常理，不应该按照古制来。但这就是个借口，他真正想的是借着改制，让他爹的神主能有机会进入太庙供奉。而且，都宫别殿制下每个皇帝单独有一个庙，对以旁支成为大宗的嘉靖帝来讲，方便他单独祭祀自己的直系祖辈。不过这个做法因为阻碍太大，没有马上施行。
【南京太庙火灾带来的转机与新太庙建设】
在嘉靖十三年（1534 年），南京太庙遭大火给烧没了。夏言跟嘉靖帝讲：“陛下正打算改改庙制呢，南京太庙就着了火，这估摸是皇天列祖给咱的提示，咱得顺着来。”嘉靖帝听了挺高兴，立马下令第二年春天造新太庙，还不让祭祀南京太庙了。到嘉靖十五年十二月，新太庙建好了。原来太庙的享殿变成太祖庙，供着太祖神主，祧庙还是接着供奉已经被迁祧的德祖、懿祖、熙祖、仁祖。在三大殿两边新盖了供奉太宗的太宗庙，还有其他皇帝的昭穆群庙，一共八座庙。可能是反对的声音太猛了，嘉靖帝没法把兴献帝的庙弄进太庙，就只好在太庙东南边又重新建了供奉兴献帝的世庙，还把这庙改叫献皇帝庙，用这办法变着法地提高兴献帝的地位。
在嘉靖十七年（1538 年），有个已经退休的官员呈上奏章，提议修建明堂，给兴献帝拟定庙号，并且让其配享天帝。嘉靖帝便吩咐众大臣对此进行研讨。
从古至今，对于明堂配享存在两种看法：一是让当朝皇帝的父亲来配享，二是让本朝有大功绩的皇帝来配享。要是按照第一种看法，那配享的就是兴献帝；要是依着第二种看法，那就是明太宗朱棣了。这两种意见在朝廷里都有人拥护，嘉靖帝当然是偏向第一种的。但是，为了安抚那些支持让太宗配享的大臣，也为了防止被人说自己自私，嘉靖帝决定给太宗一些补偿。他觉得太宗皇帝功劳特别大，不应该仅仅称作“宗”，所以就下令把朱棣的庙号从太宗改成了成祖，并且给兴献帝定的庙号是睿宗。
在嘉靖帝看来，朱棣的新庙号好像更为尊贵些。但朱棣本人大概不会接受。朱棣是靠武力夺取的政权，他皇位的合法性一直饱受争议，在他当皇帝的时候，做了不少事来洗刷篡位的名声，像不承认建文这一朝，声称自己是直接继承明太祖朱元璋的。按照常规，作为王朝的第二个皇帝，“太宗”这个庙号对他是最为恰当的。可现在嘉靖帝把他的庙号改成“成祖”，这就等于是向众人表明他的皇位来路不正，使得他过去所做的掩饰都白费了。
当下嘉靖帝的生父兴献帝有了庙号，好像入太庙是理所当然的事儿。然而太庙没地方建新庙了，严嵩等人就说，睿宗本来有自己的庙，可以把睿宗的神主放到原庙里，等到祭祀的时候再拿出来和太庙的历代皇帝一块儿接受祭祀。嘉靖帝同意了这个主意，献皇帝庙也就跟着改成了睿宗庙。这样一来，睿宗庙虽说不在太庙的那些庙里面，但也算是进了群庙的行列了。不过在嘉靖帝心里，他爹还是比别的皇帝矮一头，让他爹真正进太庙才是他想要的。
过了几年，机遇出现了。嘉靖帝依都宫别殿制修建的新太庙，在建成后的第五个年头，也就是嘉靖二十年（1541 年），被雷火给全部烧没了，唯有处在群庙之外的睿宗庙逃过一劫。没办法，嘉靖帝只得又重新建造太庙，这一回他把之前的同堂异室庙制给恢复了。
原因有这么三条：第一，他觉得这是老天爷对他改动庙制表示不满并加以惩罚，心里挺害怕的；第二，那会儿明朝钱不够，同堂异室制的建筑工程规模比都宫别殿制小得多，这样既能少花钱，又能让工期变短，能早点把太庙祭祀活动给恢复了；第三，嘉靖帝之前选都宫别殿制是想让他父亲进太庙，可没达成，那现在也就没必要再死磕这种庙制了。
在嘉靖二十四年（1545 年），北京现存的太庙完成了重建。现今，太庙中殿的梁架上还留存着当年重建时嘉靖二十四年四月的记录。此后，尽管太庙在明清两朝多次进行修缮，但主体规制依然是这次重建时的样子。太庙的庑殿建筑规模在明清皇家殿宇中，只比故宫太和殿和长陵棱殿小，是重檐庑殿顶的样式，盖着黄色琉璃瓦，宽 11 间，深 6 间，建在三层汉白玉须弥座之上，充分彰显了明清皇家建筑的最高级别。殿内有 68 根金丝楠木大柱，最高的有 13.32 米，直径最大的达 1.2 米，像这样大体积的金丝楠木在当下已经非常少见了。
【嘉靖帝借皇后入庙巩固睿宗地位】
嘉靖帝虽说让生父入祀太庙的心愿得以实现，可他并不罢休。这会儿太庙寝殿里供奉的皇帝神主已然有九位了。要是嘉靖帝去世，新皇帝登基就得进行“迁祧”，得把一位皇帝的神主挪出去，才能把嘉靖帝的神主放进去。睿宗在世时没当过皇帝，是嘉靖帝跟大臣们博弈多年才硬给弄进太庙的，他的地位肯定比不上其他皇帝牢靠。嘉靖帝生怕新皇帝会把睿宗给迁出去，那自己这么多年的努力可就打水漂了。左思右想之后，嘉靖帝又搞出了一个违背祖宗规矩的决定。
嘉靖二十六年（1547 年）11 月，方皇后离世，被追谥为孝烈皇后。嘉靖帝打算让孝烈皇后的神主升入祔太庙。依明代一帝一后的祔庙制度，皇后祔庙的位置要和皇帝相对应。这样的话，就得进行“迁祧”。太祖和成祖地位非凡，永远不会被迁，按次序就该轮到明仁宗朱高炽了。所以，嘉靖帝决定把仁宗迁出去，这一决定在朝廷中引发了极大的震动。从宗法理制方面来讲，皇家宗庙祭祀向来是男性为主，女性为次。皇后能进太庙是沾了皇帝的光，她自己不能单独进太庙，更不能因为皇后入庙就把之前的皇帝迁出去。在明朝，如果皇后比皇帝先死，她的神主一般会先放在别的地方，等皇帝去世后再一同升祔太庙。嘉靖帝并非不清楚这些规矩，他这么干，就是想让皇后提前占个位，给自己预定庙位，免得新皇帝“千挑”时挑中睿宗。他甚至还规定后代子孙要依次把宣宗、英宗等迁出去。
嘉靖帝的这举动太不像话了，连他的亲信严嵩、徐阶都觉得不妥。徐阶直截了当地跟嘉靖帝说：“要是为了陛下您能进太庙而把仁宗迁出去，这应该是后代子孙去考虑的事儿，您现在就这么干，不合情理啊。” 然而嘉靖帝一意孤行，大臣们没办法，只好答应。经过嘉靖帝长时间的压制，明朝的官员不像最开始那样敢跟他硬杠了，要知道嘉靖帝动不动就对大臣打板子，或者把人关进大牢，大臣们可受不了这个。最后在嘉靖二十九年十一月，通过“迁祧”仁宗，孝烈皇后得以升入太庙配享，嘉靖帝为他父亲真是费了不少心思。这样的安排再次让睿宗在太庙中的地位更加牢固，意义非凡。
此后，隆庆帝、泰昌帝入庙时，皆有大臣奏请迁出睿宗，然而均未如愿。嘉靖帝离世后，其子朱载坖登基，给其父上庙号世宗，还把其神主迁入太庙，让其与皇后相聚。但明朝有规定，不管皇帝有多少皇后，能和皇帝一同升祔太庙的只能是原配皇后，而孝烈皇后是嘉靖帝的第三任皇后，不符合此规定。礼部官员紧接着上奏，最终使得孝烈皇后神主移出太庙，孝洁皇后神主则取而代之。
此后，明穆宗朱载垕、明神宗朱翊钧、明光宗朱常洛、明熹宗朱由校进入太庙，依序将宣宗、英宗、宪宗、孝宗迁出。可等到快要轮到睿宗的时候，明朝灭亡了。崇祯身为亡国之君，不能进入太庙，睿宗也就没有被迁出来。
皇帝在世时称帝，离世后入太庙，此为证实其王朝正统合法的必需步骤。故而，太庙中作为主要祭祀对象的人物，代表着明朝帝系的传承，而帝系传承的改变，常常会致使太庙制度以及祭祀人物产生变动。这表面上好像仅是宗法礼治层面的改变，实际上却和现实政治的变化紧密相连。
