东汉末年，政治黑暗，民生凋敝。朝廷内，宦官与外戚尔虞我诈，轮番乱政；地方上，豪强地主与割据军阀为非作歹。
又逢连年灾荒，在此背景下，冀州巨鹿人张角自称“大贤良师”，他奉事黄、老学说，对汉代十分流行的谶纬之学深有研究。在灵帝建宁年间，疫病流行，张角以符水疗病，以妖术教授民众。
所谓“符水疗病”，就是把神符焚烧成灰，用酒或水和合饮下，即为吞符。这张角对民间医术、巫术也很熟悉，一时被众百姓奉为活神仙。
此前，汉顺帝时琅琊人宫崇献给朝廷《太平青领书》一百七十卷，又称《太平经》，宫崇称此书是其师父于吉在曲阳泉水上得的神书。此书实际是于吉、宫崇师徒将西汉末年至东汉顺帝时的各种黄老学说统合编撰而成。
有司奏劾此书多为妖妄之言，于是顺帝命人将此书封藏起来。此书后来辗转为张角所得，于是张角以《太平经》为经典，在灵帝熹平年间创立“太平道。”
张角带着两个弟弟张宝、张梁，首先在灾情特别严重的冀州魏郡一带开始传教活动，广泛宣传《太平经》中关于反对剥削、敛财，主张平等互爱的学说、观点，深得穷苦大众的拥护。
张角持九节杖为符祝，教病人叩头思过，因以符水饮之，得病或日浅而愈者，则云此人信道；其或不愈，则为不信道。其中多有治愈者，于是，信者越来越多。张角大收徒众，扩大太平道影响。
张角遣弟子八人，使于四方，以善道教化天下，转相诳惑。十余年间，徒众数十万，连结郡国，自青、徐、幽、冀、荆、扬、兖、豫八州之人，莫不毕应，几乎占了当时全国四分之三。
更有信者弃卖财产、流移奔赴千里来拜，一时填塞道路，未至病死者亦以万数。郡县不解其意，反言张角以善道教化，为民所归。
灵帝光和三年（公元180年），弘农人杨赐（杨彪的父亲、杨修的祖父）时任司徒，与掾属颍川人刘陶商议道：“张角等人逢大赦也不思悔悟，反而变本加厉，如今若是下令州郡逮捕讨伐，恐怕会引起更大的骚乱，加速祸患形成。
杨赐说应该严令刺史及二千石（泛指郡太守、国相、都尉等），简选流民，派人将其送回原籍，借机削弱其党羽，然后诛其首领，可不费力平定。刘陶点头道：“这就是孙子所说的不战而屈人之兵。”
杨赐于是上书陈说此计，恰好他因病被罢免，此疏便被留在宫中。灵帝素闻刘陶之名，便召见刘陶，并任命其为侍御史。
光和六年（公元183年）刘陶见张角的太平道势力越来越大，又听说张角潜入京师洛阳传教，于是与奉车都尉乐松、议郎袁贡联名上疏朝廷：“应该明确下诏，有捉拿到张角的，奖赏为国士。如有看到张角不捉拿的,与张角同罪……”
但灵帝对刘陶的谏议始终不醒悟，却下诏要刘陶去编次《春秋》条例。此时，张角的太平道信徒日众，不仅百姓，部分官吏乃至一些宦官都成了信徒。
张角便将教徒划分为三十六方（教区组织），大方万余人，小方六、七千人，每方设渠帅负责。在此基础上，张角又按《太平经》中“顺五行”的思维方法，按照五行相生相克的理论，选定于甲子年甲子日、即灵帝光和七年（184年）三月初五日（庚戌）举行大起义。
张角还提出“苍天已死，黄天当立，岁在甲子，天下大吉”的响亮口号，欲说明按照万物兴衰、按照朝代演变的规律，汉王朝（苍天）大数已尽，作为土德（土色黄）、黄天的代表，太平道应当取代汉王朝。
在二月初，各方首领及信徒便已着手准备。他们用石灰在洛阳的市门及州郡官府墙上书写“甲子”等标语口号。
一大方的渠帅马元义首先通知荆州、扬州的信徒数万人，到邺城（河北临漳）集中，准备起义。于是，其分管的信徒们便已开始向邺城集中。
马元义还多次到京城洛阳约定信仰太平道的宦官中常侍封谞、徐奉为内应，在三月初五日（庚戌）里应外合，一道起义。
大约在预定起义日期的前二十天，即二月十五日（庚寅）前后，太平道的一个信徒、济南人唐周上书官府告发起义之事。
河南尹何进发其奸，紧急捕捉马元义，不久马元义在河内郡山阳县被捕，同时被捕的教众有千余人。马元义等人被押送至洛阳，何进刑讯，马元义不肯招供，最后车裂于市。
灵帝下诏三公、司隶，使钩盾令周斌将三府掾属，案验宫省直卫及百姓有事张角道者，捕捉诛杀一千余人。中常侍封谞、徐奉因马元义没有招供，侥幸没有被查出。
朝廷又通知冀州捕捉张角及其家人。张角等发现事已败露，即用各种方法星夜通知各方，于二月下旬立即起义。起义时，义军首先将抓获的贪官杀了祭天。
张角军皆头裹黄巾（黄天的象征），时人称之“黄巾贼”。起义后，张角依据《太平经》中关于“有天治、有地治、有人治，三气极，然后歧行万物治也”的理论，自称“天公将军”，其弟张宝自称“地公将军”，其弟张梁自称“人公将军”。
起义开始后，群众纷纷响应，或入伍为信徒，或送粮送衣，义军发展很快。安平人执安平王刘续、甘陵人执甘陵王刘忠也加入其中。
义军攻克城镇后，往往烧毁官府，杀贪赃官吏，将其财产分给百姓。贪官污吏平时作威作福，一闻义军到来，便吓破了胆，如同丧家之犬，多已逃之夭夭。
旬日之间，天下震动，京师震动。一时间天下盗贼并起，博陵张牛角、常山褚飞燕等也随之造反，号称黑山军；巴郡张修以五斗米道造反，人称“米贼”；凉州边章、韩遂在金城郡起兵叛乱。
三月初三日（戊申），朝廷以河南尹何进为大将军，又以其破获马元义之谋的功劳，晋封慎侯。命其率左右羽林、五营营士屯都亭，修理器械，以镇京师。
又布置函谷、太谷、广成、伊阙、輾辕、旋门、孟津、小平津八关都尉，以防备黄巾。
因何进升为大将军，太尉杨赐派自己的掾属孔融拿着名片去祝贺，当时何进还在河南尹办公，孔融来到河南尹官署门前，因门人未及时通报，孔融就把名片夺回，引罪自责而去。
河南尹官属认为丢了面子，想要派剑客追杀孔融，有宾客对何进说：“孔文举有盛名，将军如果与他结怨，四方之士就会相随而去了。不如以礼对待他，使天下人都知道将军的胸怀广大。”
何进同意，于是举荐孔融为侍御史。孔融又因为与上司御史中丞赵舍不和，不久托病归家。
灵帝召集群臣会议，商议平定黄巾之事。北地太守皇甫嵩以为宜解党禁，益出中藏钱、西园厩马以班军士。
中常侍吕强（也有写吕彊）忠直奉公，为灵帝所信任，灵帝便问计于吕强，对曰：“党锢久积，人情怨愤，若不赦宥，轻与张角合谋，为变滋大，悔之无救。今请先诛左右贪浊者，大赦党人，料简刺史、二千石能否，则盗无不平矣。”灵帝畏惧听从了其建议。
三月初七日（壬子），赦天下党人，还诸徙者；唯张角不赦。“党锢之祸”遂告结束。朝廷要求各公卿捐出马、弩，推举众将领子孙及民间有深明战略者到公车署接受面试。
因党锢解除，大将军何进幕府初开，博选精英，华发旧德，并为元龟。不少因党锢被禁的名士被何进辟为掾属，当时大将军掾有汝南袁绍、山阳刘表、陈留韩卓等。
四月，太尉杨赐因恳言谏灵帝而违逆灵帝，灵帝于是以发生起义为借口将其罢免。以太仆弘农邓盛接替为太尉；司空汝南张济因久病免，以大司农南阳张温为司空。
侍中河内向栩上书陈说便宜，故意讽刺众宦官，不用国家兴兵，只派遣将领到黄河边，对着北岸的黄巾军大读《孝经》，贼人被孝道感染，自然就都退去了。
张让诬告向栩不欲令国家命将出师，疑与张角同心，欲为内应，收送黄门北寺狱，将他诛杀了。
郎中中山张钧上书说：“我想张角所以能够兴兵作乱，成千上万的人愿意跟着他，其根源都在十常侍，把他们的父兄、子弟、亲戚、宾客放到各州郡，独占财利，侵夺百姓，百姓的冤屈无处申诉，所以图谋不轨，聚积成为盗贼。
张钧建议灵帝应该杀了十常侍，把他们的脑袋悬挂南郊，以此向老百姓请罪。再派使者布告天下，这样可以不须用兵，而大寇自会消散。
汉灵帝把张钧的奏章给张让等人看，他们都脱掉帽子、靴子叩头请罪，乞求让自己去洛阳监狱，并且拿出家财以助军费。汉灵帝诏令他们都戴上帽子，穿起靴子，和以前一样工作。
汉灵帝发怒对张钧说：“你真是一个疯子啊！十常侍中硬没有一个好的吗？”张钧又上书，还是和上次的奏章一样。但总是被扣压不上报。
汉灵帝下诏廷尉、侍御史调查搞张角太平道的人。御史秉承张让等人的意旨，诬告张钧学黄巾道，把他逮捕，拷打他，死在狱中。
张让、赵忠等都叩头说：“这是前中常侍王甫、侯览干的！”王甫和侯览早在熹平和光和初年就因犯事下狱死，所以众常侍都推在二人身上。汉灵帝就不再追究了。
于是诸常侍人人求退，各自征还宗亲、子弟在州郡者。中常侍赵忠、夏恽等遂共谮吕强，云其与党人共议朝廷，数读霍光传，吕强兄弟所在并皆贪秽。
帝使中黄门持兵召吕强。吕强闻帝召，怒曰：“吾死，乱起矣！丈夫欲尽忠国家，岂能对狱吏乎！”遂自杀。
赵忠、夏恽又进谮言道：“吕强见召，未知所问而就外自屏，有奸明审。”遂收捕其宗亲，没入财产。
灵帝移居南宫时，看到了数年前杨赐担任司徒时请求抓捕张角、禁绝太平道的上疏，感悟之下，下诏封杨赐临晋侯，食邑一千五百户。又想起刘陶的话，封刘陶中陵乡侯。
当初，杨赐与刘宽、张济一道为灵帝讲学，他认为不应自己一人受封，于是上书请求分出食邑给刘宽、张济，灵帝于是封刘宽为逯乡侯，食邑六百户；张济因刚刚病逝，便封其子张根为蔡阳乡侯。
不久后，杨赐又担任尚书令，数日后出任廷尉，杨赐以自己并非世代法家出身，于是坚决推辞。灵帝命其以特进身份回府。
邓盛、司徒袁隗、司空张温四府）推举尚书卢植，拜北中郎将，持节，以护乌桓中郎将宗员为副将，将北军五校士（即屯骑、越骑、步兵、长水、射声五营），往冀州征讨张角。
又以北地太守皇甫嵩拜左中郎将，朝中公卿又推举谏议大夫朱儁有才略，灵帝便拜朱儁为右中郎将，与皇甫嵩各持节征讨豫州颍川黄巾。又命侍御史太原王允担任豫州刺史，协助平定豫州黄巾。
各地有领兵作战能力的人纷纷来到洛阳报道，北地郡灵州县人傅燮乃是故太尉、逯乡侯刘宽的学生，也来到京城，被灵帝任命为护军司马，随皇甫嵩、朱儁一路出征。
皇甫嵩与朱儁调发五校（北军五校，为中央主要常备军，即屯骑、越骑、步兵、长水、射声五校尉所将宿卫兵）三河（河东、河内、河南三郡）骑兵，同时招募精壮之士，共计四万多人。二人各率一部，往颍川进发。
朱儁率军去讨伐威胁洛阳最大的颍川黄巾波才部。他想起吴郡人孙坚现为下邳县丞，其人勇武善战，当请其来助己共讨黄巾，朱儁乃是会稽人，与孙坚都是扬州州里同乡，于是朱儁上书请孙坚担任自己的佐军司马。
孙坚接到任命后，把他的家眷都留在九江郡寿春县，在淮、泗一带人苏代等），共得精兵一千人。孙坚便率领这一千多士兵，往颍川赶来与朱儁会合。
朱儁与波才交战兵败，皇甫嵩闻讯率军退守长社城，朱儁也率军逃入长社。黄巾军势众，波才指挥人马包围长社。消息传入洛阳，朝廷以议郎曹操懂军事，任命其为骑都尉，率骑兵去救援长社。
却说五月，长社城中皇甫嵩兵少，众寡悬殊。皇甫嵩安慰部下说：恐散乱，我出兵攻击，四面合围，田单守即墨用火牛攻燕而获胜的功劳就可以实现。
天遂人愿，当晚大风骤起。皇甫嵩命令将士扎好火把登上城墙，先派精锐潜出围外，纵火大呼，然后城上点燃火把，与之呼应。皇甫嵩借此声势，鸣鼓冲出。黄巾军缺乏战斗经验，惊慌散乱，被迫后撤。
这时，骑都尉曹操也率骑兵赶到，于是皇甫嵩、曹操、朱儁合兵，乘胜追击。黄巾军顽强抵抗，数万人遭屠戮。
波才退走阳翟，曹操辞别皇甫嵩、朱儁，率所部骑兵返回洛阳。不久，朝廷下诏，皇甫嵩因此军功被封为都乡侯，朱儁则因此前战败未获封侯。
皇甫嵩、朱儁乘胜追击，于阳翟大战波才。此时孙坚所部赶到，投入朱儁麾下，孙坚作战悍猛，常置生死于度外，所向无前，颍川黄巾平定。
护军司马傅燮上疏说：“臣闻天下之祸不由于外，皆兴于内。今张角起于赵、魏，黄巾乱于六州，此皆衅发萧墙而祸延四海者也。臣受戎任，奉辞伐罪，始到颍川，战无不克。黄巾虽盛，不足为庙堂忧也。”
傅燮又说：“臣之所惧，在于治水不自其源，末流弥增其广耳。陛下仁德宽容，多所不忍，故阉竖弄权，忠臣不进…………陛下宜思虞舜四罪之举，速行谗佞之诛，则善人思进，奸凶自息。”此奏章让中常侍赵忠看到后，非常不满。
此前，汝南黄巾渠帅彭脱在邵陵击败了汝南太守赵谦的部队，屯兵于西华县。皇甫嵩、朱儁兵进汝南、陈国，讨伐彭脱。
孙坚乘胜深入，在西华县兵败失利。坚受伤堕马，卧于草中。当时，军众分散，其部众不知孙坚所在。
亏得孙坚所骑骢马驰还营，踣地呼鸣。吴景、苏代等将士识得是孙坚所骑之马，便随马去找，於草中发现了孙坚。
孙坚还营修养了十数日，创少愈，乃复出战。大破黄巾渠帅彭脱。
却说豫州刺史王允到任后，征辟荀爽、孔融等名士担任从事，率领重兵讨伐黄巾军。王允初次领兵打仗，便充分展示了他非同一般的文韬武略。预先，王允广泛征求从事和普通官兵的意见，设计了周密的作战方案。
战斗过程中，王允亲自披挂上阵，大显身手，彻底击溃豫州一带的黄巾军。颍川、汝南、陈国三郡黄巾平定之后，王允和左中郎将皇甫嵩、右中郎将朱儁共同受降数十万黄巾起义军。
王允把其中的具体细节全部揭发出来，并且写成奏折上奏皇帝。汉灵帝大惊，立即召张让进宫，怒气冲冲地指责张让，并要他交待实际情况。
张让一向在朝中自以为是，指手画脚，也没想到有谁敢在皇上面前揭露他，因此见到王允的奏章后吓得半死，急忙叩头谢罪。
可张让是何等狡诈圆滑的人物，他在回答皇帝时，不仅不承认自己的罪行，反而说王允忌妒陷害他。又说自己对陛下，对朝廷是如何如何忠心耿耿，没有丝毫与黄巾军私通和背叛朝廷之意。
灵帝本就有意偏袒张让，加上被张让的花言巧语所迷惑，自认为他无罪，也便不再追究。张让脱罪后，对王允心怀忿恨，便一心想伺机打击报复王允。
豫州平定后，皇甫嵩上表朝廷，推功于朱儁，朱儁被封为西乡侯，迁镇贼中郎将。灵帝下诏皇甫嵩讨兖州东郡黄巾，朱儁讨荆州南阳黄巾。
