自西征军平定北疆后往南节节推进，又连克天山南麓达坂城、托克逊、吐鲁番三城，屡获胜利，兵败绝望的阿古柏服毒自尽后，其侵略集团内部高层公开分裂，为争权夺利或为保全身家性命而相互厮杀起来。
阿古柏次子海古拉得知老爹死讯后，立即赶往库尔勒，先是秘不发丧，封锁死讯，继而命艾克木汗留守库尔勒，他自己则护送阿古柏灵柩驰往喀什噶尔，目的是在那里继位称汗。
但就在海古拉护送死爹阿古柏灵柩离开库尔勒的第二天，艾克木汗便抢先自立为汗王，并亲率一支马队追杀海古拉，以保护自己在阿克苏领地内的财富。阿古柏的长子伯克胡里一直驻守喀什噶尔地区，他素来和俄国人关系密切，并得到俄国人的大力帮助，得知老爹阿古柏已死的消息后，他立刻派出一对杀手埋伏在弟弟海古拉扶柩返回喀什噶尔的必经之路上，暗杀了海古拉，将其卫队也悉数歼灭，旋即又派兵攻打艾克木汗，随后艾克木汗兵败逃入沙俄境内。
伯克胡里的军队是原阿古柏麾下最精锐的一支主力军。他通过这支军队和白彦虎的陕回残军镇压了其他竞争对手，基本巩固了自己的地位，还妄图乘势袭占库尔勒以西的南疆八城——喀喇沙尔、库车、阿克苏、乌什、喀什噶尔、英吉沙、叶尔羌、和阗 ，以此自雄，并继续称王称霸。伯克胡里看似气焰嚣张，但在左宗棠（1812年11月10日——1885年9月5日）看来，经过激烈内讧、自相残杀，阿古柏建立的“哲德沙尔汗国”侵略政权早已经分崩离析、穷途末路了，彻底土崩瓦解是迟早之事。
随着天山北路被清军顺利收复，阿古柏的惨败身亡，其势力从内部分崩离析，整体形势对左宗棠西征军非常有利。不过左宗棠没有被胜利冲昏头脑，也没有立即下令大军乘胜追击，对天山以南的南疆八城发起迅猛攻击，而是又一次冷静地提出“缓进速战”的策略。
左宗棠
他对爱将刘锦棠说，西攻南八城“宁可迟不可错”。他认为大军远征，后勤运输困难，进军途中粮食缺乏，将士必须“裹粮”而行，而吐鲁番地区土地荒芜，粮食匮乏，需要从哈密、巴里坤等地转输屯集，因此必须等秋后粮食收获采运充足后，大军才能继续进发。进军前，左宗棠下令：“大军所至，勿淫掠，勿残杀。王者之师如时雨，此其时也”。严禁西征军将士奸淫掳掠，残害无辜百姓，以减轻战乱给普通百姓造成的伤害。
据史料记载，南（疆）八城又分为东四城与西四城，东四城指的是吐鲁番以西的喀喇沙尔（今焉耆）、库车、阿克苏、乌什（今莎车）、和阗。东四城大体呈直线分布在托克逊以西，从吐鲁番经喀喇沙尔到乌什，东西约2300余里。喀什噶尔是南疆八城的中心，从阿克苏到喀什噶尔约700余里；从喀什噶尔往南经英吉沙，再往东南经叶尔羌到和阗约1400余里，每座城池之间相距遥远，地域广袤，辽阔无垠。
在南八城之外，白彦虎陕回势力残余和阿古柏旧部的一些军阀势力还盘踞在拜城等地。因此，西征军转战于4000多里的漫长战线，且所经大多是荒无人烟的沙漠、戈壁，交通极不方便，转运作战物资异常艰难，清军行军之艰辛不易可想而知。
更重要的一点是，刘锦棠率西征军攻克吐鲁番时正值盛夏。吐鲁番地区古称“火洲”，炽热无比，酷暑难耐。而且，当时未到新粮收获时，驮畜也很难征集，粮运非常困难。因此，左宗棠对张曜说，吐鲁番至喀喇沙尔，沿途皆干旱不毛之地，酷热异常，蚊虫极多，非秋后进军不可。既然有如此多的不利因素，左宗棠怎能不慎之又慎呢？他决定不乘胜进军南八城，而是等秋后天气凉爽、征粮容易时再挥师南进，收复南八城。
屯扎在吐鲁番、托克逊的西征大军，主要有刘锦棠、徐占彪、张曜三支部队。对于徐占彪，左宗棠认为他虽然作战勇猛，但为人不明事理、不受教益，在吐鲁番纵兵抢掠，滋扰百姓，当初在肃州又和叛回军首领马文禄暗中交往，为人糊涂，好赖不分，可恼可恨，难堪大用，拟“姑留吐鲁番，将来可陆续撤回”，不久便让他率所部到巴里坤守护粮道去了。对于张曜和其麾下的嵩武军（前身是河南固始团练），左宗棠一直赞誉有加。为此他特地写信给刘锦棠，夸张曜心性明敏，为人诚朴，推荐他率队随刘部出征。因此，在西征南八城时，张曜得以率嵩武军随刘锦棠的老湘军一同前往。
刘显谟
刘锦棠所率的老湘军作为西进收复南疆八城的绝对主力，在兵力部署上，将马军、步军、炮队由二十九个营扩充至三十二个营，加上随同出征的张曜嵩武军十五营步骑、易开俊马步七个营，总计西进南疆八城的总兵力共有五十四营，约三万八千人左右。
据《西征纪略》记载，光绪三年（1877年）8月，刘锦棠派西征马步各军从托克逊西进南八城。8月25日，他先派提督汤仁和打头站，率部前往苏巴什、阿哈布拉。9月7日，刘锦棠再派总兵董福祥、张俊率所部由阿哈布拉经桑树园、库木什、乌什塔拉一线布防，构筑壕垒、哨卡，主力至曲惠扎营；又派提督张春发由托克逊伊拉湖小道前往曲惠与张俊会师，并让各军带足粮草，沿途挖井，标注水源，按里程预备，以接应后续大军。
9月27日，刘锦棠按左宗棠“先由间道扰袭贼后，正兵由大道扼贼之前”的指示，将54营大军分为奇兵和正兵两路，分别由大道和小路驰奔，于10月2日几乎同时抵达曲惠。次日，刘锦棠出奇兵沿博斯腾湖西行进至库尔勒侧背，自己则率正兵（主力）由喀喇沙尔直趋库尔勒，以形成前后夹攻之势。7日，刘锦棠率军来到喀喇沙尔，此前退守喀喇沙尔的贼将是陕回头领白彦虎，他听说大军来袭，即下令堵塞河道冲淹城池、以坚壁清野，随后率部撤走，彼时的喀喇沙尔“水深数尺，官署民舍荡然无存”。
刘锦棠率部绕过喀喇沙尔进至库尔勒，发现城中空无一人，一片死寂，又是一座空城。彼时西征军携带的粮食已经耗尽，后路接应的粮草辎重被困泥沼中，暂时还不能运至。刘锦棠情急生智，悬赏征粮，一日间得到数万斤粮食，可以勉强支撑几天。
进入库尔勒后，刘锦棠在军营中遴选出2500名马步劲卒做前锋，自己亲率疾行，救出不少被白彦虎裹挟西走的维吾尔、回族民众，并遵照左宗棠“持械者斩，余均不问”的指示奋力追击，沿途未遇像样抵抗，于10月8日轻取库车。
刘锦棠率西征军用6天6夜时间疾驰900里，收复喀喇沙尔、库车两城及无数村镇、堡垒，接下来将下一个攻击目标对准阿克苏。
克复库车后，西征军主力并未停留，次日即出城继续前行。10月21日，西征军兵临拜城，城内的维吾尔居民开城迎降。不费一枪一弹轻取拜城后，西征军于24日来到阿克苏城下，远远望见城头刀枪林立，人影绰绰，正西、西南方向烟尘蔽日。此前混入城中的细作来报，城内的维吾尔头目本想率众出降，不料被阿古柏残余势力阻拦，陕回顽匪白彦虎也率死党随阿古柏余党一同逃窜。城内的20余万维吾尔居民没有随去，而是守城以待官军。刘锦棠入城后，一面派军寻踪衔枚疾追，叮嘱他们一定要设法擒获杀人如麻、欠下累累血债的陕回头目白彦虎，一面安抚城内百姓；随后他派黄万鹏、张俊等率步兵、马队继续前进，于10月26日顺利收复乌什。
左宗棠对以刘锦堂为首的西征军长驱直入、转战千里的战果十分满意，上奏清廷说：“此次官军浩荡西征，一月驰驱三千余里，收复喀喇沙尔、库车、阿克苏、乌什四城，南疆八城已复其半”。他对西征军战事进展神速和作战效率予以高度评价，夸赞为古今罕见的战绩。收复南疆东四城后，左宗棠认为下一步收复西四城可采用“分攻合剿”的战法，“会攻喀什噶尔，并规全局”，这样平定新疆就指日可待了。
