清代的政区地理主要是由两部分组成，其就是直省和藩部。直省就是包括直隶在内的内地十八行省，而藩部主要由各边疆少数民族部落组成。清代的藩部由于地处边疆，民族众多，文化传统大相径庭，于是清廷就采取了迥异于内地的特殊处理办法，建立了因地制宜的行政体制，所谓“修其教不易其俗，齐其政不易其宜”，具体表现在这些藩部被清朝纳入版图后，其上层人物享有不同程度的治权。而这种治权与清朝的专制主义中央集权会发生矛盾，清廷解决这个矛盾的方式就是削弱当地贵族的治权，模仿内地的治理的模式进行一体化治理，但由于各种原因，有清一代有些地区一体化举措极为成功，有些地区却非常失败，呈现出一种地区间的差异。
藩部之于行省的特殊性清代在管理边疆时采取了“因俗而治”的办法，所以藩部就内地的行省而言有其差异性。这种差异性首先体现在行政体制及其运行方式的不同上。
如内地行省采取了整齐划一的管理模式，各省基本分为省、道、府（这一级还有厅、州）县四个层次，每个层次都是垂直的隶属关系，其最高长官直接对皇帝负责，运作模式也相当固定，一般是朝廷给六部的政令，下达于各省，各省由督抚接受政令，通过布政使、按察使，由道、府、县逐级往下转，最后通过地方保甲、乡绅到达基层社会。
而反观藩部地区，清代中央由理藩院进行管理，所谓“掌内外藩蒙古、回部及诸番部，制爵禄，定朝会，正刑罚，控驭抚绥，以固邦翰”。其管辖范围、行政职能与内地行省完全不同，对于蒙古、西藏、新疆部分地区，涉及的权力基本有行政区划的调整、官员的考核任免、立法权、司法终审权，军事和财政方面是以监临督察为主。清廷往往通过法律形式允许地方贵族在自己可以容忍的范围内自行行使有限制性的权力。如蒙古采用多采用盟旗扎萨克模式进行治理，每一旗的王公贵族就是当地的最高军政长官，在当地享有受到清廷确认的世袭司法权、军事权、行政权。
其次，藩部和行省在义务方面也有所不同。像内地行省处在中央的直接控制之下，既没有特殊的权力，义务也是相当全面，无论是经济上，还是行政上，必须毫无保留地服从中央的需求。而藩部却有一定的权限。
比如财政，行省必须以赋税形式完全承担国家财政收入，承担日常开支和军费的需要。而大部分藩部并没有这个义务，像蒙古地区，当地王公享受当地的税收，清廷只限定了其向属民征税的标准，并不过问其开支情况，一旦超过清廷的征税标准才能处罚，“滥征者罪之”，反而还享有中央政府的财政转移。
再如军事上，行省进行募兵制，而藩部王公都有自己的武装力量，这些武装力量往往受到清廷监临和指挥，作为预备役部队在紧急情况下自费装备参加战斗维护清廷的统治。
推进藩部一体化的举措而就是这样那样的差异性，换句话说就是中央政府对藩部这样的“优待”，从而弱化了中央与地方的统属关系，地方权力保留越多，以皇权为核心的中央权力就越少。所以，有清一代，与藩部也进行着一种博弈，有种中央权力试图压迫贵族的地方权力，向地方权力扩张的过程，在这个过程中就出现了藩部一体化、内地化的趋势。
制度改造一体化
清廷在将各族政治势力纳入主权范围后，就开始对其社会、政治、军事、经济等制度进行全面改造。
社会制度改造
比如比丁和户口登记制度，在清朝统治以前，各藩部很少有完备的户籍管理制度，但户口是中央对地方统治的一个重要基础，清廷要建立对藩部统治，遂参考内地经验开始对藩部建立比丁和户籍制度。如在蒙古地区，漠南蒙古各部、喀尔喀蒙古、归化城土默特蒙古“每三年一次比丁”，丁册“照户部例，详开具题”，造册之后，送往理藩院。编审丁册效仿户部，对内地模仿痕迹非常重。
在户籍管理当年，在蒙古地区，一定要“以籍为凭，定嗣者告明佐领，于族内择继”，除非族内无人，才能找异姓继承。而在回部，户口也必须“每隔五年行查一次”，由各城驻扎大臣负责落实。在西藏地区，所有的喇嘛和人户必须“一体造具花名清册”，报给驻藏大臣和各世达赖喇嘛，“以备稽查”。
为了确保藩部的社会稳定，清廷在蒙古地区仿照内地的常平仓、社仓制度建立了公仓之制。在漠南蒙古哲里木盟、卓索图盟、昭乌达三盟设立粮仓，按各旗人数多寡来确定出粮定额，其中哲里木盟出粮107602.8石，卓索图盟出粮255136.8石，昭乌达盟出粮115521.2石，合计478260.8石。
清廷还仿照内地救灾的办法，建立了旗内互济、以富济贫的赈济制度，最大程度地降低蒙古在自然灾害的损失，“各旗偶遇灾年，本旗仓储之谷如不敷用，准其暂由邻旗借用，依限完缴入仓”。甚至还对蒙古地区进行了最大可能的移风易俗，旌表制度就是其中的典型，本来这是统治阶级利用被改造后的儒家文化通过表彰节妇、烈妇的道德控制手段，清廷居然也将其移植到了藩部地区，但从《理藩院则例看来》，在新疆蒙古的推行力度似乎特别大，“新疆各部落地方，如有妇女拒奸尽节者，随案声明，照内地例一体准其旌表”。
除此之外，还有票照制度、出境报备制度则都来自内地。
职官制度改造
清朝首先对藩部各族官员确定了品级，所谓“内外扎萨克各旗头、二、三、四等台吉、塔布囊，应用顶戴、服色、坐褥，照依内地一、二、三、四品官服用”。而那些管旗章京、副章京则按照内地都统、副都统“各降一等服用”。回部官员，以《回疆则例》看来，各城伯克从三品到七品都有。西藏的藏官在乾隆年间也被划入了官品之中，也是从三品到七品。
班禅额尔德尼
还有官缺制度、俸禄制度、回避制度等林林总总的制度都被引进。如回避制度，清代在回疆、西藏推行有限的回避制度，“凡本城阿奇木伯克及各城庄阿奇木伊什罕伯克均令回避本处”。在西藏，“大小番目及前后藏管事喇嘛”，不得在达赖喇嘛、班禅额尔德尼亲族中选补。
再如俸禄制度，蒙古地区的王公包括俸银和绸缎，回部王公按照蒙古例办理。而回部伯克的俸饷则是由养廉银和养廉地构成。值得一提的是有些伯克只给发养廉银，不给养廉地。
政治制度上划旗定界，建立基层社会组织
蒙古入清之前，就设立了鄂托克等组织，但终究是以管理部众为主，部落间并没有固定的界限。但清廷为了突出行政功能，对各部划定界限，规定其辖地范围，将变更行政界线的权力收归于理藩院，很有可能参照了内地行省的经验。
其在蒙古地区，为了加强对蒙古社会基层的管控，又参照内地的保甲制度，分别针对贵族和平民，建立了“十家长”和“族长”制度，在清查户口、税收、维持社会风气等方面发挥作用，“凡台吉等，每族各设族长一人，稽察本族内一切事务”，“十家设一长，专司稽察约束。有不设立者，将该扎萨克罚俸三月”。
刑罚制度的改造
藩部的刑罚制度在清廷的改造下也开始向内地靠拢。主要特征就是仿照内地建立了多级审判制度。主要是旗、盟、理藩院三级。其扎萨克为初级审判。原告不服，可以上诉至盟一级单位，再不服，可呈理藩院审理。一般的民事纠纷案件在旗、盟两级就可以消化，但一旦涉及人命大案，必须上报中央，交给理藩院和三法司核准：“蒙古之狱讼，各以札萨克听之，不决，则报盟长公同审讯，或札萨克判断不公，亦准造赴盟长呈诉。又不决，则将全案详送理藩院。”
设立办事大臣地区示意图
但在乾隆以后，发生了变化，随着定边左副将军、库伦办事大臣职位的设立，三级审判制度变成了旗、盟、将军（大臣）、理藩院的四级审判制度。
经济制度改造
经济制度的改造主要是在回疆地区，包括田赋、杂赋两部分。田赋有民田、官田两部分，“所纳米、牟、谷、糜之属，不一色”，除了岁粮之外，“并征普尔有差”。杂赋则有铜、铅、硫磺、棉花等实物，皮毛税、牲畜货物税等税收，为了有利于大一统，还在回部统一权量、货币以及其兑换比例。普尔钱“轮廓、孔方、鼓铸之法，一如内地，面用乾隆通宝汉字，以叶尔羌、阿克苏诸地名回字附于背”。
而西藏的财政虽然未收归中央，但清廷赋予了驻藏大臣总核管理的权力，“所有商上一切公用，令驻藏大臣总核”。在乾隆晚期驱廓护藏战役结束后，更是统一了西藏的货币，“卫藏久隶版图，原应通行国宝”，“所铸银钱，正面用汉字铸‘乾隆宝藏’四字，背面用唐古特字亦铸‘乾隆宝藏’四字，以昭同文而符体制”。
军事制度改造
以蒙古地区为例，外藩蒙古各旗其内部结构完全是对八旗制度的拷贝，内属蒙古更是按照八旗体制进行治理。而西藏建立的3000常备军，无论是在训练、装备、管理、营制上完全绿营兵丁，在兵种上分为鸟枪兵、弓箭兵、刀矛兵，兵丁俱穿号衣、剃发，驻藏大臣定时校阅，实行奖惩。
夺收藩部之权清代实行藩部一体化，就必定会逐渐夺取旧有贵族的权力，尽量将这些权力受归清廷所有。如在青海，雍正年间，平定罗卜藏丹津之乱，决定在青海和硕特蒙古不设盟长，设西宁办事达成莅临主持，虽然不过问青海蒙古的民政，但却将兵权牢牢抓在手里，“青海各部之兵统于西宁办事大臣”。
定边左副将军辖区示意图
而清廷也逐渐加强了对喀尔喀蒙古的管理。雍正十一年（1733年），清廷设立定边左副将军职务，先设治所于科布多，后搬迁于乌里雅苏台，亦称乌里雅苏台将军，负责喀尔喀四部及唐努乌梁海的军务，主要是负责军事，统领兵马。但据《清高宗实录》记载，其权限很明显超出了军事范畴，虽然寻常事件盟长自行处理，但关键事务以及调发兵马，盟长、副将军都要受到定边左副将军节制，可谓是位高权重。
这一重要职务长期被三音诺颜部策凌家族所把持，但在乾隆四十五年（1780年）以后，改由满蒙旗人担任，定边左副将军“并非世袭之职也，今乌里雅苏台将军员缺，业已补放庆桂”，率重要的职务，掌握在旗人手里更让清廷放心。
大约在乾隆二十七年（1762年）左右，清廷为了进一步削夺藩部权力，又设置了库伦办事大臣，其最初职能是负责处理与俄罗斯的贸易，“以司俄罗斯边务，东西会两将军理之”，嘉庆七年（1802年），库伦办事大臣又从定边左副将军手里得到了土谢图、车臣汗两部的军政监督权，重大事件都要由库伦办事大臣转奏。至此，库伦办事大臣取得了外蒙古东部的控制权。
而在司法权上库伦办事大臣还获得了土谢图、车臣二部落重大刑事案件的审判权，“土谢图汗、车臣汗二部落蒙古民人交涉人命盗案，由库伦办事大臣办理”。随着定边左副将军、库伦办事大臣的设立，清廷将喀尔喀蒙古的军事、司法、外贸、外交等权力控制在自己的手里。
与对喀尔喀蒙古蒙古不同，清廷对漠南蒙古诸部收紧权力的方式主要通过设立司官、赋予邻近官员权力来实现。这个过程是渐进模式，如乾隆十三年（1748年），清廷在乌兰哈达、三座塔分别设立司官，负责喀喇沁、翁牛特、土默特、敖汉、奈曼、喀尔喀等部落的“蒙古民人交涉事务”。其后清廷又在八沟、塔子沟设立理事司员以控制伊克昭盟、昭乌达盟、卓索图盟的司法体制。嘉庆十五年（1810年），四地的理事官还获得了当地的征税权。而那些理事司官的上级则隶属于热河都统，热河都统的司法权力扩大，清廷在内蒙东西完全建立了以司法权为核心的权力网络。
除此之外，清廷还在内蒙古设立驿站系统，设立驿站司员，“凡蒙古往来事件，专委料理，以归画一”。
对藩部部分地区进行内地化行政建置改革有清一代，去口外谋生的民人络绎不绝，虽然清廷颁布了封禁令，但仍然不能阻止这一趋势的发展。据《口北三厅志》记载，如察哈尔右翼四翼地界在雍正年间就已经垦地29709顷，“山谷僻隅，所居者万余”。在乾隆十二年（1747年），八沟以北、塔子沟等地，耕种的内地民人有“二三十万之多”。于是清廷借机在内地民人众多的内蒙古地界收回蒙古王公的地亩陆续设立州县体制管理，派流官进行管理，民人越多的地区，设立条件越好，设立速度越快，阻力越小。
设立州县体制一事，内蒙古由于离行省很近，垦种热情极高的内地移民迁入最为便捷，所以清廷在内蒙古的成绩很是斐然，州县体制在内蒙古诸盟纷纷开花结果。如哲里木盟，就设立了昌图、洮南、长春、新城四府；归化城土默特设立归化城、萨拉齐、托克托、和林格尔、武川、清水河等直隶厅；伊克昭盟设立东胜直隶厅；卓索图盟设立承德、朝阳二府；昭乌达盟设立赤峰直隶州等，清代在内蒙古设立的州县区域占内蒙古土地三分之一以上，光承德府就有78万人，可以得知其州县所管辖的人口已经远超盟旗所辖人口。
新疆省示意图
还有新疆，在准噶尔汗国灭亡后，由于北疆有绿洲农业，部分地区适合耕种，算是新疆的财赋之区。在清廷的鼓励下，内地移民也大量迁入，军屯、民屯兴起，清廷遂建立了以巴里坤、乌鲁木齐为中心的州县系统。在阿古柏叛乱被镇压后，清廷应左宗棠、刘锦棠的要求在新疆设省，“自光绪八年至二十八年，凡设道四、府六、厅十一、直隶州二、州一、县二十一、分县二。地东西七千余里，南北三千余里”。
这种改革至清末在几乎所有藩部铺开，清廷在西藏、外蒙也试图更进一步进行行政改革。清廷在光绪三十一年（1905年）以后在西藏初步形成了委员、九局（交涉、督练、财政、学务、巡警、裁判、工商、路矿、盐茶、农务）、参赞、驻藏大臣的多层体制。在喀尔喀蒙古自上而下设立了统捐、邮政、防营等机构。但与内蒙古、新疆相比，其社会基础和经济基础非常薄弱，基本没有发挥作用。
各区域条件不一，导致清廷对藩部一体化效果的差异清廷在新疆一体化措施最为顺利，内蒙次之，在漠北蒙古、西藏基本失败。造成这个现象的原因主要是各区域条件不一。想要藩部一体化，主要有三个因素决定其成败：一、清廷加强中央集权的要求。二、藩部内部是否有农耕经济的基础吸引内地民众前来。三、当地把持既得利益的贵族是否强大，对抗是否激烈。
以推行一体化极其顺利的新疆为例。首先，不管是北疆、南疆都有其农业的经济基础，在清廷的全力支持移民下，形成了以农业经济为主、游牧业为辅助得经济格局。其次，清廷消灭准噶尔汗国、平定阿古柏叛乱后，新疆虽然经过战火蹂躏，但原有的王公贵族势力在战火中已极其衰弱，当地贵族自保尚且不能，遑论对抗改革。第三，紧邻甘肃，获得协饷更加方便，可以给建省提供资金支持。所以，清廷外新疆建省极其顺利。
内蒙古虽然有贵族王公的势力可能成为一体化的阻碍，并且他们也排斥建省。但随着清廷对内蒙开放移民，加上长久以来清廷的州、县体制不断扩大，人口和经济占据了绝对优势，虽然建省没有成功，但总算是没有出现像外蒙古这样的状况。
喀尔喀蒙古示意图
但外蒙古和西藏就不一样了。喀尔喀蒙古历史上既没有农耕传统，距离内地过于遥远，这就意味着自发的移民基本不可能到达，加上距清朝政治中心过于遥远，又没有行省可以依靠，清朝对漠北政治控制力终究没有漠南强大，使清朝的一体化成了镜中花、水中月。
而西藏则是内地资源稀缺，自然条件恶劣，不具备拉动内地人口移动经济，再加上州县化不仅面积不够大，起步较晚，所以对西藏的设省也流于失败。
综合来看，在清廷的推动下，各个藩部在经济结构、文化面貌都出现了一体化的现象。清廷的藩部一体化措施尽管对各个藩部虽然效果不一，有些甚至流于失败，但确实在一定程度上巩固了大一统的局面。
