明建文四年（公元1402 ）六月，举兵谋反的燕王朱棣率靖难军攻入南京后，建文帝朱允炆无处逃生，纵火焚烧明宫，去向不明（一曰自焚而死，一曰潜逃藏匿）。
朱棣进入南京后，对建文忠臣或不顺从者大开杀戒，采用四方构陷、八方株连的办法，即史料记载的“瓜蔓抄”手段，先后将建文朝前后两任兵部尚书齐泰和铁铉、太常卿黄子澄、侍讲学士方孝孺、户部侍郎卓敬、左副都御史练子宁、大理寺丞邹瑾、大理寺少卿胡闰等大臣及其亲属全部处死，据记载前前后后、大大小小官员共计被杀害14000多人。就在这横流的血水中，朱棣以胜利者的姿态昂首登上了皇帝宝座，是为明成祖，改元永乐，并改其封地北平为北京，大兴土木，营造宫室，4年后下令迁都北京。
瓜蔓抄：经4年苦战，靖难之役告捷，朱棣终于取代侄儿朱允炆成为大明国君。即位之初，全国上下局势严峻，朱棣审时度势，采取严厉镇压与笼络怀柔的两手政策，以稳定动荡不安的政治局势，巩固皇位。
朱棣对建文旧臣采取两手之策，顺从的仍担任旧职，不从者格杀勿论。他将建文朝旧臣陆续抓捕后，表示服从者仍然留用，稍有不屈，就毫不留情痛加杀戮。朱棣和朱元璋一样，手段戾狠，对不服从者施以酷刑，不是击齿（打掉牙齿），就是割掉舌头、鼻子。甚至还有斩断手足 ，有些忠于建文帝的大臣被斩首后，还要诛灭其三族。
《明史》记载，左都御史景清，平时倜傥不羁，有志节。朱棣即位后，仰慕其声名，命他继续旧任。景清没有拒绝，仍然担任左都御史。有人见他如此顺从，就揶揄他贪生怕死，愧对先帝（建文帝）。对于非议，他毫不介意，亦不辩白。两月后的一天，他袖藏匕首上朝，欲刺杀朱棣，可惜未成，被卫士擒住。朱棣震怒，将他残忍处决，死后还剥皮悬挂于城门处，以吓阻后来者。事发后，朱棣下令夷灭景清三族，甚至连他老家的村子也都斩尽杀绝，鸡犬不留。这种空前绝后的恐怖大清洗，史书称之为“瓜蔓抄”，意思是顺藤摸瓜，一个不留，杀戮殆尽，先后被害者多达数万人。
诛十族：一代名儒方孝孺，是建文朝的辅臣。史载，燕王朱棣入南京后，他避而不见。燕王早就知道他是一代大儒，道德、学问誉满天下，于是强行召见他，他却满身缟素（披麻戴孝）而来 ，伏地大哭建文帝，涕泗横流，悲恸不已，朱棣恼羞成怒，将他逮捕下狱。
不久，当燕王准备登基称帝，欲拟即位草诏，群臣共推学富五车的文曲星方孝孺。朱棣只好再次召见，方孝孺又身着麻布重孝来见，仍伏地痛哭流涕，悲号不已。开始朱棣还好言相劝，再三请他草诏，方孝孺就是不肯。朱棣失去了耐性，命人铺好纸，将毛笔强行塞给方孝孺，方孝孺执笔在纸上狂草了几个大字，掷笔于地。朱棣定睛一看，纸上赫然写道：“燕贼篡位”。朱棣恼怒，恶狠狠地威胁道：“难道你不怕死吗”！
方孝孺毫无畏惧，厉声答道：“头可断，血可流，宁死也绝不草诏”。朱棣再问：“你不怕死，难道不怕株连九族吗”？方：“何说九族，灭我十族也不怕”。
朱棣震怒，持刀挑其口，割裂至两耳间，血流满地，仍觉不解恨，遂下令大肆搜捕方氏亲族。按古制，九族，指的是父族四辈、母族三辈、妻族两倍以内的亲属。而十族，自古没有此说，朱棣下令将方孝孺的朋友、同窗、弟子门生乃至左邻右舍街坊们一并抓捕，凑成十族。
当处死方孝孺十族时，朱棣命每杀一人前，先牵到方孝孺面前给他看，以此折磨方。方孝孺竟视而不见 ，一声不吭，至死不屈。最后被凌迟而死。有人说，朱棣寸磔方孝孺，“天下读书种子绝矣”。
《明史》载，方孝孺案被牵连诛杀的多达873人。其他类似惨案很多，四方构陷，八方株连，遇害者众多，以至有些地方“村舍为墟”，百十里鸡犬不鸣，绝了人烟。史称“瓜蔓抄”。
最后，成祖朱棣自己也喟叹曰：“乃父（朱元璋）三十年以来选攫的大臣竟被杀光了”。
燕王起兵，名为靖难，实则制造了更大、更惨绝人寰的灾难。有人读“明史”时掩卷叹息说：“暴秦虽虐，也仅只株连三族啊”！
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