在五六十年代，王恩茂负责新疆工作，不仅仅是地方，还有军区，是名副其实的地方党政军一把手。到六十年代后期，受到运动影响而离开工作十几年的地方，到七十年代初调任地委副书记，官职副厅职。
说到对新疆的贡献，第一个是王震，率领1兵团挺进新疆，建设新疆。在新疆工作没几年，王恩茂就接替负责新疆军、地工作，担任军区司令兼政委，自治区第一书记等职。
在1985年之前，新疆军区与北京军区、南京军区、沈阳军区一样位列大军区之列。
作为一名正军级中将，被提拔到如此高度，负责六分之一国土面积的行政区，从能力上来说也是不简单的。
新疆是一个多民族聚集地，增进民族团结是摆在第一位的，也是不容松懈的。地方建设以及政策扶持都是需要一位有能力的人来负责。
或许是复杂多变的环境下，使得党政军集于一身，更方便灵活处理问题。
在1966年以后，他的处境很艰难，丁盛曾经回忆：有人抓着他不放，批他。一个独立师的政治部主任带头，而且说一些子虚乌有的事情。后来，包括王恩茂等几个主要领导被接到北京，上级亲自来做工作，制定《十二条》，希望问题得到解决。
没多久，情况急转直下，他的工作再次无法展开。
此后，他就留在北京，到七十年代初期，被调去安徽芜湖地区担任副书记，可地方一些人不买账，他的话没人听，工作展开不了。
当时，丁盛在南京军区担任司令，俩人过去都在新疆工作，王恩茂担任自治区第一书记，军区司令兼政委。丁盛担任生产建设兵团副司令，司令，军区副司令兼生产建设兵团司令，俩人是上下级。
他的老战友廖汉生调去军区当政委后，还对他的工作展开是否顺利做出过努力。后来，他给中央写信，要求回军队工作，没有找别人代为转交信件，自己写一封信邮过去。没多久，改任他为南京军区副政委。他与丁盛在一个班子工作，此时俩人的身份不一样，人家是正职，他是副职。
随着特殊时期的结束，他的工作也迎来新调整，调去吉林负责地方工作。吉林过去地方工作，一直由一位军政委负责，后改为省革委会主任、第一书记。1977年，他被调离，王恩茂开始进行整顿，展开揭查批等，使得吉林工作进入正轨后。因新疆工作急需要一位负责人，他再次主政，1985年退居二线。
