1977年，空军和南京军区司令员都空缺，从级别来说，都是大军区级正职。可从实际情况出发，空军与海军、陆军被称为三大军种，不难看出空军司令与大军区司令还是有一些区别的。
很多人不知道，自空军司令人选上，很多人力主聂凤智担任，他在当时是南京军区副司令。
聂凤智在解放后转入空军任职，抗美援朝时指挥新空军部队打出了骄人战绩。此后，在南京军区空军担任司令，福州军区空军担任司令，后调任南京军区副司令兼空军司令。1967年中断工作后，到1975年恢复工作，上级原本就想安排他到空军担任要职，他认为自己脱离空军太久不合适，被安排为南京军区副司令。
从能力和战斗经历来说，没有哪一位空军将领的指挥经验有他丰富。抗美援朝初期，刘震短暂指挥过一段时间，大规模空战时聂凤智指挥。
1977年，空军换将时，副总长张爱萍就力主他为空军司令，俩人过去在一江山岛战役共事，对聂凤智的指挥战术很认可，认为他说空军不错的指挥员。
不仅有战绩，也有资历，上一任司令马宁在五十年代担任空军师长时，就在他麾下。
客观上，空军司令员的地位要高于大军区司令，他为什么没有调去空军，理由还是一样，自己脱离太久。空军是技术军种迭代太快，自己随着年龄增长已经不合适干了。最终上级将政委张廷发改任司令。张廷发在八十年代的职务虽然是空军司令，可当选政治局委员，分量很高。
此时，南京军区原司令丁盛离开，作为长期在南京军区工作的聂凤智，根据资历能力等，都是当之无愧的。因此上级考虑由他接替。
他担任司令员，或许许世友也是支持的。许世友是他的老首长此时在广州军区工作。许世友在离开南京之前，或许就计划着退下来的时候到南京休养。1980年他离开广州军区后，去了南京生活。在南京军区的很多重要会议上，都有许世友的身影，也都是聂凤智邀请参加等。
同时，他在整顿南京军区工作时，也对许世友与原副司令王、林、鲍过去的问题进行调解，希望他们都放下，向前看，做许世友的工作最多。
1982年，在南京军区工作5年后，光荣退居二线。
