清朝时期，西藏地区重点是和厄鲁特蒙古的和硕特部、准噶尔部联系密切，交往最为频繁，其关系形式从总体上说既互相利用又有斗争穿插在其中。值得一提的是，清时的蒙、藏关系并不局限在两个部族之间，第三方势力清朝的影响也不容忽视，最后不管是西藏地区还是厄鲁特蒙古活动的青海、新疆等地都成了清朝治下的藩部。所以说，就这一时期，绕开清朝谈蒙、藏关系是不可能的。

清初的蒙、藏关系还要从和硕特汗王固始汗入藏经略说起。在17世纪30年代，西藏藏传佛教的宗派格鲁派（以下皆称黄教）受到了驻牧在青海的喀尔喀蒙古却图汗和当地势力藏巴汗的威胁，两股势力都信奉噶举派（白教），并且还串通起来试图消灭黄教势力，对黄教威胁特别巨大，如果不做出反应，即要受到灭顶之灾。《安多政教史》记载：“木猪年（1635年，明崇祯八年），却图汗父子，红帽派饶降巴喇嘛等会商，决定同藏巴汗同心协力，彻底消除格鲁派，作噶玛巴和主巴的施主。”

当时的格鲁派的宗教领袖五世达赖阿旺・罗桑嘉措和他的第巴（执政官）索南饶丹迅速做出决定，立刻向驻牧于天山南麓的实力派和硕特汗王固始汗（清朝史书称其名为“图鲁拜琥”）求救。崇祯九年（1636年）初，固始汗在得到求援信后，立即出发赶往青海，率领10000余人在青海湖与却图汗的30000到40000余人的军队展开激烈交锋，最后以却图汗的全面败北而告终，却图汗被俘虏，“一战之下，他将土却的四万大军完全歼灭而无余”。其后，又率军进藏，分别于崇祯九年（1636年）和崇祯十五年（1642年）消灭了威胁黄教的白利土司和当地势力藏巴汗，至此，反格鲁派势力在固始汗的打击下完全灰飞烟灭，而固始汗也成了控制青海、西藏广大区域的汗王。

在藏族史书中对于固始汗南下入藏的原因充满了宗教化描绘，将固始汗描绘成了一个信仰虔诚，单纯为格鲁派打击异教徒的英雄。就比如说描述固始汗打击却图汗的桥段，其发兵动机是“固始汗不考虑自身安危，一心为了圣教”。之所以消灭藏巴汗，是因为藏巴汗在大兴土木的过程中，滚落的石头砸坏了格鲁派的僧舍，固始汗因怒而兴兵。《安多政教史》记载：“这时，正逢后藏第悉为了动工兴建大寺院，派乌拉们在扎什伦布寺后山上采石。大石滚向扎寺，砸坏僧舍等，圣师徒正处于非常苦恼之中。墨尔根噶居喜饶嘉措于兔年回青海后把他所见所闻的各种情况，详细向固始汗汇报，汗王极为愤怒。”

固始汗身为蒙古族的一代豪杰，当然不会是因为“信仰黄教”、“极为愤怒”这样的原因入藏，实际上这算盘打得精着呢？

图鲁拜琥

第一、从当时厄鲁特蒙古的内部形势来看，以巴图尔珲台吉为首的准噶尔部正在崛起，巴图尔珲台吉也是有远大志向的领袖，两雄相距，难免矛盾重重，这就让和硕特部的领袖固始汗有了另寻出路的想法。恰在此时达赖五世和其第巴的求救之托到达，与固始汗的想法一拍即合，这就有了其后固始汗入青海、藏区的行动。

第二、青海和西藏的条件适合安置和硕特部众，青海地区水草丰美，部分土地还适合耕种，足以养活和硕特部众。在入据藏区后，还能用西康的赋税收入来补贴青海部众的用度。

第三、固始汗入藏后从明面上来说对五世达赖十分尊敬，将藏地的赋税送与达赖喇嘛，但实际上军政大权皆是亲自掌握，直接控制这个佛教发祥地，在厄鲁特四部中一定程度上有着“挟天子以令诸侯”的意义。

总而言之，老谋深算的固始汗达到了阳奉达赖，阴则自强的目的，其后和硕特部就开启了对青海、西藏地区长达70余年的统治。《皇朝藩部要略》记载：“顾实汗袭青海据之，令巴尔喀木纳赋，复侵藏、卫，阳崇释教，阴自强。”

顺治十一年（1654年），固始汗逝世。长子达延汗于顺治十五年（1658年）继位。达延汗于康熙七年（1668年）逝世后，汗位又虚悬了两、三年之久。康熙十年（1671年），达延汗之子达赖汗继承汗位，达赖汗在位时间长达30年。就在和硕特蒙古汗位更迭之际，西藏地区的政治开始出现新的变化：五世达赖喇嘛和其第巴桑结嘉措开始渐渐不满于和硕特蒙古对于西藏军政独揽的统治，尤其是五世达赖的代理人任第巴的桑结嘉措特别渴望削除弱和清除和硕特汗王的势力，除了对西藏进行经济、宗教改革摆脱和硕特汗王的控制外，还与准噶尔部首领噶尔丹勾结，希望借准噶尔部消灭和硕特势力。

康熙二十一年（1682年），五世达赖喇嘛逝世。桑结嘉措隐瞒达赖喇嘛圆寂的事实，以达赖喇嘛的名义处理藏中一切事务，为了达到目的，尽力与噶尔丹勾结，在噶尔丹与清政府的战争中，对噶尔丹多次暗中相助。

罗桑丹贝坚赞

如在康熙二十七年（1688年），噶尔丹率30000骑兵入侵喀尔喀蒙古之时，桑结嘉措扮演了帮凶的角色，当喀尔喀蒙古土谢图汗、哲卜尊丹巴一世逃入清朝境内之时，桑结嘉措竟以达赖喇嘛的名义要清圣祖将此二人交于噶尔丹，这一无理要求被康熙皇帝直接驳斥，并表示对此意见是否是达赖喇嘛做出，表示怀疑。《清圣祖实录》记载：“第巴出语我曰：‘达赖喇嘛令奏圣上，但擒土谢图汗、泽卜尊丹巴胡土克图畀噶尔丹，则有利于生灵，此两人生命我当保之。’”

其后，桑结嘉措又在乌兰布通战役中变本加厉，让其麾下济隆喇嘛于高处张黄盖为噶尔丹诵经祈福。在噶尔丹战败后，又以谈判的名义掩护噶尔丹逃亡。《圣武记》说：“乌阑布通之役，为贼军卜，日诵经，张盖山上观战，胜则献帕，不胜则代为讲款，以误我追师。”

康熙三十二年（1693年），为了防止噶尔丹逃亡西藏，清朝在青海西宁一带驻军，第巴桑结嘉措竟然公然要求清朝撤兵，康熙皇帝对此无理请求极其愤怒，在谕旨中以严厉口吻批驳，“第巴乃外藩人，何敢奏请撤我朝兵戍，此特为噶尔丹计耳”。直到康熙三十五年（1696年），噶尔丹兵败身死，康熙皇帝终于从战俘口中得到达赖五世已经圆寂多年的消息，想起被欺骗这么多年，龙颜大怒，并命令第巴交代达赖喇嘛去世的经过，如果不能做到，就发兵征讨：“或朕亲行讨尔，或遣诸王大臣讨尔。尔向对朕使言四厄鲁特为尔护法之主，尔其召四厄鲁特助尔，朕将观其如何助尔也。”

第巴桑结嘉措诚惶诚恐赔罪，康熙皇帝对其态度比较满意，遂饶恕了他，决定不进兵青藏。但是，桑结嘉措在康熙心目中地位一落千丈却是事实。在和硕特部拉藏汗杀死第巴桑结嘉措后，康熙皇帝在谕旨中称其为“凶恶第巴”，可知此恨非浅。

康熙四十年（1701年），达赖汗去世。汗位被拉藏汗之兄旺札儿继承。两年后就被其弟拉藏汗毒死，拉藏汗继承汗位，统治西藏。终于西藏当局和和硕特部汗王的矛盾白热化。第巴桑结嘉措试图毒杀拉藏汗，失败后，拉藏汗迅速调动兵马杀死了桑结嘉措。《清圣祖实录》记载：“且曾毒拉藏，因其未死，后复逐之，是以拉藏蓄恨兴兵，执第巴而杀之。”

仓央嘉措

在桑结嘉措死后，拉藏汗又废除了其所立的六世达赖喇嘛仓央嘉措，并在送往北京的途中死去，立可能为其私生子的意希嘉措为转世灵童，并受到清政府的册封为六世达赖。但是这个六世达赖喇嘛遭到了西藏广大僧侣和和硕特蒙古在青海诸台吉的反对，他们另选幼童格桑嘉措为转世灵童，也向清帝奏请册封。清政府对此事极其重视，决定派员调查。

就在此时，更大的灾祸降临于藏地，准噶尔汗策妄阿拉布坦令其将策零敦多布率兵6000意图占领西藏，拉藏汗疏忽大意，再加上平时统治不得人心，拉萨城被里应外合攻破，拉藏汗被杀，拉藏汗所立的六世达赖喇嘛意希嘉措被废黜。至此和硕特蒙古统治西藏的时代结束。

准噶尔军在占领拉萨期间，烧杀掳掠，搜刮大量财富“搜各庙重器送伊犁”，其野蛮行为遭到西藏人民的强烈怨恨。康熙五十七年（1719年），清朝决定派兵入藏，命侍卫色楞领兵进剿准噶尔部队，因轻敌冒进，众寡悬殊，误中伏击，全军覆没。此败之后，青海蒙古和朝中诸大臣皆不主张再次入藏，康熙皇帝力排众议，决定再次发兵征讨准噶尔。《圣武记》称：“上以西藏屏蔽青海、滇、蜀，苟准夷盗据，将边无宁日，且贼能冲雪缒险而至，何况我军？”

康熙五十九年（1719年），清朝再次发兵入藏，“派满汉官兵及青海之兵”将六世达赖喇嘛送往西藏，驱逐准噶尔军，此次清军进驻西藏，受到了藏区民众的热烈欢迎，藏人虽为准噶尔军所迫，与清军作战，然“俱将鸟枪高放而过，当贼之背后，则向我等营中放空枪”。清军最后痛击准噶尔军，收复拉萨，策零敦多布率领残部逃回准噶尔故地。

清朝在正式接管西藏后，对西藏政体进行了改革，废除了原有的第巴体制和蒙古汗王体制，采取了若干噶伦共同处理地方政务的机制，加强了清政府对西藏的施政。自此西藏被正式纳入版图。而随着时代的推进，在康雍乾三代共同的努力下，准噶尔汗国灭亡，新疆并入版图，无论是蒙古族还是藏族都成了统一在一个政权下的民族。