19世纪，阿古柏出生于中亚细亚浩罕国（今乌兹别克斯坦）塔什干。他早年担任塔什干阿奇木（最高长官）近卫军百户长，后出任阿克米奇特（白清真寺）阿奇木。浩罕国胡达雅尔汗与买来汗争汗位，阿古柏狡黠地向二人邀宠，在胡达雅尔汗将领帐下立功，获青睐提拔，就此逐渐发迹。
在胡达雅尔汗的提拔下，阿古柏于安集延（现属吉尔吉斯斯坦）当上了浩罕王的帕夏，也就是总司令。不过阿古柏为人阴险善变，浩罕国的另一位统治者买来汗对他愈发不满，其手下将领毛拉艾力木库勒也对野心大的他存疑，使劲儿打压、排挤，还夺了他部分兵权。
1864年7月，受西北回乱波及，新疆各地穆斯林纷纷响应，起兵反清。维吾尔族宗教首领托合提马木提率先发难，占据了喀什噶尔城（今喀什市）。随后，柯尔克孜族阿奇木伯克（最高长官）斯迪克起兵参战，与维吾尔兵混战，最终击退托合提马木提，攻占了喀什噶尔回城（维吾尔族聚居处）。
斯迪克想拿下喀什噶尔汉城（现新疆疏勒），但觉自身兵力不够，便派合伙人排素巴特（现伽师）回民金相印等前往中亚浩罕国，请求浩罕王遣回原在南疆叛乱失败后流亡至此的畏吾儿贵胄布素鲁克和卓。浩罕摄政王胡达雅尔汗让布素鲁克潜回喀什噶尔，还让有所忌惮的阿古柏同行。此前阿古柏抗俄失败且参与推翻浩罕阴谋，为避胡达雅尔汗报复，主动协助布素鲁克回南疆。
1865年春，阿古柏领着少量军队，和布素鲁克到了喀什噶尔。柯尔克孜叛军首领斯迪克欢迎布素鲁克，却不满阿古柏不请自来。阿古柏自知兵力薄弱，面对冷遇不动声色，暗中在当地拉拢、收买了一群亡命之徒，武力驱逐斯迪克，攻占回城。接着又击退斯迪克五六千大军围攻，《维吾尔族史料简编》有相关记载。
历经此次挫折，柯尔克孜的势力被瓦解，斯迪克伯克逃至塔什干，投奔阿利姆·库里。阿古柏伯克针对柯尔克孜人的首轮战役，就此以胜利宣告终结。
阿古柏成功在喀什噶尔立足。此后，他迅速行动起来，积极地从俄国人手中购置军械，精心谋划作战方案，以图在南疆进一步扩张自身势力，巩固并拓展自己的地盘。
1864年8月左右，叶尔羌回民叛乱爆发。叶尔羌阿奇木伯克尼牙斯为保权位，纠集人马，既与清军交战，也和回军对抗。为抵御当地回民军与库车维吾尔暴动军联合进攻，尼牙斯密邀阿古柏进军。阿古柏觉得有机可乘，仅带500侵略军冒险深入。哈木丁率库车维族暴动军联合回民军猛攻，阿古柏军惨败，死伤数十，残敌跳墙逃命，阿古柏夜坠城墙险丧命，丢兵器帐篷后狼狈逃回喀什噶尔。
阿古柏在叶尔羌吃了大败仗，不过他手下倒是拿下了英吉沙尔。他们擒杀了清廷派驻当地的领队大臣托克托布、回务章京穆图善、提督依明阿等官员，还屠戮了1000多维、汉、回族百姓。意外得手英吉沙，让阿古柏有了新据点，他在这儿疯狂抢掠。
阿古柏让亲信把掠夺之物当作礼物，送往中亚浩罕国（乌兹别克）献给胡达雅尔汗王。礼物有九尊清军大炮、几位温婉汉族姑娘、9个俊俏维族男童、9匹蒙古骏马，还有几大箱金银元宝等。此后，攻下城池的阿古柏尝到好处，便纵容士兵大肆烧杀抢掠。
1865年，浩罕军阀阿古柏入侵南疆，清廷在当地统治摇摇欲坠。原本与清军对抗的库车暴动回军、维军改变策略，转而对抗外敌，这一决策颇为明智。7月，暴动首领热西丁派贺提甫父子率部从乌什出发，与加马里丁队伍在阿克苏会合，近两万人进攻喀什噶尔。大军在汗伊热克与阿古柏军激战，虽击伤阿古柏，却因对方装备优、经验足而未取胜，最终退回阿克苏。
1865年9月1日，阿古柏匪军拿下喀什噶尔汉城，守城清军大量战死。此前，喀什噶尔回城回民暴乱，清军守备何步云率3000绿营兵退守汉城坚守1年。阿古柏久攻不克，就用重金收买何步云。何步云受贿后，将汉城拱手让给浩罕侵略者，还把女儿嫁给阿古柏为妾。
阿古柏攻入喀什汉城后，悍然下达屠城指令。清办事大臣奎英、帮办大臣福珠凌阿等百余名文武官员惨遭杀害，城中满、汉、回、维等族数千军民几乎全被屠戮，场面惨不忍睹。
阿古柏借助布素鲁克和卓于南疆的影响力，还得到沙俄在背后撑腰，开始在喀什噶尔慢慢站稳脚跟。他巧妙利用各方力量，逐步巩固自身在当地的地位，为后续发展奠定了基础。
他在幕后不断巩固自身地位，巧妙运筹，仅用极短的时间，便将政权牢牢掌控在自己手中。这一过程如同一场精妙的棋局，他步步为营，最终达成目的。《阿古柏伯克传》
阿古柏把布素鲁克和卓晾在一边，权势越来越大，这让驻守喀什噶尔的吉尔吉斯人愈发不满。趁阿古柏外出攻掠失败，吉尔吉斯官兵兵变，拥立布素鲁克为汗，想除掉阿古柏。阿古柏得知后迅速回军，轻松攻入喀什噶尔城，逮捕处死主谋倭力罕，逼布素鲁克去英吉沙尔并囚禁他，巩固了在南疆地位。
没过多久，浩罕国王宫里有个叫玉努斯江的军官，带着被俄军打得惨败的七千多残兵，一路辗转到了南疆，投靠了阿古柏。这让阿古柏实力猛涨，他的军队在南疆成了一股让人胆寒的武装力量。
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