汉武帝征和元年（公元前92年）秋冬之交的一天，长安发生了一携剑男子欲闯皇宫的事件。当时汉武帝在建章宫远远望见这一男子正往中龙华门里走，因其行迹可疑，便命卫兵去捕捉此人。这人见势不好，弃剑而逃，卫兵们没有追上。

汉武帝十分恼怒，杀掉了负责宫门警卫的人，并调动三辅的骑兵入上林苑围捕，又关闭城门搜索，但没有结果，十一天后长安才恢复正常秩序。此事之后，巫蛊之祸便开始了。所谓巫蛊，是指男女巫师在下神时诅咒并将木偶人埋于地下，当时人认为这样可以加害于他人。巫蛊之祸起自朱安世，成于江充，公主、皇后、太子及很多人都因此而败亡。

朱安世是阳陵人，被朝廷追捕，一直亡命在逃。丞相公孙贺有个儿子公孙敬声为太仆，倚仗着自己的母亲是皇后卫子夫的姐姐，骄横奢侈不守法度，擅自动用了北军的一千九百万钱，后事情败露，敬声被捕入狱。当时汉武帝正为抓不到朱安世而焦急，公孙贺因而上奏自请去追捕朱安世，以此来赎敬声之罪，武帝允许了。

不久，公孙贺抓到了朱安世。朱安世听说丞相抓他是为了替自己的儿子赎罪，便笑着说：“丞相就要祸及家族了！”遂在狱中上书，揭发公孙敬声曾与卫皇后之女阳石公主私通，并在通往甘泉宫的驰道上埋下木偶人，恶言诅咒皇上。

征和二年（公元前91年）正月，公孙贺被捕入狱，审讯证实后，父子俱死在狱中，其家族皆被诛灭。武帝任命涿郡太守刘屈氂为左丞相，封为澎侯。

江充是赵国邯郸人，原来是赵敬肃王刘彭祖的宾客，因得罪赵国的太子刘丹而亡命潜逃，进长安上书揭发了刘丹的许多违法丑事，刘丹因而被废除了赵太子之位。武帝召江充入宫觐见。

江充容貌魁伟，衣着华丽，很有些与众不同，谈论政事，又深得武帝欢心，备受武帝的信任，武帝任命他为直指绣衣使者，让他督察皇亲国戚及亲近大臣中的越制奢侈行为。江充检举弹劾无所避讳，武帝认为他是忠心正直。

江充曾跟随武帝去甘泉宫，正碰上皇太子刘据的家使所乘的马车在皇帝专用的驰道上行驶，江充便将车马没收入宫。

太子得知后，派人向江充道歉说：“不是吝惜车马，实在是不想让皇上知道，此事都是我平时对下属管教不严所致，希望江君能原谅这一次。”

江充不听，还是将此事上报了武帝。汉武帝非常赞赏，认为作为大臣就应该像江充这样行事，于是对他更加重用，江充威名震动京师。他与太子间也因此事产生了很深的隔阂。后来，卫皇后之女诸邑公主、阳石公主及皇后的弟弟卫青之子长平侯卫伉都因受巫蛊之牵连而被处死。

汉武帝与卫皇后及太子的关系蒙上了一层阴影。当初，汉武帝二十九岁时才生了戾太子刘据，武帝非常喜爱，太子之母卫子夫后来被立为皇后。太子长大之后，性情仁和谨慎，武帝嫌他缺乏才能，不像自己。以后武帝所宠爱的王夫人生了刘闳，李姬生了刘旦、刘胥，李夫人生了刘髀，所以武帝对皇后和太子的宠爱逐渐淡漠，皇后和太子内心也常感到不安。

汉武帝发觉后，对皇后的弟弟大将军卫青说：“汉家制度均属草创，四方夷狄又骚扰中原，我如不变更完善各项规章，后世就无法度可循；如不出兵征讨夷狄，天下就不能安宁，为此就不得不要烦苦百姓。后世如果还像我这样干，就是重走秦朝覆亡的老路。太子敦厚稳重好静，必能安定天下，不让我担忧。要寻求能够守成的君主，没有比太子再好的。听说皇后和太子有不安之意，不知真否，你可把我的意思告诉他们。”大将军卫青听后叩头感谢。皇后听到转告后，除去头饰向武帝赔罪。

太子常劝谏汉武帝不要兴师动众征伐四夷，汉武帝笑着对他说：“我把劳苦担当起来，把安逸留给你，这不挺好吗？”武帝每次出巡，总把大事托付给太子，宫内之事托付给皇后。他们所处理决断的事情，武帝回来后，拣要紧的向武帝汇报，武帝也没有什么不同的意见，有时连问也不问。

汉武帝用法严酷，任用的多是酷吏，太子为政宽厚，常令重审案件以从轻处置，虽然深得百姓人心，但执法的大臣们都很不高兴。

皇后担心时间长了会惹恼武帝，常劝诫太子将案卷留下听从武帝自己发落，不该擅自自己从宽处理。武帝听说后，赞赏太子的做法，而对皇后不以为然。群臣中的宽厚长者都归心于太子，而严酷用法者却诋毁他。当时奸臣结成党羽，所以对太子的赞誉少而诋毁多。卫青死后，不少大臣因太子不再有外戚做靠山，加上又私下揣摩武帝喜欢少子刘弗陵，所以争相陷害太子。

晚年的汉武帝与皇子们关系疏远，连皇后也很难见到皇帝。一次太子拜见皇后，很长时间才出来，黄门宦官苏文向武帝报告说太子与皇后宫的宫女嬉戏。武帝便把太子宫的宫女增加到二百人。太子后来知道了其中的原因，对苏文恨之入骨。

苏文与小黄门常融、王弼等宦官常偷偷打探太子的过失，然后添枝加叶夸张地报告给武帝。皇后知道后恨得咬牙切齿，让太子禀报武帝诛杀苏文等人。

太子说：“只要谨慎无过，何必怕苏文等人。皇上英明，不会相信邪佞之言，不用过于忧虑。”

一次武帝身体偶有不适，让常融去召太子。常融谎报说：“太子听说陛下有病面有喜色。”武帝默然不语。及太子来到，武帝仔细观察，发现太子有哭泣的泪痕，表面上却装出说笑的样子。武帝很奇怪，就故意心不在焉地询问，得知了实情，于是杀掉了常融。皇后平时做事也很谨慎，避嫌自防，虽然长时间不被宠爱，却还是能被武帝礼遇。

当时很多方士、神巫都聚集在京师，大都是以旁门左道蛊惑人心。各种法术，无所不为。女巫们来往皇宫之中，教给宫女们逢凶化吉的巫蛊之术，各屋中都埋下木偶人祭祀。宫女之间因嫉妒而相互咒骂时，便常常告发对方用巫蛊之术诅咒皇帝，是大逆不道。武帝大怒，所杀后宫宫女及大臣有数百人之多。

此后武帝自己心里也常疑心重重，一次武帝白天昏昏人睡，梦见有好几千个木头人持木杖要打自己，一吓便惊醒了，自觉得了大病，精神恍惚，头脑健忘，为此武帝非常苦恼。

当时江充认为自己与太子和皇后卫氏家族有宿怨，又见武帝已年老，担心武帝死后自己会为太子所杀，便心生奸计，说武帝的病根是巫蛊作祟，以借机陷害太子和皇后。

武帝于是命江充负责清查、审理巫蛊之案。江充带着胡巫在长安城中到处掘地三尺，寻求木偶人，逮捕那些施行巫蛊术诅咒和夜里祭祀的人。他令胡巫在预先埋下木偶人的地方暗作标记，然后让胡巫再来当众视鬼，并就地掘出木偶人，接着便抓人刑讯，用烧红的铁钳灼烤被抓之人，强迫他们认罪。百姓们被迫转相诬告，官吏们就上奏说他们大逆不道，从京师、三辅连及很多郡国，因巫蛊罪牵连被杀的前后有好几万人。

当时汉武帝年老多疑，常常无故怀疑周围的人用巫蛊术诅咒自己，被怀疑的人不管有无此事，都不敢申诉辩冤。江充看准了这点，便进而提出要到皇宫中去清查巫蛊。

江充让胡巫檀何对武帝说：“皇宫有蛊气，不除之，皇上的病还是好不了。”

于是武帝便派江充进入宫禁之内，拆毁皇帝的御座，掘地求蛊；让按道侯韩说、御史章赣、黄门苏文等人协助江充。江充等人先从那些后宫中被武帝冷落的妃子处查起，然后依次查看皇后宫和太子宫。他们在地上横挖竖掘，一片狼藉，太子、皇后连放床的地方都没有。

江充声称在太子宫中挖出的桐木人尤多，而且还有帛书，内容悖逆不道，应当奏报皇上。太子被逼，忧心恐惧，问太子少傅石德该怎么办。石德也担心自己身为太子的老师会与太子一同被杀，因此对太子说：“以前丞相公孙贺父子、两位公主及卫氏家族的人都因巫蛊获罪，如今胡巫和使者们从地下挖出了木偶人，是胡巫为了陷害而预先放置的，还是原先真有，你自己已不可能向皇上解释清楚了。我看只有假传圣旨逮捕江充等人，彻底查清他们的奸诈。皇上卧病在甘泉宫，皇后和您派人去多次问候请安都不知道确切情况，皇上现在是死是活尚且难说，而奸臣又如此逼迫，您难道不记得秦始皇太子扶苏的事情吗！”

太子刘据听后犹豫不决，不敢擅自举动，打算亲自向武帝赔罪解释。但江充对太子的逼迫特别急，太子又想不出别的好办法，便不得不采纳石德的主张。

七月初九，太子派自己的门客装扮成皇帝的使者，逮捕江充等人。按道侯韩说怀疑使者是假的，不肯服从诏令，被当场杀死。太子亲自赶到现场斩杀江充，骂道：“贼奴！先前你败坏了赵王父子的关系还不够，现在又来败坏我们父子的关系！”太子又在上林苑中把那些胡巫用火烧死。

太子派舍人无且持符节夜入未央宫长秋门，奏明皇后，调出宫中车马运载弓箭手，发放武库中的兵器，又调发长乐宫的守卫军队。长安城人心骚动，传言太子已反。苏文逃归甘泉宫，向武帝报告了太子的举动。

汉武帝认为太子是一时恐惧，又愤恨江充等人，所以才有变乱之举，便派使者去召太子前来。使者不敢前往，回报说：“太子谋反已确定无疑，还要杀我，我是逃回来的。”武帝闻听大怒。

丞相刘屈氂获知太子谋反，拔脚而逃，连丞相的印绶都没来得及带走，派丞相府的长史急速赶往甘泉宫向武帝告变。武帝问丞相在干什么，长史回答说；“丞相想封锁消息，尚未敢发兵。”

武帝发怒说：“事情纷扰到如此地步，还说什么封锁消息！丞相难道没有周公的气魄，周公不是把管叔和蔡叔都杀掉了吗？”

于是武帝赐给丞相加玺诏书，命令扑灭叛乱，凡捕杀反叛者，必有奖赏，以牛车为掩体，避开短兵相接，以免杀伤太多；坚闭城门，别让反叛者逃走。太子也召集百官宣令说：“皇帝在甘泉宫病重，可能有什么不测，奸臣们想乘机作乱，所以才有这样的非常举动。”

武帝闻知，从甘泉宫移到城西建章宫坐阵，下诏调发三辅附近各县兵丁，由丞相统一调遣指挥。太子派使者假称圣旨赦免长安中都牢狱中的囚徒充军，命石德、张光等人分别统领；又派长安囚徒如侯持节前去调发长水和宣曲的胡人骑兵来长安会集。

汉武帝也派侍郎马通去调胡人骑兵，正遇上如侯，马通告诉胡人如侯的符节是假的，不能听从。杀了如侯后，马通率领胡人骑兵进入长安。武帝又调水军士兵交与大鸿胪商丘成统领。

太子乘车来到北军军营南门外，发给护北军使者任安符节，令他调动军队出战。任安恭敬地接受符节后，返回军营，但闭门不出。

太子无奈，率军而去，驱赶着几万市民来到西门城下，与丞相刘屈氂的军队相遇。双方大战开始，直打了五天五夜，死伤好几万人，鲜血流入路旁的沟中，民间都说太子是造反，所以众心不附太子，转而投向丞相的人越来越多。战至七月十七日，太子兵败，向南逃奔覆盎城门。司直田仁率部把守城门，他认为太子与皇帝毕竟有父子之亲，不想逼迫太急，于是太子得以夺门出逃。

刘屈毫要杀田仁，御史大夫暴胜之对他说：“司直是二千石级的官，应当上报请求后再处置，怎能擅自斩杀！”

汉武帝闻知大怒，派人责问暴胜之：“司直放跑反叛者，丞相杀他是奉法行事，你为什么要阻止？”暴胜之畏惧自杀。

汉武帝派宗正刘长、执金吾刘敢奉策收回皇后的玺绶。皇后自杀身亡，黄门苏文等人用小棺木装殓，草草埋在桐柏，皇后卫氏家族被灭绝。

武帝认为任安是个奸猾老吏，见双方动武，骑墙坐观成败，然后再依从胜者一方，有二心，与田仁同被腰斩处死。凡出入过宫门的太子宾客，全部处死；追随太子出兵的，以谋反之罪灭族；被胁迫的军吏士兵，一律流放到敦煌郡。马通因杀如侯，封为重合侯；长安男子景建随马通抓获石德，封为德侯。因太子尚逃匿在外，加强了在长安各城门驻扎军队的防范。

太子逃出长安后，向东跑到湖县，藏匿在泉鸠里一户人家之中。主人家贫，靠贩卖鞋子来供养太子一家。太子有熟人在湖县，听说其家中富足，便派人去找他，结果被官府发现。

八月初八，兵吏围捕太子。太子自度难于再次逃脱，随即进入屋内，插上门，自缢身亡。士卒山阳人张富昌急忙踹开门，新安令史李寿赶上前抱住太子，将其解下，但人已毙命。跟随太子逃亡的皇孙也同时遇害。

巫蛊之祸并未因太子刘据的自杀而结束，征和三年（公元前90年），内者令郭穗又上告丞相刘屈氂的夫人也从事巫蛊活动诅咒皇帝，并且刘屈氂还与贰师将军李广利一起祭神祈祷，打算立昌邑王刘髀为帝。调查验证后，定为大逆不道罪。

六月，将刘屈游街示众，在东市腰斩处死，其妻小在华阳街枭首示众，并将李广利妻小也逮捕入狱。李广利当时正率军与匈奴作战，闻讯后，便投降了匈奴，所率的七万人马全军覆灭。武帝闻知，又灭了李广利的宗族。巫蛊之祸的影响甚至远及汉朝边地。

开始武帝对太子反叛事件愤怒不已，连年不断地穷治巫蛊之案，诛杀尤多，群臣人人恐惧；后来经调查核实，才渐渐知道吏民间相互告发的巫蛊诅咒案件多不是真有其事，太子也是因惶恐无以自明才杀了江充，并无真的谋反之心。

田千秋紧急上书，托梦言而为太子鸣冤。田千秋说他曾梦见一个白头老翁告诉他说：“儿子擅自调动父亲的军队，只不过当受杖笞之罚。天子的儿子误杀了人，算得上什么罪？”

汉武帝听后醒悟，召见田千秋说：“父子之间的事情，外人是很难说什么的。只有你指明了其中的不当之处，这是高皇帝庙中的神灵托梦让你来告诉我，你应当成为我的辅佐。”

当时任命田千秋为大鸿胪，并命人族灭江充的全家，将苏文在横桥上烧死，原在泉鸠里加兵刃于太子尸体上的人，先前被任命为北地太守，现在也被诛灭全家。

经过巫蛊之祸，武帝的皇后、太子和太子的三子一女都同时遇害，武帝暮年遭此家庭惨祸，精神上受到了很大的创伤。他可怜太子无罪而死，专门修建了思子宫，又在湖县修建了归来望思之台，以寄托自己的哀思。天下人知道后也很悲伤，以至很多年后还有人诈称是卫太子（因为太子母亲姓卫，故称），蛊惑人心，以求富贵。

汉昭帝始元五年（公元前82年），汉武帝死了六年以后，有一男子乘小黄牛车到未央宫北门，自称是卫太子，公车将此事上奏。

汉昭帝下诏令公、卿、将军一同去辨认真假，长安城中吏民围观者有好几万人。右将军率兵戒备皇城下，以防非常。前来辨认的官员，没有人敢断定这个卫太子是真还是假。

京兆尹隽不疑后到，到后即命吏卒将此人抓起来。有人对他说：“此人是真卫太子还是假卫太子尚难断定，应等等再说。”

隽不疑说：“这么担心卫太子！太子得罪于先皇武帝，即便逃亡不死，今来自投，也是罪人！”遂将此人押入牢狱。

汉昭帝和大将军霍光对隽不疑的做法非常赞赏。后经过审问，果然是他人诈称卫太子。这人本名叫成方遂，夏阳人，后移居湖县，以卜筮为业。

有个卫太子原先的舍人曾找成方遂问卜，对他说，你的相貌和卫太子差不多。成方遂听后遂冒称自己是卫太子，想借此求得富贵，不想最后却丢了 性命。