乾隆三十六年（1771年），福隆安之父傅恒在二十三年前临危受命、率军平定了土司变乱的川西大小金川地区（今四川阿坝州）再次发生了叛乱，大金川现任土司索诺木与小金川土舍僧格桑（小金川现任土司泽旺之子、实掌小金川大权）联手起兵反清。
大小金川乱局再起之后，乾隆帝立即布置新一次的‘征伐金川’军事行动；而出兵征讨之事首先就需要中枢军事机构的全盘参谋策划和工程建筑机构的军需后勤准备；此时，朝廷兵部事务因故暂无兼管官员，所以乾隆帝便命女婿、和硕额驸福隆安以工部尚书的身份，在当年五月暂行兼管兵部事务，负责调派军队、铸造火器、修建后勤运输器械等一应战前准备事宜。
从当年九月开始，乾隆帝开始从各地调兵遣将、任命征伐金川的前线统兵将领，先后派兵部侍郎、军机处行走桂林（人名），武英殿大学士温福，参赞大臣阿桂，正白旗护军统领、兼管健锐营事务明亮（福隆安的堂兄、傅恒庶长兄广成之子）前往四川，率军出师征讨大小金川。
而在奉诏出征、于金川军中并肩作战的，还有富察氏家族的其他几位成员——福隆安堂弟、领队大臣奎林（傅恒四兄傅文之子、明瑞之弟），另一位堂弟、三等侍卫明仁（傅恒次兄傅清之子），以及亲弟弟、领队大臣福康安（傅恒第三子、将来的一等忠锐嘉勇公）。
清军二次出征大小金川之后，起初获得小胜，顺利占领小金川辖地；但在之后攻打大金川的过程中，清军因疏忽轻敌而遭遇重大挫折——乾隆三十七年（1772年）五月，四川总督桂林因指挥不当导致清军兵败墨垄沟、丧师数千人，小金川得而复失。而因为此败，金川前线的将领们相互推责、彼此攻讦，以掩饰应负的罪责。
接到前线将帅相互举报揭发的弹劾奏折后，乾隆帝大怒不已——大敌当前不知道协作配合、尽心尽力指挥作战，反而因败阵而内讧争斗，这简直是不知轻重、贻误战机。
于是，乾隆帝命在后方主持军需器械供应的工部尚书兼管兵部、和硕额驸福隆安迅速赶往四川，接管当地军务，并彻查前线将领内讧之事。
奉命抵达四川军中后不久，福隆安就查清楚了因‘墨垄沟之败’而造成的前线将领内讧之事，军中将领相互所弹劾之事多有不实，大部分属于构陷；但将帅们多次在军中饮酒导致误事、又贪图安逸不与士卒同甘苦、在指挥作战中发生严重失误导致士兵多有伤损之事确实属实；于是，福隆安火速上奏乾隆帝，将事情原原本本地汇报明白，并请求乾隆帝将前线将帅分别治罪，以儆效尤。
因为福隆安的奏疏中证据确凿，诸将帅‘用兵不利、行事不谨’的过失的确存在，于是乾隆帝先将主将桂林罢职、充军戍守伊犁，以北路军副将阿桂代领大军；其他将领则或免职、籍家产，或以‘劳师无功、迟回坐误’的理由秋后算账，赐自尽。
福隆安赶赴四川、奉旨彻查完军中‘内讧攻讦’之事后就返回了京师；而因此次办差干脆利落地圆满完成，福隆安受到了岳父乾隆帝的特别嘉奖，并在次年、即乾隆三十八年（1773年）四月加太子太保衔，九月兼管崇文门税务，十月又兼任正白旗满洲都统，身上的官衔差事是越来越多（这种超常的晋升待遇，也只有将来的和大人才能相比了）。
而乾隆三十七年（1772年）年中从川西办差完毕、赶回京师之后，福隆安奉乾隆帝之命，主持编撰了对于清朝中枢来说非常重要的《钦定八旗通志》，这是将满洲八旗各氏族的起源、发展、传承历史，以及八旗制度建立后的相关档案资料全部详细收集记录、编纂成书的一部重要史料。
在‘通志.氏族志’一篇中，福隆安把满洲姓氏中的‘佟佳氏、瓜尔佳氏、马佳氏、索绰罗氏、赫舍里氏、富察氏、那拉氏、钮祜禄氏’这八大姓列为了第一等的姓氏，当然，福隆安借着这个好机会，将自己所属的富察氏，理所应当地编入了‘满洲八大姓’之中，这就是他的私心了。
后来，和硕和亲王弘昼在奉旨编撰《八旗满洲氏族通谱》时，也沿用了福隆安所编的《钦定八旗通志.氏族志》里的第一等八家满洲姓氏的顺序，全盘照抄；从这个时候开始，清朝就有了‘满洲八大姓’的称谓说法。
回到之前——福隆安回京后，新任北路军主将阿桂肩负起了接手大军、继续攻伐大金川的重任。乾隆三十七年（1772年）十月，阿桂与戴罪立功的明亮（因为在内讧事件中偏袒主将桂林而被降职）再度出师攻打小金川叛军，顺利攻取僧格宗，直逼小金川美诺官寨。
当年十二月，阿桂因功被乾隆帝实授定边左副将军、内大臣，明亮也晋升为一等侍卫、领队大臣、副都统；当时，金川前线的全军主帅、定边将军温福（由定边右副将军晋升定边将军）、定边右副将军丰升额（阿里衮之子）与阿桂、明亮汇合，直取小金川美诺官寨，经一昼夜苦战后攻克美诺，小金川土舍僧格桑逃入大金川，小金川土司泽旺就擒后械送京师斩首示众，小金川至此全部平定。
乾隆三十八年（1773年）二月初十，为彻底平定大金川，主将温福率军由功噶尔拉改道昔岭（四川小金县西北），驻军于木果木（四川金川县卡撒乡）及底木达（四川小金县抚边乡），与大金川蕃兵长期对峙。
但在当年六月初一，趁清军久战后疲惫疏忽的的大金川蕃兵先出兵偷袭准备不足的底木达清军，击杀清军守将、提督董天弼。六月初九，温福在木果木的大营木栅也被蕃兵攻克，坚守大营的温福在率军抵抗时左胸中枪不幸阵亡，木果木大营失陷。
乾隆三十八年（1773年）八月，在避暑山庄的乾隆帝得到了大金川兵败、温福阵亡的消息；震惊万分的乾隆帝回过神来后决心继续出兵、一定要降服大金川，完成朝廷对川西的绝对控制。
当月，奉乾隆帝旨意已经升为定西将军、全军主将的阿桂与升任定边右副将军的明亮、丰升额率军出南路攻打小金川，分兵两路进攻，顺利夺取别斯满、帛噶尔角克、底木达、布朗郭宗等官寨，在十一月二次攻取了小金川美诺官寨，恢复小金川全境。
乾隆三十九年（1774年）正月，阿桂、丰升额、明亮合兵进军大金川，预备彻底消灭叛乱的大金川索诺木势力；而索诺木见清军来势汹汹、兵锋锐利，于是不与清军直接交战，而是占据各地险隘，广建险峻难攻的碉楼，阻拦清军的前行道路，又时刻偷袭清军后方。因此，阿桂、明亮等人与大金川叛军进行了长达一年多的艰苦消耗战。
因为大金川地区的碉楼防守严密、地势险要，十分险峻难攻，为了尽快找出攻打这种防御工事的最佳方法和熟练的攻城技术，经乾隆帝下旨指示，身兼工部、兵部两要职的福隆安主持在京师西郊按照大金川碉楼的实际样式，修筑了许多一比一的模型，再选派‘健锐营’士兵日夜操练攻打演习，以找出正确的攻城方式。
另外，福隆安又以工部尚书的身份，派出了大批工部工匠赶赴川西，在当地前线直接铸造攻打碉楼所需的重炮，以节省运输开支和铸造成本。
经过前方后方人员的共同努力，至乾隆四十年（1775年）四月，在多次激烈地战斗后，事先操练演习、有了攻打碉楼经验，且攻城重炮也铸造完毕的清军终于攻克了大金川要地萨克萨谷山梁及日旁等堡寨。七月间，阿桂率军攻陷大金川首寨勒乌围，索诺木退守最后的据点噶拉依，但只剩下苟延残喘之势了。
就在这一年，福隆安的堂弟，与明亮、奎林、福康安等堂兄弟一起出征金川的一等侍卫明仁，在金川军中不幸去世（或者是战死），光荣的成为富察氏家族中又一位征战沙场、马革裹尸的成员。
而在阿桂、丰升额、明亮三路大军的围攻之下，困守噶拉依绝境的索诺木在走投无路之下，鸩杀了潜逃而来的小金川首领僧格桑，献尸向清军请降；但清军阿桂不接受索诺木的投降，一定要将大金川叛军全部剿灭、以彻底清除反叛势力（乾隆帝的指示，不做就不做，要做就做绝）。
乾隆四十一年（1776年）正月，噶拉依官寨在清军的不间断重型火炮攻击下终于告破，叛军首领索诺木束手就擒；历时五年之久、清军出兵六十万，朝廷耗帑银七千万两，伤亡官兵数万的（第二次）大小金川之役，宣告正式结束。
乾隆四十一年（1776年）四月，阿桂、丰升额、明亮等平定金川有功将帅班师回朝，乾隆帝则亲自到城南的良乡‘行郊迎礼’，迎接将士们胜利返京；而进城之后，乾隆帝还让诸将‘入紫光阁，行饮至礼、赐御礼’。
当年年底，乾隆帝再度酬功诸将，御定“平定金川前五十功臣、平定金川后五十功臣”，并绘制《平定金川前五十功臣、后五十功臣》画像，悬挂于紫光阁内，以示嘉功壮威之意。
在‘平定金川前五十功臣’中，富察氏家族成员（李荣保系）有四人上榜——定边右副将军、一等襄勇伯、成都将军明亮排名第三；兵部尚书、一等忠勇公、和硕额驸福隆安排名第六；领队大臣、一等承恩武勇公加一等男、都统奎林排名第十一；领队大臣、内大臣、都统、户部侍郎、三等嘉勇男福康安排名第十三。
而‘平定金川后五十功臣’中，富察氏家族成员（李荣保系）也有一人上榜——原头等侍卫、加赠副都统明仁，因征战金川途中亡故于疆场，为恤其功，乾隆帝钦定明仁为‘后五十功臣’第十一位。
其他人的‘平定金川’军功都好理解——或者是作战克敌有功，或者马革裹尸予以追恤；但福隆安绝大部分时间内都在京师，并没有上金川前线，为什么也被乾隆帝钦定为‘平定金川前五十功臣第六名’呢？
这倒不是乾隆帝看在福隆安和硕额驸、自己女婿身份的面子上有心照顾抬举他，福隆安的的确确是在征伐金川的过程中出了大力，也为清军最后彻底平定大小金川做出了自己应有的贡献。
首先，在第一任主帅桂林因‘墨垄沟之败’而导致军中将帅相互攻讦内讧、导致军心不稳、有可能造成前线大军再次溃败时，是福隆安奉旨驰赴金川，快速而圆满地调查清楚了事件的原委，并在第一时间向乾隆帝递交奏疏、做出自己对此事的处理建议，因而稳定了金川前线的军心和士气，为将来清军在阿桂、明亮的率领下重整旗鼓、卷土重来，取得最终胜利提供了了先决条件。
其次，在圆满完成调查任务，返回京师后，福隆安又奉旨以管理兵部、工部的身份，做好了本职工作，在京师建造专门的金川碉楼模型，调派指挥‘健锐营’军士日夜演习操练，以便将来在金川实战时能熟悉地形、顺利攻克险峻坚固、给清军造成重大损失的碉楼群（实际上也确实是这个满意结果）。
另外，福隆安是工部、兵部尚书，而攻打金川碉楼需要大量的重炮和实心炮弹、以及炮车炮架，如果这些军械物资都在京师工部工坊制作、由兵部接受转运到金川的话，不但耗资巨大，而且转运非常困难。而福隆安以工部尚书身份，秉承乾隆帝谕旨，派出工部相关工匠赴川西当地直接铸造重炮与炮弹，从而节省了大量的运输开支和铸造成本，这也是一项功劳。
所以，因为上述‘查勘建功、勤勉办差’的原因，福隆安才被岳父乾隆帝列为‘平定金川前五十功臣’、排名第六位，画像紫光阁；这也是他应得的荣誉。
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