1941年12月，日本发动太平洋战争，此时陆军共编成五十一个师团，其中本土驻军四个师团，分别属于东部、南部、西部和北部四个军管区。各个军管区司令部归防卫总司令部指挥，其上是大本营陆军部。随着战争形势的不断变化，日本在本土的驻军数量，也随时改变。

太平洋战争初期，日军频频得手，攻占了南洋各国和太平洋中很多岛屿，将美、英、荷等国军队击败。而随着1942年6月中途岛海战日军战败，美军开始反攻，日军不得不将其它地方的军队调到太平洋战场。国内驻军也接二连三调往南洋，以加强南方军的实力，到1943年11月，原先驻防本土的兵力只剩下第7师团。面对美军的攻势，日军大本营最初判断对手下一个目标是西南诸岛，1944年3月，直属大本营指挥的32军在西南诸岛组建。

1943年7月以后，日军大本营判断美军有可能从阿留申群岛和千岛群岛方向对日本本土进攻，于是，为了加强北海道等北方地区的防务，日军在北部军管区所属部队基础上编练新部队。1944年3月16日，第27军创建，下辖第42、91两个新建师团。为加强本土防卫，1944年7月6日，日军大本营在步、骑、炮、工等各种军事院校与教导队为主体，组建了第81、93两个师团。在原先本土师团留守人员基础上，施行战时动员体制，组建了第44、72、73、77、84、86、近卫第3等七个师团和坦克第4师团。

本土组建新部队的同时，日军陆续将太平洋战场精锐师团调回国。1944年7月21日，日军又组建第36军，下辖坦克第4、步兵第82、93等三个师团，其主力集结于关东地区。1945年1月16日，日本大本营下令调关东军所辖的步兵第11、25、57和坦克第1等四个师团回本土驻守。1945年，已经苟延残喘的日军，还想做困兽犹斗，分别在2月28日、4月20日和5月23日，进行了三次兵备动员，组建了四十五个师团，可是由于武器生产跟不上，只有八个师团有较强的火力。

日军在投降前夕，本土驻军由1943年底的一个师团，通过从各战场调回十一个师团，以及改编留守军人和动员军事院校、预备役人员等组建的五十七个师团，共计六十九个师团，这就是日军准备与美军进行所谓本土决战的兵力，约占日军师团数量的40%。截止到1945年8月，日本用于本土防御的总兵力达到235万人，其中有两个坦克师团，四个要地防空师团。此外，还有225万名陆军后勤人员，130万海军后勤人员，25万名特别守备部队，以及2800万人的民兵和准军事人员。

二战时日军没有将空军设立为独立军种，空中力量属于陆军航空队，此时在本土还部署约1000架普通飞机和1600余架自杀飞机，主要防卫地域为九州和四国。可是，已处于日暮穷途状况的日本法西斯，这时候无论怎么折腾，最终逃脱不了失败的命运。