1、伽利略和笛卡尔在17世纪面对教会权威时都表现出软弱态度，这在当时是科学家的普遍生存状态。伏尔泰指出，17世纪是科学天才的世纪，但不是开明的世纪，科学家无法公开坚持科学真理。
2、笛卡尔在1629年开始写《世界论》，但在1633年得知伽利略因支持哥白尼地动说被教会谴责后，放弃了出版计划。他认为地动说与他的哲学密切相关，但不愿冒犯教会，宁愿毁掉手稿。最终《世界论》于1677年出版。
3、笛卡尔与教会权威的关系类似于伽利略，他也不敢公开与教会对抗，而是采取了保命的策略。笛卡尔眼中的上帝与经院哲学家不同，他认为上帝是理性普遍怀疑的结果，而非专制和信仰的对象。
4、18世纪的启蒙思想家达朗贝尔将笛卡尔视为反抗专制和专断权力的领袖，认为他为未来的公正政府奠定了基础。尽管笛卡尔在法国大革命时期被计划与米拉波、伏尔泰、卢梭一同进入“先贤祠”，但最终未能实现，于1819年被安葬于圣日耳曼德佩修道院。
5、然而，反抗专制可能并非笛卡尔的本意，而是达朗贝尔在18世纪对笛卡尔的政治解读。笛卡尔本人更关注人类的未来福祉，他在《谈谈方法》中表达了对实用科学的期待，认为这门科学不仅能带来技术便利，还能保护健康，这是人生最重要的幸福。
6、自中世纪以来，理性长期受制于权威，亚里士多德的理性思想在经院学术中被神学家所利用。笛卡尔通过废除权威对理性的专制，取得了重要成就，超越了文艺复兴时期的成就。在笛卡尔的哲学中，上帝是怀疑的结果而非前提，他建立上帝观念的目的是为了探索事物的科学本质，而非相反。
7、笛卡尔对哲学和神学的兴趣主要在于将其作为人类科学的基础，这一点在他的著作《谈谈方法》中得到了充分体现。《谈谈方法》全名为《谈谈正确运用自己的理性在各门学问里寻求真理的方法》，出版于1637年，虽然篇幅不长，但对西方人的思维方式、思想观念和科学研究方法产生了深远影响。
8、笛卡尔在《谈谈方法》中提出了研究问题的四个步骤：
第一，不接受任何自己不清楚的真理，避免鲁莽和偏见，只接受经过自己判断清楚和确定的真理，即“怀疑一切”理论。
第二，将复杂问题分解为多个简单的小问题，逐一解决。
第三，将小问题按从简单到复杂的顺序排列，先解决容易的问题。
第四，所有问题解决后，综合检验是否周全完整，彻底解决问题。
9、这其中，第一条是最基本和关键的，是笛卡尔理性主义的基础。理解“清楚”和“确定”的含义对于真正理解笛卡尔的“怀疑”和方法的重要性至关重要。了解了第一条，其余三条就相对容易理解了。
10、笛卡尔认为，获取可靠知识的方法必须是科学和可靠的，只有这样的方法才能确保知识的可靠性。他强调数学方法的可靠性，并认为这种方法对所有知识的获取具有普遍意义。
11、笛卡尔将数学方法分解为两种思维运作：直觉和演绎。直觉用于把握不证自明的真理，如逻辑中的基本原则，例如部分不可能大于整体，自相矛盾是错误的。这些原则通过直觉在头脑中直接“看出”其真实性。演绎则是从这些基本原则出发，通过逻辑推理得出其他知识。
12、有些真理是直觉上就能被认定为真实的，如二加二等于四，这种认知能力是天生的，由上帝赋予人类。这种知识不是通过经验获得的，而是通过纯粹的理性和智识能力先验地获得的。理性主义强调，人类有能力在经验之前就获得关于世界的知识，这种能力是理性智能的体现。
13、演绎推理需要大前提和小前提，如果两个前提都正确可靠，那么结论也是可靠的。演绎推理又称“三段论证”，是一种获得确定知识的方法。例如，“人都会死”（大前提），“我是人”（小前提），所以“我会死”（结论）。有时候大前提会省略，称为“不完全三段论证”。例如，“因为我是人，所以我会死”，也是确定的知识推导。
14、演绎推理从清楚的直觉真理知识开始，由于直觉真理和大小前提的同类关系是可靠的，所以推演的知识结果也是可靠的。反之则不可靠。例如，如果某主人好吃好喝，虐待仆人，却说自己是仆人，那么可以推导出这个主人是骗子，这个结论是理性推导的知识。
15、笛卡尔认为可以通过直觉把握一些真理，然后从这些真理出发推导出各种知识体系。首先要弄明白什么是清楚和确定的知识，然后按照笛卡尔的方法进行分析，将知识对象分解成组成部分，逐个解决问题，先简单后复杂。最后将解决的部分综合起来，检查是否周全无矛盾，从而解决整体问题。
16、笛卡尔在17世纪对科学范式有重要贡献，他将感官经验、想象、意志、推理和理解归类为“心智现象”，并在感觉与外部现实之间划出界限，提出了对感官可靠性的根本怀疑。他认为，由于感官可能误导（如水中筷子看似弯曲），因此不能仅凭观察得出科学真理。
17、笛卡尔指出，科学观察并非完全客观，而是包含人的解释，因此其科学性不应轻易断定。尽管他通过“我思，故我在”寻求知识的确定性，但他也承认绝对确定性在科学中难以实现。现代观点进一步认为，科学中不存在绝对的确定性或真理，且应警惕将个人利益伪装成科学真理的行为。
18、今天，我们了解到任何科学理论的性质都是基于某种基本“假设”，而不是从某种绝对正确的真理推导出可以“证明”的知识。除了可以“证明”的知识外，还有可以“担保”的知识，宗教就是这种担保性的信仰知识。
19、“信仰担保”与“科学证明”之间的区别在于，例如，平面几何的“勾股定理”是一种科学证明知识，有多种不同的证明方式可以证明其正确性，但这些方式的数量并不会增加其可靠性，最简单的证明方式通常是最好的。
20、然而，“信仰”或“信念”的担保是可累加的，来自多个不同方面的支持越多，担保就越有力，越令人信服。宗教历史的故事、事例和人物、道德感化、神学研究等都是在提供这样的担保。
21、人文科学的理论提出的也是“假设”，如果一个理论可以用来解释20种不同的现象，那么这20种现象也都可以视为对它的“担保”。
22、知识的“方法”帮助我们理解知识的运用范围和条件，强调知识的成就在于形成有担保的理论而非绝对真理。理性怀疑是科学探索的基础，适用于自然科学和人文科学。笛卡尔的方法强调怀疑和求实精神，即批判性思考，拒绝无条件接受传统或权威观点。
23、启蒙运动推崇理性和理智，鼓励人们挑战权威，独立思考。笛卡尔在《谈谈方法》中提出，应重构认知，使用可检验的材料，这一观点自18世纪以来一直引导人们进行独立和成熟的思考。
